貝加(jia)爾(er)湖(hu)形(xing)成(cheng)于(yu)約2500萬年前印(yin)度(du)板(ban)塊和(he)歐亞板(ban)塊相(xiang)互碰撞后的強烈(lie)地(di)(di)(di)震(zhen),湖(hu)盆(pen)形(xing)成(cheng)于(yu)2000~2500萬年前。前蘇聯科學家維列夏金根據(ju)古(gu)生物(wu)和(he)地(di)(di)(di)質方面的材料推測,中生代(dai)侏(zhu)羅紀時的貝加(jia)爾(er)湖(hu)以東(dong)地(di)(di)(di)區(qu),曾有過一(yi)個浩瀚的外貝加(jia)爾(er)海。后來(lai)由于(yu)地(di)(di)(di)殼變動,留下了內陸湖(hu)泊-貝加(jia)爾(er)湖(hu)。隨著雨水(shui)、河水(shui)的不斷加(jia)入,咸水(shui)變淡。
球(qiu)膨(peng)裂說認為,46億年前地(di)球(qiu)形成之(zhi)后(hou),在(zai)39億年前,空氣中的(de)水(shui)(shui)蒸汽凝(ning)結成水(shui)(shui)珠降回地(di)表形成海(hai)(hai)(hai)洋(yang),這時的(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)覆蓋這整個地(di)球(qiu),深度1.2萬米(mi)。5.2億年前,由(you)于(yu)地(di)球(qiu)發生了大(da)的(de)膨(peng)裂,海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)流(liu)入(ru)地(di)殼的(de)裂縫,海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)從大(da)陸(lu)(lu)上(shang)逐步退(tui)出,大(da)陸(lu)(lu)逐漸露出海(hai)(hai)(hai)面(mian),一(yi)些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)生物就(jiu)留在(zai)了大(da)陸(lu)(lu)上(shang)低洼地(di)區的(de)湖(hu)(hu)泊里。5.2億年前的(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)是(shi)咸(xian)的(de),因(yin)此貝(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu)的(de)湖(hu)(hu)水(shui)(shui)也是(shi)咸(xian)的(de),但由(you)于(yu)大(da)量的(de)雨(yu)水(shui)(shui)、河水(shui)(shui)不斷流(liu)入(ru)貝(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu),湖(hu)(hu)水(shui)(shui)逐漸變淡(dan)。一(yi)些在(zai)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)咸(xian)水(shui)(shui)中生存(cun)的(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)生物,逐漸適應了貝(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu)中的(de)淡(dan)水(shui)(shui)環境。