貝加爾(er)湖形(xing)成于(yu)約2500萬(wan)年前(qian)印(yin)度板塊(kuai)和歐亞板塊(kuai)相互碰撞后的(de)強烈地(di)震,湖盆形(xing)成于(yu)2000~2500萬(wan)年前(qian)。前(qian)蘇聯科學家維(wei)列(lie)夏金根據(ju)古生(sheng)物和地(di)質方面(mian)的(de)材料(liao)推測,中生(sheng)代侏羅(luo)紀時的(de)貝加爾(er)湖以(yi)東地(di)區,曾有過一個浩瀚的(de)外貝加爾(er)海。后來由于(yu)地(di)殼變動,留下了內(nei)陸(lu)湖泊-貝加爾(er)湖。隨著雨水、河水的(de)不(bu)斷加入,咸水變淡。
球(qiu)膨(peng)裂(lie)說認為(wei),46億(yi)(yi)年(nian)前地(di)(di)球(qiu)形(xing)成之后,在(zai)39億(yi)(yi)年(nian)前,空氣中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)水(shui)蒸汽凝結(jie)成水(shui)珠降回地(di)(di)表形(xing)成海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang),這時的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)覆蓋這整個地(di)(di)球(qiu),深度1.2萬米。5.2億(yi)(yi)年(nian)前,由于地(di)(di)球(qiu)發生(sheng)(sheng)了(le)大(da)的(de)(de)(de)(de)(de)膨(peng)裂(lie),海(hai)(hai)(hai)水(shui)流入地(di)(di)殼的(de)(de)(de)(de)(de)裂(lie)縫,海(hai)(hai)(hai)水(shui)從大(da)陸上逐步退出(chu),大(da)陸逐漸(jian)(jian)露出(chu)海(hai)(hai)(hai)面,一些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生(sheng)(sheng)物就(jiu)留(liu)在(zai)了(le)大(da)陸上低洼地(di)(di)區(qu)的(de)(de)(de)(de)(de)湖(hu)(hu)(hu)泊里(li)。5.2億(yi)(yi)年(nian)前的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)是(shi)咸(xian)(xian)的(de)(de)(de)(de)(de),因此貝加爾(er)湖(hu)(hu)(hu)的(de)(de)(de)(de)(de)湖(hu)(hu)(hu)水(shui)也(ye)是(shi)咸(xian)(xian)的(de)(de)(de)(de)(de),但(dan)由于大(da)量(liang)的(de)(de)(de)(de)(de)雨(yu)水(shui)、河水(shui)不斷(duan)流入貝加爾(er)湖(hu)(hu)(hu),湖(hu)(hu)(hu)水(shui)逐漸(jian)(jian)變(bian)淡。一些在(zai)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)咸(xian)(xian)水(shui)中(zhong)生(sheng)(sheng)存的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生(sheng)(sheng)物,逐漸(jian)(jian)適應了(le)貝加爾(er)湖(hu)(hu)(hu)中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)淡水(shui)環境。