貝(bei)加(jia)爾(er)湖形(xing)成(cheng)于約2500萬(wan)年(nian)前(qian)(qian)印度板塊和歐亞板塊相互碰撞后的強烈地(di)(di)(di)震,湖盆形(xing)成(cheng)于2000~2500萬(wan)年(nian)前(qian)(qian)。前(qian)(qian)蘇聯科學家維(wei)列夏(xia)金根據古生物和地(di)(di)(di)質方面的材料推(tui)測,中生代(dai)侏(zhu)羅紀時的貝(bei)加(jia)爾(er)湖以(yi)東地(di)(di)(di)區,曾有過(guo)一(yi)個浩瀚的外貝(bei)加(jia)爾(er)海。后來由于地(di)(di)(di)殼變動,留下了內陸湖泊-貝(bei)加(jia)爾(er)湖。隨著雨水(shui)(shui)、河水(shui)(shui)的不斷加(jia)入,咸水(shui)(shui)變淡。
球(qiu)(qiu)膨裂說認(ren)為,46億年(nian)前地球(qiu)(qiu)形成之后,在(zai)39億年(nian)前,空氣中的(de)(de)水(shui)蒸汽凝結成水(shui)珠(zhu)降(jiang)回地表形成海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang),這時的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)覆蓋這整個地球(qiu)(qiu),深度1.2萬(wan)米。5.2億年(nian)前,由于地球(qiu)(qiu)發生了(le)大(da)(da)(da)的(de)(de)膨裂,海(hai)(hai)(hai)水(shui)流(liu)入(ru)地殼的(de)(de)裂縫(feng),海(hai)(hai)(hai)水(shui)從(cong)大(da)(da)(da)陸上逐步退出,大(da)(da)(da)陸逐漸露(lu)出海(hai)(hai)(hai)面,一些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生物(wu)就留(liu)在(zai)了(le)大(da)(da)(da)陸上低洼地區的(de)(de)湖(hu)(hu)(hu)泊里。5.2億年(nian)前的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)是咸的(de)(de),因(yin)此貝(bei)加爾(er)湖(hu)(hu)(hu)的(de)(de)湖(hu)(hu)(hu)水(shui)也是咸的(de)(de),但(dan)由于大(da)(da)(da)量的(de)(de)雨(yu)水(shui)、河(he)水(shui)不斷(duan)流(liu)入(ru)貝(bei)加爾(er)湖(hu)(hu)(hu),湖(hu)(hu)(hu)水(shui)逐漸變淡。一些在(zai)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)咸水(shui)中生存的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生物(wu),逐漸適應(ying)了(le)貝(bei)加爾(er)湖(hu)(hu)(hu)中的(de)(de)淡水(shui)環境。