入(ru)口處(chu)的鯨(jing)魚親子親水(shui)廣場，以(yi)實際比(bi)例鑄造的抹香鯨(jing)、座頭鯨(jing)會(hui)定時的噴(pen)出(chu)水(shui)柱，造型維妙維肖，總是(shi)讓每一(yi)位游客眼睛一(yi)亮，下水(shui)戲水(shui)。
進(jin)入宏偉的玻(bo)璃門，挑(tiao)高(gao)21公尺的大(da)廳(ting)(ting)，天(tian)花板懸吊(diao)著(zhu)鯨鯊、大(da)章魚、魟魚、殺人鯨等(deng)逼(bi)真模(mo)型的布置教人耳目一(yi)新(xin)，彷佛置身熱鬧的海(hai)底世界；5層樓高(gao)的人工瀑(pu)布，氣勢(shi)磅礴(bo)，為(wei)館內注(zhu)入一(yi)股清涼的海(hai)底氣氛(fen)。大(da)廳(ting)(ting)左右兩側，分別為(wei)臺灣水域館、珊瑚王國(guo)館，還有特展區、國(guo)際會議廳(ting)(ting)、海(hai)景(jing)餐廳(ting)(ting)、海(hai)洋禮(li)品店。
以實景方式模擬臺灣本島及附近水域之生態環境，從涓滴到(dao)海洋、淡水到(dao)大洋，包括：入口瀑(pu)布區(qu)、高山溪流、河邊溪流、水庫、河流中游、河口、牡(mu)蠣養殖、巖岸潮間帶、觸摸池、兒童陽臺、珊瑚礁谷、南灣珊瑚礁、探索魚(yu)類、大洋池、保(bao)育水的世界等(deng)共(gong)15種展示主(zhu)題(ti)。
以南(nan)中(zhong)國海絢麗(li)色(se)(se)彩之海底(di)熱帶(dai)珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)礁生(sheng)態(tai)為展(zhan)示主軸，展(zhan)示臺灣海域各(ge)種(zhong)石、軟珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)生(sheng)態(tai)資源(yuan)及孕育而生(sheng)的(de)珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)礁魚(yu)（俗(su)稱熱帶(dai)魚(yu)）生(sheng)態(tai)。以一艘(sou)沉(chen)船為游館的(de)主題(ti)，長(chang)84米的(de)海底(di)隧(sui)道，宛如深潛入南(nan)中(zhong)國海尋寶，觀(guan)賞沉(chen)船里(li)的(de)事物，數十種(zhong)活(huo)體珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)及200余(yu)種(zhong)彩魚(yu)，五顏六(liu)色(se)(se)的(de)珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)礁魚(yu)類來(lai)回(hui)穿梭在游客(ke)身旁(pang)以及巨型的(de)珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)礁巖，不禁讓人忘神地(di)欣賞著(zhu)瑰麗(li)斑斕的(de)珊(shan)(shan)瑚(hu)(hu)礁世界。
國(guo)立海洋生物(wu)博物(wu)館(guan)共分臺灣水域(yu)館(guan)、珊(shan)瑚王國(guo)館(guan)及(ji)世界(jie)水域(yu)館(guan)三(san)個展示館(guan)，以及(ji)特展區(qu)定期(qi)舉辦特展。入口迎(ying)賓(bin)廣場(chang)上設(she)有兩座親(qin)水廣場(chang)，提供游(you)客嬉戲及(ji)休憩之用。
“珊瑚王國館”的特色是活體珊瑚展示及海底(di)隧道。海底(di)隧道長約81米(mi)，是目(mu)前（2005年）亞洲較長的海底(di)隧道。
“臺灣水域館”的特色是(shi)大洋池，其壓克力觀(guan)景窗有(you)16.5米寬、4.85米高(gao)，池邊玻璃厚度約有(you)33厘米厚，其內豢養三(san)尾鯨(jing)鯊。
“世界水(shui)域(yu)(yu)館”在2006年4月28日完(wan)工開放，包(bao)括四大展區：古(gu)代(dai)海(hai)洋、海(hai)藻森林(lin)、深海(hai)水(shui)域(yu)(yu)、極地(di)水(shui)域(yu)(yu)。除海(hai)藻森林(lin)以傳統之(zhi)水(shui)族(zu)缸展示外，首創(chuang)電(dian)子生(sheng)態缸展示，以虛擬實境手法呈現(xian)古(gu)代(dai)海(hai)洋、深海(hai)、極地(di)等生(sheng)態環境。
開放時間
全年開放，夏令(ling)4月－11月、冬令(ling)1月－3月、12月和農(nong)歷過年的營運時間不一(yi)樣。
1991年，國立海洋生物(wu)博物(wu)館(guan)(guan)籌(chou)備處正式成立。2000年2月(yue)25日“臺灣水域館(guan)(guan)”正式開館(guan)(guan)。
2000年7月，水族館(guan)部門委由“海(hai)景世界(jie)企業股份有(you)限公(gong)司”負責(ze)經營管理，開(kai)創國(guo)立社教(jiao)單位首宗委外經營、專業分工的(de)合作案例。
2005年臺灣花蓮縣(xian)國立東華大(da)學與該博物(wu)館共同成立了海洋(yang)生物(wu)科技研究(jiu)所、海洋(yang)生物(wu)多樣性(xing)及演(yan)化研究(jiu)所。
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