洪武(wu)三年（1370年）四月，明太祖(zu)朱元璋為(wei)確保明王(wang)朝的(de)(de)長(chang)(chang)治久安，想方設法加強皇室本(ben)身的(de)(de)力量，其具體的(de)(de)辦(ban)法就(jiu)是分封(feng)諸子(zi)為(wei)王(wang)。他把宗室二十五(wu)人（24個兒子(zi)和(he)1個從孫）封(feng)為(wei)藩(fan)(fan)王(wang)，分駐北部邊(bian)境(jing)和(he)全國(guo)各(ge)戰略要地，想通過他們來屏(ping)藩(fan)(fan)皇室。朱元璋曾說的(de)(de)：“天下(xia)之(zhi)大(da)，必建藩(fan)(fan)屏(ping)，上衛國(guo)家，下(xia)安生(sheng)民，今諸子(zi)既(ji)長(chang)(chang)，宜各(ge)有爵封(feng)，分鎮諸國(guo)。”從全國(guo)來看，這些封(feng)藩(fan)(fan)主(zhu)要有兩類(lei)：一是腹(fu)里，二是邊(bian)塞(sai)要地。受封(feng)諸王(wang)在自己的(de)(de)封(feng)地建立王(wang)府(fu)，設置(zhi)官(guan)屬，地位相當高，公(gong)侯(hou)大(da)臣進見親(qin)王(wang)都得伏而拜謁。
明朝初年，每一個藩王(wang)(wang)除食(shi)糧(liang)萬(wan)石以外，還有軍(jun)(jun)事指揮(hui)權。藩王(wang)(wang)于王(wang)(wang)府(fu)設親王(wang)(wang)護(hu)衛指揮(hui)使(shi)司，轄軍(jun)(jun)三(san)護(hu)衛。護(hu)衛甲(jia)士少(shao)者3000人，多(duo)者1.9萬(wan)人。九位塞王(wang)(wang)（遼、寧(ning)、燕(yan)、谷(gu)、代、晉(jin)、秦、慶、肅）因有防御蒙(meng)古貴族侵擾的(de)重任，所以護(hu)衛甲(jia)士尤(you)多(duo)。北平的(de)皇四子燕(yan)王(wang)(wang)朱棣(di)擁兵10萬(wan)，大(da)(da)寧(ning)的(de)皇十七子寧(ning)王(wang)(wang)朱權“帶甲(jia)八萬(wan)，革車六千(qian)”。他(ta)們在邊塞負責筑(zhu)城屯田、訓將(jiang)練兵、巡視(shi)要害、督造軍(jun)(jun)器。晉(jin)王(wang)(wang)、燕(yan)王(wang)(wang)多(duo)次出塞征戰，打敗(bai)蒙(meng)元(yuan)(yuan)殘余(yu)勢(shi)力的(de)軍(jun)(jun)隊，尤(you)被明太祖重視(shi)，軍(jun)(jun)中大(da)(da)將(jiang)皆受其節(jie)制。甚(shen)至特詔(zhao)二王(wang)(wang)軍(jun)(jun)中小(xiao)事自斷，大(da)(da)事才向朝廷報告(gao)。尤(you)其是燕(yan)王(wang)(wang)朱棣(di)，由于功績卓著(zhu)，朱元(yuan)(yuan)璋令其“節(jie)制沿邊士馬”，地(di)位獨尊。
藩(fan)王(wang)勢(shi)(shi)力的膨(peng)脹，勢(shi)(shi)必對(dui)中央政權構成威脅。在(zai)朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)大(da)封諸(zhu)王(wang)的時(shi)候，時(shi)任平遙縣(xian)訓導的葉伯巨(ju)就(jiu)指出，藩(fan)王(wang)勢(shi)(shi)力過重，數代(dai)(dai)之后尾大(da)不掉，到那(nei)時(shi)再削奪諸(zhu)藩(fan)，恐怕會釀(niang)成漢代(dai)(dai)“七國(guo)之亂”、西(xi)晉“八王(wang)之亂”的悲劇。提醒朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)“節其(qi)都邑之制，減(jian)其(qi)衛兵(bing)，限其(qi)疆土(tu)”。朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)不但聽不進勸告，反而(er)將其(qi)下獄囚死。
在分封(feng)之中，朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)曾規定凡受(shou)封(feng)諸王(wang)(wang)必(bi)須離(li)開京城，到封(feng)地就(jiu)藩。不允(yun)許各親(qin)王(wang)(wang)之間(jian)相互(hu)往(wang)來(lai)，即(ji)使入朝，也不能同時(shi)前來(lai)，必(bi)須一王(wang)(wang)離(li)京，另一王(wang)(wang)才可啟程。朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)此舉的(de)目的(de)在于避免(mian)諸王(wang)(wang)相互(hu)串聯，與中央相對(dui)抗。所以，諸王(wang)(wang)就(jiu)藩，可以說(shuo)是“生離(li)死(si)別”。但朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)的(de)用心良苦(ku)，卻未能收到預期的(de)后果。
明太祖朱(zhu)元璋(zhang)不僅分封(feng)諸子(zi)為(wei)(wei)藩(fan)王(wang)，而且在(zai)其成(cheng)法中(zhong)(zhong)有一條(tiao)是關于“靖難(nan)”的(de)(de)。朱(zhu)元璋(zhang)當(dang)國(guo)時，恐權(quan)臣篡權(quan)，規定藩(fan)王(wang)有移文(wen)中(zhong)(zhong)央索取(qu)奸(jian)臣和舉(ju)兵清君(jun)側的(de)(de)權(quan)利(li)，他在(zai)《皇明祖訓》中(zhong)(zhong)說：“朝無(wu)正(zheng)臣，內有奸(jian)逆(ni)，必舉(ju)兵誅討(tao)，以清君(jun)側。”后來的(de)(de)朱(zhu)棣即以此為(wei)(wei)理由(you)，指齊泰、黃子(zi)澄為(wei)(wei)奸(jian)臣，須加誅討(tao)，并稱自己的(de)(de)舉(ju)動(dong)為(wei)(wei)“靖難(nan)”，即靖禍難(nan)之意。故而靖難(nan)之役中(zhong)(zhong)朱(zhu)棣的(de)(de)口號是“清君(jun)側，靖國(guo)難(nan)”。
這(zhe)其中，“靖(jing)難”的(de)意(yi)思：“靖(jing)”指(zhi)平(ping)(ping)息，掃平(ping)(ping)，清除(chu)。“靖(jing)難”代表平(ping)(ping)定(ding)禍(huo)亂，平(ping)(ping)息戰亂，掃平(ping)(ping)奸(jian)臣的(de)意(yi)思。不過太(tai)祖(zu)的(de)成(cheng)法里面還有一條就是皇(huang)帝(di)先召(zhao)喚藩王，藩王才能起兵，且成(cheng)功(gong)鏟除(chu)奸(jian)臣后要五(wu)日之內(nei)離(li)京。所以這(zhe)不過是朱棣想要奪取皇(huang)位的(de)一個借(jie)口而(er)已。
洪武二十五年（1392年），皇(huang)太(tai)子朱(zhu)(zhu)標病死(si)，明太(tai)祖(zu)立(li)朱(zhu)(zhu)標次(ci)子朱(zhu)(zhu)允(yun)炆為皇(huang)太(tai)孫。朱(zhu)(zhu)允(yun)炆因(yin)(yin)生性“穎(ying)慧(hui)好(hao)學，性至孝”，而深得朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)(zhang)的喜(xi)愛(ai)，朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)(zhang)稱贊(zan)他“而誠純孝，顧不忘(wang)我乎(hu)。”不過(guo)，對于這位(wei)(wei)“仁(ren)柔少斷”的皇(huang)太(tai)孫將來繼任帝位(wei)(wei)，朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)(zhang)并不十分滿意，曾(ceng)一度(du)打算更換太(tai)子，后因(yin)(yin)翰林學士劉三吾的勸(quan)諫，才沒有這樣做。
盡(jin)管如此，朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)(zhang)對朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)的繼位仍放心(xin)(xin)不下(xia)(xia)。洪武(wu)三十一年（1398年）閏五月，朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)(zhang)病故，廟(miao)號太(tai)(tai)祖，皇太(tai)(tai)孫朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)即位為帝。臨終前，朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)(zhang)立(li)下(xia)(xia)遺(yi)詔，“皇太(tai)(tai)孫允(yun)(yun)炆(wen)仁明孝友，天下(xia)(xia)歸心(xin)(xin)，宜登大位。內外文武(wu)臣僚同心(xin)(xin)輔政，以安吾民”、“諸王臨國中，毋至京師(shi)”。
朱允炆(wen)即位，是為明(ming)惠(hui)帝，改元(yuan)建文。盡管有(you)朱元(yuan)璋的遺詔，不許諸王“入臨、會葬”，但燕(yan)王朱棣(di)仍(reng)直奔京(jing)師(shi)（今南京(jing)）。朱允炆(wen)聞訊后，立刻(ke)派人持(chi)敕，令朱棣(di)返回(hui)北(bei)平(ping)（今北(bei)京(jing)），對此朱棣(di)十分不悅。
建(jian)文帝即位時，鎮守北部邊疆的(de)(de)諸王(wang)已有(you)很大(da)的(de)(de)權(quan)(quan)勢，寧王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)權(quan)(quan)“帶甲八萬，革(ge)車六千”。燕(yan)(yan)王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣更握有(you)“節制(zhi)沿邊士馬”的(de)(de)重(zhong)權(quan)(quan)。朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)炆對這些皇(huang)叔們憂心忡忡。建(jian)文元年（1399年）正(zheng)月，朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)炆即位不(bu)久，燕(yan)(yan)王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣即遣長(chang)史葛(ge)誠(cheng)(cheng)入朝(chao)(chao)奏(zou)事。朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)炆遂向(xiang)葛(ge)誠(cheng)(cheng)密問燕(yan)(yan)王(wang)府之(zhi)事，葛(ge)誠(cheng)(cheng)如實稟告，乃派(pai)他(ta)(ta)返回(hui)(hui)燕(yan)(yan)王(wang)府，作為內應。葛(ge)誠(cheng)(cheng)回(hui)(hui)到燕(yan)(yan)王(wang)府，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣見他(ta)(ta)神色不(bu)對，心中不(bu)免作疑。隨即朱(zhu)(zhu)(zhu)棣親(qin)自入朝(chao)(chao)，他(ta)(ta)自恃皇(huang)叔身份(fen)，徑直(zhi)走皇(huang)道(dao)入宮，登陛(bi)不(bu)拜。監察御(yu)史曾鳳(feng)韶彈劾(he)其不(bu)敬，戶(hu)部侍郎卓敬也(ye)密奏(zou)，以燕(yan)(yan)王(wang)“智慮絕人”，建(jian)議將他(ta)(ta)徙封至南(nan)昌，但都被朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)炆以“骨肉(rou)至親(qin)”，婉言拒絕。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣察覺到朝(chao)(chao)廷對自己懷有(you)貳心，回(hui)(hui)燕(yan)(yan)王(wang)府后，便托辭患病，以觀事態的(de)(de)變化。
藩王(wang)(wang)勢(shi)力(li)如此做大，建文帝(di)與(yu)兵部尚(shang)書齊泰(tai)、太(tai)常(chang)卿黃(huang)(huang)子(zi)澄(cheng)(cheng)商量削藩之事。齊泰(tai)、黃(huang)(huang)子(zi)澄(cheng)(cheng)以諸王(wang)(wang)權勢(shi)過(guo)大，恐難(nan)駕馭為由，力(li)主削藩。在(zai)削藩順序上(shang)，齊泰(tai)認(ren)為應先削實力(li)最(zui)強的燕(yan)(yan)王(wang)(wang)。但黃(huang)(huang)子(zi)澄(cheng)(cheng)反對(dui)，認(ren)為燕(yan)(yan)王(wang)(wang)有(you)功無過(guo)，為了爭取輿(yu)論支(zhi)持(chi)，應該先找有(you)問題的親(qin)王(wang)(wang)下手。建文帝(di)支(zhi)持(chi)黃(huang)(huang)子(zi)澄(cheng)(cheng)，遂先后廢除五位親(qin)王(wang)(wang)。
洪武三十一年（1398年）七(qi)月，建文帝(di)削周王(wang)(wang)朱橚。因周王(wang)(wang)朱橚是燕(yan)王(wang)(wang)同母兄(xiong)弟，而朱允炆怕他與(yu)燕(yan)王(wang)(wang)沆瀣(xie)一氣(qi)，于是決定(ding)先廢周王(wang)(wang)。時周王(wang)(wang)次(ci)子朱有爋告發父親謀反，于是派曹國(guo)公李景隆以備邊之(zhi)名(ming)經過(guo)開封，將周王(wang)(wang)全家押回(hui)南(nan)京，廢為庶人，遷往云南(nan)蒙(meng)化（今昆明以西、大理以南(nan)）。
建文元年（1399年）四月(yue)(yue)，朝廷(ting)削齊(qi)、湘(xiang)、代三位親王(wang)(wang)(wang)，廢為(wei)庶人。湘(xiang)王(wang)(wang)(wang)朱柏不堪(kan)受(shou)辱(ru)，為(wei)保(bao)名節(jie)舉家自(zi)焚；齊(qi)王(wang)(wang)(wang)朱榑被軟禁在南京；代王(wang)(wang)(wang)朱桂被軟禁在封地大同。兩個月(yue)(yue)后，明廷(ting)削岷(min)王(wang)(wang)(wang)朱楩，廢為(wei)庶人，徙(xi)漳州。
由于(yu)朝廷(ting)削藩激化(hua)矛盾，藩王與朝廷(ting)開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之(zhi)首。而(er)朱允炆與朱棣之(zhi)間的博弈亦逐漸激化(hua)。
洪武三(san)十(shi)一年(nian)(nian)（1398年(nian)(nian)）十(shi)二月，為了(le)提(ti)防燕王(wang)謀反，朱(zhu)允炆派工部侍郎張昺為北(bei)(bei)平(ping)布政(zheng)使(shi)(shi)，都指揮(hui)使(shi)(shi)謝(xie)貴、張信為北(bei)(bei)平(ping)都指揮(hui)使(shi)(shi)。隨后又命都督宋忠屯兵駐(zhu)開(kai)平(ping)，并調走北(bei)(bei)平(ping)原屬燕王(wang)管轄的(de)軍隊。燕王(wang)朱(zhu)棣(di)見到幾位藩王(wang)先(xian)后被(bei)削，明(ming)白如(ru)此下去必無法逃過此劫(jie)，遂一邊(bian)爭取時間一邊(bian)做戰爭準備。為了(le)爭取時間，建(jian)文(wen)元(yuan)年(nian)(nian)（1399年(nian)(nian)），朱(zhu)棣(di)先(xian)裝(zhuang)病，使(shi)(shi)惠帝(di)放三(san)子(zi)回北(bei)(bei)平(ping)；之后由(you)于屬下被(bei)朝廷處死，遂裝(zhuang)瘋(feng)。但由(you)于王(wang)府(fu)長史(shi)葛誠叛變，密奏朝廷“燕王(wang)裝(zhuang)病”。朱(zhu)棣(di)裝(zhuang)瘋(feng)被(bei)發覺(jue)。而心(xin)中早已對父(fu)皇冊立自己的(de)侄子(zi)為太孫而繼(ji)位有所不(bu)滿，便(bian)立即誘殺了(le)前來(lai)執行監(jian)視逮(dai)捕任務的(de)將臣，于建(jian)文(wen)元(yuan)年(nian)(nian)（1399年(nian)(nian)）七月起兵反抗明(ming)朝中央政(zheng)府(fu)。
燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)遣使入京師金陵(ling)奏事，使者被(bei)(bei)齊泰等審訊，被(bei)(bei)迫供出(chu)燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)的異狀，于是朝廷下密(mi)旨，令張(zhang)(zhang)(zhang)昺、謝貴(gui)逮(dai)捕燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)府的官(guan)屬，張(zhang)(zhang)(zhang)信逮(dai)捕燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)本人。但張(zhang)(zhang)(zhang)信與其母親討論之(zhi)后，將(jiang)(jiang)(jiang)此事告知(zhi)朱(zhu)棣(di)。于是朱(zhu)棣(di)和姚廣(guang)孝等進(jin)行舉兵的謀劃(hua)，令張(zhang)(zhang)(zhang)玉、朱(zhu)能將(jiang)(jiang)(jiang)八百(bai)勇士帶入燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)府中潛伏，以待(dai)變(bian)(bian)故(gu)。張(zhang)(zhang)(zhang)昺、謝貴(gui)得到(dao)朱(zhu)允炆密(mi)詔后，于建文元年（1399年）七月初四帶兵包(bao)圍了燕(yan)(yan)(yan)王(wang)(wang)府。朱(zhu)棣(di)假意(yi)將(jiang)(jiang)(jiang)官(guan)屬全部捆縛，請(qing)二人進(jin)府查驗。二人進(jin)府后，朱(zhu)棣(di)派出(chu)府內死(si)士將(jiang)(jiang)(jiang)其擒獲，并連同(tong)府內叛變(bian)(bian)的葛誠、盧振(zhen)一同(tong)處決。當日夜(ye)里，朱(zhu)棣(di)攻下北平(ping)九門，遂控制北平(ping)城。
燕軍(jun)控制北(bei)(bei)(bei)平后，建文元年（1399年）七(qi)(qi)月(yue)初(chu)六，通(tong)州主動歸附；七(qi)(qi)月(yue)初(chu)八(ba)(ba)，攻(gong)破(po)薊州，遵化(hua)、密云歸附；七(qi)(qi)月(yue)十(shi)一，攻(gong)破(po)居(ju)庸關(guan)；七(qi)(qi)月(yue)十(shi)六，攻(gong)破(po)懷來，擒殺(sha)宋(song)忠等；七(qi)(qi)月(yue)十(shi)八(ba)(ba)，永平府(fu)（今河(he)北(bei)(bei)(bei)盧龍縣，屬秦皇島市(shi)）歸附。七(qi)(qi)月(yue)二十(shi)七(qi)(qi)，為防止大寧(ning)軍(jun)隊從松亭(ting)關(guan)偷襲(xi)北(bei)(bei)(bei)平，用反間計使(shi)松亭(ting)關(guan)內(nei)訌，守將卜萬(wan)(wan)下獄。至(zhi)此(ci)，北(bei)(bei)(bei)平周圍全部掃(sao)清。燕軍(jun)兵力增至(zhi)數(shu)萬(wan)(wan)。
燕軍(jun)攻(gong)破懷來后，由于領地(di)相(xiang)距(ju)太近，七月(yue)二十四日，谷王朱(zhu)橞逃離封地(di)宣府（今屬張家口，距(ju)北京(jing)約150公里，距(ju)懷來約60公里），奔金陵(ling)。八月(yue)，齊(qi)泰等(deng)顧慮遼(liao)王、寧王幫助(zhu)燕王，建議召還(huan)京(jing)師；遼(liao)王從海(hai)路返京(jing)，而寧王不從，遂削寧王護衛。宋(song)忠失敗(bai)后，部將陳質退守大同。代王本欲起兵呼應朱(zhu)棣，被陳質所控(kong)制，未果(guo)。
建文元年(nian)(nian)（1399年(nian)(nian)）七月(yue)，朱棣反書至南(nan)京，朱允炆祭(ji)告(gao)太廟，削朱棣宗室屬籍，廢為庶人(ren)。決定起(qi)兵討燕(yan)。在真定（今河北正定）設置平燕(yan)布政司。
朱棣初(chu)起兵時(shi)，燕軍(jun)只(zhi)據北平(ping)(ping)一隅之(zhi)(zhi)地，勢小力(li)弱，朝(chao)廷(ting)則在(zai)各(ge)方面都(dou)(dou)占壓倒性優(you)勢。所以(yi)(yi)(yi)戰爭(zheng)初(chu)期，朝(chao)廷(ting)擬以(yi)(yi)(yi)優(you)勢兵力(li)，分進合擊，將(jiang)(jiang)燕軍(jun)圍(wei)殲于北平(ping)(ping)。朱棣采取內線作戰，以(yi)(yi)(yi)部將(jiang)(jiang)郭資(zi)戍守(shou)北平(ping)(ping)（今北京），迅速(su)即攻(gong)取了(le)(le)北平(ping)(ping)以(yi)(yi)(yi)北的(de)(de)居庸關、懷來、密云和以(yi)(yi)(yi)東的(de)(de)薊(ji)州(zhou)、遵(zun)化、永平(ping)(ping)（今河(he)北盧龍(long)）等(deng)州(zhou)縣(xian)，掃平(ping)(ping)了(le)(le)北平(ping)(ping)的(de)(de)外圍(wei)，排除了(le)(le)后顧之(zhi)(zhi)憂，便于從容對(dui)付朝(chao)廷(ting)的(de)(de)問罪之(zhi)(zhi)師。經過朱元璋大(da)肆(si)殺戮功臣宿將(jiang)(jiang)之(zhi)(zhi)后，朝(chao)廷(ting)也無將(jiang)(jiang)可用，朱允炆只(zhi)好起用年(nian)近古(gu)稀的(de)(de)幸存老將(jiang)(jiang)長興侯耿(geng)炳文為大(da)將(jiang)(jiang)軍(jun)，駙馬都(dou)(dou)尉李堅為左副將(jiang)(jiang)軍(jun)，都(dou)(dou)督(du)寧忠(zhong)為右(you)副將(jiang)(jiang)軍(jun)，率軍(jun)13萬伐(fa)燕，數路并(bing)進，號稱(cheng)百萬大(da)軍(jun)，同時(shi)傳檄山(shan)東、河(he)南(nan)、山(shan)西三(san)省供給軍(jun)餉(xiang)。耿(geng)炳文率軍(jun)在(zai)八月十三(san)日到達(da)真定(ding)，并(bing)分兵于河(he)間、鄚(mao)州(zhou)（河(he)北任丘北約30里）、雄縣(xian)，為犄(ji)角(jiao)之(zhi)(zhi)勢。在(zai)經過觀察后，八月十五日，燕軍(jun)趁(chen)中秋夜敵軍(jun)不備，偷襲雄縣(xian)；成功后又利用伏擊擊敗了(le)(le)鄚(mao)州(zhou)的(de)(de)援兵，遂攻(gong)克鄚(mao)州(zhou)，收編剩(sheng)余的(de)(de)部隊。
耿炳(bing)文(wen)(wen)部將張保來降，告知(zhi)朱(zhu)棣耿炳(bing)文(wen)(wen)的部隊分駐滹沱河兩岸，于是(shi)朱(zhu)棣讓他回去告訴耿炳(bing)文(wen)(wen)“雄縣(xian)、鄚州大敗(bai)，燕兵(bing)將至”，以(yi)打擊(ji)其士氣，并使耿炳(bing)文(wen)(wen)合兵(bing)一處，便于一舉擊(ji)潰。耿炳(bing)文(wen)(wen)果然將南岸的兵(bing)調過河。八月(yue)二十四日，燕軍到達無極(ji)縣(xian)。從樵夫和南軍被俘士兵(bing)處得(de)知(zhi)敵情，于是(shi)燕軍發動決戰。
建文元年（1399年）八月(yue)，南(nan)軍(jun)(jun)師至河(he)北(bei)滹(hu)沱(tuo)河(he)地區。燕(yan)王在中秋夜乘(cheng)南(nan)軍(jun)(jun)飲(yin)酒作樂之(zhi)機，突破雄縣，盡克(ke)南(nan)軍(jun)(jun)的(de)先頭部(bu)(bu)隊。繼而又于(yu)滹(hu)沱(tuo)河(he)北(bei)岸(an)大敗南(nan)軍(jun)(jun)的(de)主力部(bu)(bu)隊。耿(geng)炳文逃入(ru)真(zhen)定城(cheng)中，閉門固守(shou)。燕(yan)軍(jun)(jun)攻城(cheng)三日不(bu)克(ke)，還師北(bei)平。耿(geng)炳文率殘部(bu)(bu)不(bu)到十(shi)萬人在真(zhen)定堅守(shou)不(bu)出，燕(yan)軍(jun)(jun)攻城(cheng)三天(tian)不(bu)克(ke)。八月(yue)二十(shi)九(jiu)日，燕(yan)軍(jun)(jun)返回北(bei)平。顧成降燕(yan)之(zhi)后，留在北(bei)平協助(zhu)燕(yan)世子朱高(gao)熾(chi)守(shou)城(cheng)。
建文帝(di)聽到耿(geng)(geng)炳(bing)文軍敗，根據(ju)黃(huang)子(zi)澄的推薦，任曹(cao)國公李文忠之(zhi)子(zi)李景隆(long)為大將(jiang)軍，代替耿(geng)(geng)炳(bing)文對燕(yan)軍作戰。又令遼(liao)東(dong)江陰侯吳高等領(ling)兵圍(wei)攻永平(ping)（今河北(bei)昌黎西(xi)北(bei)）。朱(zhu)棣留下少量兵將(jiang)堅守(shou)北(bei)平(ping)，自己(ji)親統大軍救援永平(ping)。
本是紈(wan)绔子弟(di)，素不(bu)知兵(bing)，“寡謀而(er)(er)驕，色(se)厲而(er)(er)餒”。建(jian)文元年(nian)（1399年(nian)）九月，李景(jing)隆(long)(long)至(zhi)山(shan)東德州，收(shou)集耿炳文的潰散兵(bing)將，并調各(ge)路(lu)軍(jun)(jun)馬，共計(ji)50萬，進抵河(he)間駐(zhu)扎。當朱(zhu)棣(di)偵知李景(jing)隆(long)(long)軍(jun)(jun)中的部署(shu)后，笑著說，兵(bing)法有五敗，李景(jing)隆(long)(long)全犯了，其兵(bing)必(bi)敗無(wu)(wu)疑，這就(jiu)是政(zheng)令不(bu)修，上下離心；兵(bing)將不(bu)適北平霜雪氣候，糧草不(bu)足(zu)；不(bu)計(ji)險易，深入趨利；求(qiu)勝心切，剛(gang)愎自(zi)(zi)用，但(dan)智信不(bu)足(zu)，仁勇(yong)俱無(wu)(wu)；所部盡是烏(wu)合之(zhi)眾，且不(bu)團(tuan)結。為了引誘南軍(jun)(jun)深入，朱(zhu)棣(di)決計(ji)姚廣孝協助世(shi)子朱(zhu)高(gao)熾留守(shou)北平，自(zi)(zi)己親率大軍(jun)(jun)去援救被遼東軍(jun)(jun)進攻的永(yong)平，并告誡朱(zhu)高(gao)熾說：“李景(jing)隆(long)(long)來，只(zhi)宜堅守(shou)，不(bu)能出戰(zhan)。”朱(zhu)棣(di)還撤去了盧溝橋的守(shou)兵(bing)。
朱(zhu)(zhu)(zhu)棣這一(yi)招果然靈驗(yan)，李景(jing)隆聽說(shuo)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣率軍(jun)赴援永平，就率師(shi)于(yu)建(jian)文元年（1399年）十(shi)月直(zhi)(zhi)趨(qu)北平城(cheng)下。經過盧溝(gou)橋時見(jian)無守(shou)兵，禁不(bu)住歡(huan)喜，說(shuo)：“不(bu)守(shou)此橋，我看(kan)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣是無能為力了(le)(le)。”這時朱(zhu)(zhu)(zhu)高熾在北平城(cheng)內(nei)嚴(yan)密部署，拼死守(shou)衛(wei)。李景(jing)隆則號令不(bu)嚴(yan)，指揮失當(dang)，幾次攻(gong)城(cheng)，皆被擊退。南軍(jun)都督瞿能曾率千余精騎，殺入張掖門，但(dan)后(hou)援不(bu)至，只好停(ting)止進(jin)攻(gong)。又因李景(jing)隆貪(tan)功，要瞿能等待(dai)(dai)大(da)部隊(dui)一(yi)起(qi)進(jin)攻(gong)，錯過了(le)(le)時機。燕軍(jun)則因此得到喘息(xi)，連(lian)夜往城(cheng) 墻上潑水(shui)，天冷結(jie)冰，待(dai)(dai)到次日，南軍(jun)也無法攀城(cheng)進(jin)攻(gong)了(le)(le)。吳高怯懦，不(bu)敢應戰，退保山海關。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣解救永平之(zhi)后(hou)，率師(shi)直(zhi)(zhi)趨(qu)大(da)寧(ning)（今內(nei)蒙古寧(ning)城(cheng)西）。
建(jian)文元年（1399年）九(jiu)(jiu)月(yue)初一(yi)，江陰侯吳高率遼東兵攻打永平郡，故朱棣(di)(di)趁(chen)李景隆(long)躊(chou)躇不(bu)決之際，九(jiu)(jiu)月(yue)十(shi)九(jiu)(jiu)日前往救援。九(jiu)(jiu)月(yue)二十(shi)五日，朱棣(di)(di)擊敗吳高，并決定趁(chen)勢偷襲十(shi)七弟寧(ning)王(wang)朱權的藩地大寧(ning)（今內蒙古寧(ning)城(cheng)）以獲得其(qi)(qi)精銳部隊朵顏三(san)衛；另一(yi)方面利(li)而(er)誘之，將南軍引至(zhi)“空城(cheng)”北(bei)平下。九(jiu)(jiu)月(yue)二十(shi)八日，朱棣(di)(di)率眾出(chu)師。傳信給燕世子朱高熾，令其(qi)(qi)堅守(shou)北(bei)平城(cheng)。
十(shi)月(yue)初六日(ri)，燕軍(jun)經小路(lu)到(dao)達大(da)寧(ning)(ning)城(cheng)下。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)單騎入城(cheng)（一說擊敗守(shou)將房(fang)寬后(hou)入城(cheng)），見寧(ning)(ning)王朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權，哭訴(su)自己無路(lu)可走，向朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權求救，希望能(neng)向朝廷(ting)上書(shu)，謝罪免死。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權相(xiang)信并收留了他。在居(ju)大(da)寧(ning)(ning)期間，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)令手(shou)下吏士入城(cheng)結交并賄賂大(da)寧(ning)(ning)的軍(jun)官等(deng)。十(shi)月(yue)十(shi)三日(ri)，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)提出告辭，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權在郊(jiao)外(wai)送行；但朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權來到(dao)郊(jiao)外(wai)后(hou)，伏兵(bing)盡起，大(da)寧(ning)(ning)軍(jun)紛紛叛變，歸附(fu)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)。于(yu)是朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)權與寧(ning)(ning)王妃、寧(ning)(ning)王世子(zi)等(deng)一同隨(sui)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)前(qian)往北平，而大(da)寧(ning)(ning)的全部軍(jun)隊（包括其騎兵(bing)精銳朵顏三衛(wei)）都被朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)收編(bian)。大(da)寧(ning)(ning)成為空城(cheng)，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)(di)(di)實力(li)大(da)增。
聽說燕(yan)王朱(zhu)(zhu)棣率(lv)精銳(rui)征大寧，李景隆引(yin)軍(jun)攻(gong)北(bei)(bei)平。南(nan)軍(jun)在鄭村壩(ba)（今(jin)大興以東二十里）扎(zha)營，筑壘同攻(gong)北(bei)(bei)平九門。燕(yan)王世子朱(zhu)(zhu)高熾堅守。朱(zhu)(zhu)高熾遣人夜間偷襲南(nan)軍(jun)大營，獲得(de)了一定的喘(chuan)息時間；南(nan)軍(jun)攻(gong)城(cheng)(cheng)急時，城(cheng)(cheng)中婦(fu)女(nv)也(ye)上城(cheng)(cheng)頭(tou)向下投擲瓦石。
南軍(jun)唯一(yi)一(yi)次獲勝的機會是(shi)(shi)都督瞿能攻(gong)張掖門(men)（一(yi)說彰(zhang)義(yi)門(men)，據(ju)《方輿紀(ji)要》，彰(zhang)義(yi)門(men)即(ji)西直門(men)；存疑(yi)），幾乎要攻(gong)下時，因被李景隆(long)所(suo)忌，只得停止。功敗垂成。農歷十月北平甚是(shi)(shi)寒(han)冷，于是(shi)(shi)燕軍(jun)守(shou)城(cheng)部隊夜里汲水澆(jiao)于城(cheng)墻上，次日城(cheng)墻結冰，南軍(jun)無(wu)法攀登。南軍(jun)因天寒(han)地凍，戰斗力驟(zou)降，攻(gong)勢自此受(shou)阻。
建文元年（1399年）十(shi)(shi)(shi)(shi)月十(shi)(shi)(shi)(shi)九日(ri)，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)在(zai)會州（今(jin)河(he)北省平泉縣(xian)）整編(bian)，分立五軍(jun)(jun)(jun)（中、前、左(zuo)、右(you)、后）。十(shi)(shi)(shi)(shi)月二(er)十(shi)(shi)(shi)(shi)一日(ri)，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)入松亭關(guan)（今(jin)河(he)北寬城縣(xian)西南(nan)(nan)）。十(shi)(shi)(shi)(shi)一月初五日(ri)，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)渡白河(he)（時已(yi)結(jie)冰，渡河(he)處在(zai)今(jin)北京順義區東），并打(da)敗李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)的(de)哨(shao)探陳暉部(bu)隊萬(wan)余人。當(dang)天，與(yu)李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)大(da)軍(jun)(jun)(jun)在(zai)鄭村壩(ba)會戰(zhan)(zhan)(zhan)。燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)左(zuo)右(you)沖擊(ji)(ji)，連破(po)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)七(qi)營，李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)大(da)敗。當(dang)夜，李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)見戰(zhan)(zhan)(zhan)事不利(li)，令鄭村壩(ba)所(suo)有軍(jun)(jun)(jun)隊輕(qing)裝撤退。數十(shi)(shi)(shi)(shi)萬(wan)人的(de)輜重全(quan)部(bu)留給了燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)。但李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)走(zou)得匆忙，沒有通知(zhi)圍(wei)攻北平城的(de)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)軍(jun)(jun)(jun)隊，于是燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)輕(qing)易擊(ji)(ji)潰(kui)北平城下的(de)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)，獲得其物資。李景(jing)(jing)(jing)隆(long)(long)率軍(jun)(jun)(jun)撤回德州，鄭村壩(ba)之(zhi)戰(zhan)(zhan)(zhan)結(jie)束(shu)。此戰(zhan)(zhan)(zhan)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)喪師十(shi)(shi)(shi)(shi)余萬(wan)人。
建文(wen)元年（1399年）十一月(yue)初九日，朱棣回到(dao)北(bei)平城，因為之前（七月(yue)）上書沒有回信，再次上書朝廷，陳述齊泰、黃子澄構陷宗藩的罪過。建文(wen)帝沒有回應。十二月(yue)，朱棣用反間計令遼東守將吳高被削爵貶黜，消除(chu)東北(bei)方向的后顧(gu)之憂。
由于(yu)李景隆(long)準備(bei)等來年(nian)（1400年(nian)）開春再北(bei)上攻(gong)燕(yan)(yan)，朱棣決定(ding)攻(gong)打山(shan)西大(da)同(tong)(tong)，以使南(nan)軍(jun)(jun)疲于(yu)奔命(ming)。十二(er)月十九日，朱棣出師攻(gong)大(da)同(tong)(tong)。十二(er)月二(er)十四日，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)抵達(da)(da)廣昌，守將(jiang)楊宗投降。建文二(er)年(nian)（1400年(nian)）正月初一，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)抵達(da)(da)蔚州(zhou)，明軍(jun)(jun)守將(jiang)王(wang)忠、李遠投降燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)。二(er)月初二(er)日，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)攻(gong)打大(da)同(tong)(tong)。由于(yu)大(da)同(tong)(tong)是代王(wang)的(de)封地(di)且軍(jun)(jun)事地(di)位極重(zhong)要，李景隆(long)不得不救援(yuan)。待(dai)李景隆(long)走出紫荊關后，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)從居庸關返回北(bei)平。南(nan)軍(jun)(jun)在冰天雪地(di)中(zhong)白跑一趟，兵(bing)力、裝備(bei)大(da)量損失，士氣受(shou)到重(zhong)創。
建文(wen)二年(nian)（1400年(nian)）二月二十八日(ri)，李景(jing)隆給朱棣寫(xie)信(xin)，請求暫時停戰。燕(yan)(yan)王回信(xin)索要齊(qi)泰、黃子澄等。一說李景(jing)隆自此有(you)二心。除(chu)了使南軍(jun)白(bai)跑了一個月外(wai)(wai)，燕(yan)(yan)軍(jun)在本次(ci)伐大同時意外(wai)(wai)遇到了從(cong)蒙古來降的軍(jun)隊，收(shou)編之。此外(wai)(wai)，保(bao)定府(fu)于建文(wen)二年(nian)（1400年(nian)）二月降燕(yan)(yan)。
李(li)景(jing)隆在幾個月的(de)時間內一敗再敗，建文(wen)帝(di)撤免了(le)他的(de)大將軍(jun)職務，建文(wen)帝(di)采黃子(zi)澄之謀，遣使(shi)議和以(yi)求緩攻，又任命盛(sheng)庸為平燕將軍(jun)，代李(li)景(jing)隆統兵。盛(sheng)庸屯(tun)兵德州，以(yi)遏燕軍(jun)南下。
李景隆(long)敗退后，燕(yan)軍圍濟南。右參政鐵(tie)(tie)鉉(xuan)、盛庸堅守。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣射信入(ru)城(cheng)招降(jiang)(jiang)，未果。建文(wen)二年（1400年）五月(yue)十七日(ri)(ri)，燕(yan)軍掘開河堤，放(fang)水灌城(cheng)。鐵(tie)(tie)鉉(xuan)見(jian)勢不(bu)妙，決定派千(qian)人詐降(jiang)(jiang)，誘朱(zhu)(zhu)(zhu)棣進(jin)城(cheng)。次日(ri)(ri)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣前往濟南，走到城(cheng)門口(kou)時，城(cheng)門預設的(de)鐵(tie)(tie)板落(luo)下，但略快了些(xie)，只打(da)中(zhong)了其(qi)所乘(cheng)馬的(de)頭。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣大驚(jing)，換(huan)馬跑回。由(you)于(yu)事出意外，斷其(qi)后路等工作沒能(neng)成功。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣逃(tao)回，大怒，圍城(cheng)攻打(da)三個月(yue)。
由(you)于濟南的軍事地位極重要(yao)，若取得(de)濟南，進可(ke)南下攻(gong)打，退可(ke)畫疆自守(shou)，故燕(yan)軍乘新(xin)勝之(zhi)銳(rui)氣(qi)，志在(zai)必得(de)。不料攻(gong)城(cheng)不利，朱棣(di)憤怒之(zhi)下決定使(shi)用大炮攻(gong)城(cheng)，城(cheng)中(zhong)不支。鐵鉉見(jian)狀，在(zai)一些(xie)木牌(pai)上(shang)寫了“高皇帝(di)神(shen)牌(pai)”幾個(ge)字并掛在(zai)城(cheng)頭，燕(yan)軍只(zhi)得(de)停止炮擊(ji)。六月(yue)，惠帝(di)見(jian)濟南危急(ji)，遣使(shi)求和。朱棣(di)不聽。七(qi)月(yue)，平安進軍河間(jian)，擾亂(luan)燕(yan)軍糧道。朱棣(di)進退不得(de)，八月(yue)十六，撤兵(bing)回北平。盛庸、鐵鉉追擊(ji)，大敗燕(yan)軍，收復德州。濟南之(zhi)戰結束。
九月初十(shi)，朱允(yun)炆升鐵鉉為(wei)(wei)山東布政使，參贊軍務，不久后升兵(bing)部尚(shang)書；封盛庸(yong)為(wei)(wei)歷城侯，平(ping)燕將軍，撤換李(li)景隆。都督(du)陳暉、平(ping)安(an)為(wei)(wei)副(fu)職。南軍重(zhong)新進(jin)到德州(zhou)(zhou)、定州(zhou)(zhou)（今(jin)保定與石家莊之(zhi)間）、滄州(zhou)(zhou)（今(jin)河北滄州(zhou)(zhou)）。
東昌(chang)之敗(bai)之后，朱(zhu)棣(di)以此為恥，與(yu)道衍(yan)(yan)和尚姚(yao)廣(guang)孝商議對策(ce)。道衍(yan)(yan)強烈支持(chi)朱(zhu)棣(di)再(zai)(zai)次(ci)出兵(bing)。于是于建文三(san)年(nian)(nian)（1401年(nian)(nian)）二(er)月初(chu)九(jiu)日，朱(zhu)棣(di)祭陣(zhen)亡將士，并脫下袍子(zi)燒掉，激(ji)勵軍(jun)士。二(er)月十(shi)(shi)六(liu)日，朱(zhu)棣(di)再(zai)(zai)次(ci)出師。當(dang)時盛(sheng)庸(yong)駐(zhu)(zhu)兵(bing)二(er)十(shi)(shi)萬于山東德(de)州，吳(wu)杰、平安駐(zhu)(zhu)扎(zha)在真(zhen)定。朱(zhu)棣(di)決(jue)定趁(chen)南軍(jun)兩軍(jun)分隔(ge)，先(xian)破(po)盛(sheng)庸(yong)一部。三(san)月二(er)十(shi)(shi)日，燕(yan)軍(jun)探知盛(sheng)庸(yong)在夾(jia)河(he)（今(jin)河(he)北省(sheng)衡水市武邑(yi)縣附近，漳河(he)支流(liu)）駐(zhu)(zhu)扎(zha)，于是駐(zhu)(zhu)扎(zha)在距對方四十(shi)(shi)里的(de)地(di)方。
三月二十二日，燕軍(jun)進兵(bing)(bing)(bing)夾河。盛(sheng)(sheng)庸(yong)仍結下(xia)堅陣，備大量火槍強弩。朱棣利用(yong)建文帝嚴(yan)禁傷害燕王之(zhi)旨，親自率(lv)幾(ji)個輕騎兵(bing)(bing)(bing)掠過南軍(jun)陣地(di)偵(zhen)查。盛(sheng)(sheng)庸(yong)不(bu)(bu)(bu)敢(gan)開槍，只得派出自己的(de)騎兵(bing)(bing)(bing)追趕朱棣，不(bu)(bu)(bu)了(le)了(le)之(zhi)。偵(zhen)查后，朱棣率(lv)領一萬騎兵(bing)(bing)(bing)和五(wu)千步兵(bing)(bing)(bing)攻(gong)擊盛(sheng)(sheng)庸(yong)軍(jun)左(zuo)翼，不(bu)(bu)(bu)能(neng)入。此時燕將譚(tan)(tan)淵(yuan)望見已經開戰(zhan)，于(yu)是主(zhu)動出兵(bing)(bing)(bing)攻(gong)打。盛(sheng)(sheng)庸(yong)部(bu)將莊得死戰(zhan)，會合盛(sheng)(sheng)庸(yong)軍(jun)，斬(zhan)殺(sha)譚(tan)(tan)淵(yuan)。朱棣、朱能(neng)等則趁南軍(jun)調動產生(sheng)的(de)混亂(luan)，趁暮色向南軍(jun)后方猛攻(gong)，斬(zhan)殺(sha)莊得。盛(sheng)(sheng)庸(yong)穩住了(le)陣腳，天色已晚(wan)，雙方罷兵(bing)(bing)(bing)。此戰(zhan)殺(sha)傷相當，但(dan)燕軍(jun)損失了(le)大將譚(tan)(tan)淵(yuan)。
當夜(ye)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)率領(ling)十余人(ren)在(zai)盛(sheng)庸(yong)(yong)(yong)營地附近(jin)露宿；三(san)月二十三(san)日清(qing)晨，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)發(fa)現(xian)被南軍(jun)(jun)包圍。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)再(zai)次利用禁殺之(zhi)旨，引(yin)馬(ma)鳴角，穿過敵軍(jun)(jun)，揚長而去。南軍(jun)(jun)愕然，不敢射箭。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)回(hui)到營中(zhong)，鼓(gu)勵眾將“兩軍(jun)(jun)相(xiang)當，將勇者勝”，于是燕軍(jun)(jun)在(zai)東北(bei)方向，盛(sheng)庸(yong)(yong)(yong)軍(jun)(jun)在(zai)西南方向，再(zai)次會戰(zhan)(zhan)(zhan)。燕軍(jun)(jun)左(zuo)(zuo)右(you)沖擊，盛(sheng)庸(yong)(yong)(yong)堅守，雙(shuang)方互有勝負。戰(zhan)(zhan)(zhan)斗打(da)了(le)(le)三(san)四個(ge)時辰后，突然刮起了(le)(le)強烈的東北(bei)風，塵(chen)埃蔽(bi)天(tian)。南軍(jun)(jun)頂著風沙，根本沒法(fa)作戰(zhan)(zhan)(zhan)；燕軍(jun)(jun)則(ze)乘風大(da)呼，縱(zong)左(zuo)(zuo)右(you)翼橫(heng)擊之(zhi)，盛(sheng)庸(yong)(yong)(yong)大(da)敗，損失了(le)(le)數萬人(ren)后，退回(hui)德州(zhou)。吳杰、平安引(yin)兵準(zhun)備會合盛(sheng)庸(yong)(yong)(yong)，聞庸(yong)(yong)(yong)已敗，退回(hui)真定。夾河之(zhi)戰(zhan)(zhan)(zhan)結束(shu)。夾河之(zhi)戰(zhan)(zhan)(zhan)重新確(que)立了(le)(le)燕軍(jun)(jun)的優勢。閏三(san)月初四，建文(wen)帝因夾河之(zhi)敗，再(zai)次罷免齊泰、黃子澄，謫出京城，暗中(zhong)令其募兵。
擊(ji)敗盛庸后，朱棣(di)進軍(jun)真定(ding)。考慮到攻(gong)城較困難，決定(ding)誘敵出戰(zhan)。于(yu)是下令軍(jun)中四出取糧，而用間諜向吳杰(jie)等透(tou)露此(ci)事(shi)。吳杰(jie)等見狀(zhuang)，決定(ding)襲擊(ji)燕軍(jun)。閏三月初九，兩(liang)軍(jun)會于(yu)藳城，遂交戰(zhan)。南軍(jun)列方陣(zhen)，朱棣(di)則率精銳攻(gong)其(qi)東北(bei)角以破陣(zhen)。燕將薛(xue)祿由于(yu)馬(ma)失足被(bei)擒，但(dan)奪敵刀斬(zhan)數(shu)人(ren)后，奪馬(ma)逃走。此(ci)戰(zhan)大(da)量燕軍(jun)被(bei)南軍(jun)的(de)火槍和弓弩所傷，朱棣(di)的(de)帥旗(qi)被(bei)射得像刺猬一(yi)樣；但(dan)是，由于(yu)朱允炆的(de)禁殺之旨，朱棣(di)本人(ren)反而沒(mei)事(shi)。
次(ci)日，兩軍再(zai)次(ci)交戰。在戰斗中(zhong)突然又(you)刮起了猛烈的(de)大(da)(da)風，南(nan)軍不(bu)能支(zhi)，大(da)(da)敗而去。燕(yan)軍四面圍(wei)攻，斬首六萬余(yu)級。吳(wu)杰、平安(an)等逃回真(zhen)定，堅守(shou)不(bu)出(chu)。朱(zhu)棣(di)將射(she)成刺猬(wei)的(de)軍旗送回北平，令(ling)世子(zi)朱(zhu)高(gao)熾妥善保(bao)存，以警示(shi)后人(ren)。從(cong)白溝河、夾河到藳(gao)城，燕(yan)軍三次(ci)得大(da)(da)風相助(zhu)而勝(sheng)，朱(zhu)棣(di)認(ren)為(wei)這(zhe)是天命所(suo)在，非人(ren)力所(suo)能為(wei)。
夾(jia)河(he)、藳城(cheng)之戰(zhan)再次使南(nan)(nan)軍損失慘重，正面戰(zhan)場戰(zhan)事稍緩和。南(nan)(nan)軍改為(wei)通過談判、反間(jian)、襲擊(ji)后(hou)方等方式間(jian)接作(zuo)戰(zhan)。擊(ji)敗平安后(hou)，燕軍南(nan)(nan)下，先后(hou)經過順德、廣平、大名，并駐扎(zha)于大名。諸郡縣望風而降。
朱(zhu)棣(di)聽(ting)說齊泰和黃(huang)子澄被貶，上書和談(tan)，表示(shi)“奸(jian)臣竄逐而其(qi)計實行，不敢(gan)撤兵(bing)(bing)”。朱(zhu)允炆得書，與方(fang)孝孺(ru)討論，方(fang)孝孺(ru)表示(shi)可以(yi)借此機(ji)會遣使(shi)(shi)(shi)回報，拖延時間，并(bing)懈怠其(qi)軍(jun)心；同時令遼(liao)東等軍(jun)隊攻(gong)其(qi)后方(fang)，以(yi)備夾攻(gong)。于是（四月(yue)）建文帝令大理(li)寺少卿(qing)薛嵓(yan)去見朱(zhu)棣(di)，傳詔并(bing)秘密在軍(jun)中(zhong)散布相關消息。薛嵓(yan)見朱(zhu)棣(di)，說“朝廷言殿下旦釋甲(jia)(jia)，暮即旋師。”朱(zhu)棣(di)表示(shi)這連三(san)尺(chi)小兒也騙不過。薛嵓(yan)無言以(yi)對(dui)。五(wu)月(yue)初一，盛庸、吳杰、平(ping)安(an)等分(fen)兵(bing)(bing)騷(sao)擾(rao)燕軍(jun)餉道。朱(zhu)棣(di)遣使(shi)(shi)(shi)者進(jin)京(jing)表示(shi)盛庸等不肯(ken)罷兵(bing)(bing)，必有主使(shi)(shi)(shi)。建文帝聽(ting)從方(fang)孝孺(ru)的意見，將其(qi)下獄（一說誅(zhu)殺），和談(tan)破裂。朱(zhu)棣(di)見和談(tan)破裂，決定襲擊南(nan)(nan)(nan)軍(jun)餉道，以(yi)使(shi)(shi)(shi)德州南(nan)(nan)(nan)軍(jun)陷入困(kun)境(jing)，遂令都指揮(hui)李遠率兵(bing)(bing)六(liu)千，換穿南(nan)(nan)(nan)軍(jun)甲(jia)(jia)胄，從濟寧南(nan)(nan)(nan)下；六(liu)月(yue)十五(wu)日，燕軍(jun)瞞過南(nan)(nan)(nan)軍(jun)到達沛縣，成功焚燒(shao)大量(liang)南(nan)(nan)(nan)軍(jun)糧船，河(he)中(zhong)魚(yu)鱉盡死。南(nan)(nan)(nan)軍(jun)損失糧食數百萬(wan)石，京(jing)師大震，德州陷入窘境(jing)。
七(qi)月，燕軍進攻(gong)彰德，林縣投降。七(qi)月初十(shi)，平(ping)安(an)(an)自真定趁虛(xu)攻(gong)北平(ping)，擾其(qi)(qi)耕牧。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)(chi)固守(shou)。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)分兵(bing)回(hui)援；九月十(shi)八日，平(ping)安(an)(an)與(yu)戰不利，退回(hui)真定。由于河(he)北戰事不利，方孝孺想(xiang)出了反間計，利用朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)(chi)（長子）和(he)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)高煦（次子）的(de)矛盾，先寫一(yi)封(feng)信(xin)給守(shou)北平(ping)的(de)高熾(chi)(chi)，令(ling)(ling)其(qi)(qi)歸順(shun)朝廷，許(xu)以(yi)燕王之位；然(ran)后(hou)派人(ren)告訴朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)和(he)高煦（隨(sui)軍）世子密通(tong)朝廷，以(yi)使燕軍北還。但朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)(chi)得到信(xin)后(hou)，根(gen)本沒有(you)拆開，將(jiang)朝廷使者連人(ren)帶(dai)信(xin)一(yi)起送往朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)處。反間計失敗。七(qi)月十(shi)五日，盛庸令(ling)(ling)大(da)(da)同守(shou)將(jiang)房昭入紫(zi)荊關威脅保定，據易州西(xi)水寨以(yi)窺北平(ping)。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)見狀，只得回(hui)兵(bing)救援。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)分兵(bing)守(shou)保定，并包圍房昭的(de)山(shan)寨。十(shi)月初二，燕軍與(yu)真定援兵(bing)和(he)房昭軍決戰，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)令(ling)(ling)勇士悄悄登山(shan)，在敵后(hou)大(da)(da)張旗幟。南軍山(shan)寨見狀大(da)(da)亂，與(yu)真定援兵(bing)一(yi)齊崩潰。房昭退回(hui)大(da)(da)同。十(shi)月二十(shi)四日，燕軍回(hui)到北平(ping)。之后(hou)又(you)擊敗了襲永(yong)平(ping)的(de)遼東敵軍。
至此(ci)，燕(yan)軍靖難(nan)已(yi)有兩(liang)年多。雖然屢戰屢勝，但因兵(bing)力不(bu)足(zu)，無法鞏(gong)固(gu)并擴張勝利，往往放棄新(xin)取之地；僅能(neng)據有北平、保定、永平三個郡(jun)。
建文三年（1401年）冬(dong)，朱棣(di)決定直接率(lv)兵(bing)南(nan)下，臨江(jiang)一(yi)決。道(dao)衍亦支持不再(zai)與盛庸(yong)、平安(an)等(deng)糾纏(chan)，直趨京(jing)(jing)師(shi)。十(shi)(shi)二(er)(er)月初(chu)二(er)(er)日，燕師(shi)復出。十(shi)(shi)二(er)(er)月十(shi)(shi)二(er)(er)，到(dao)達(da)(da)蠡(li)縣(xian)（約在(zai)保(bao)定以南(nan)50公里(li)）。建文四年（1402年）正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月，先后擊敗德州的(de)一(yi)支分隊(dui)和(he)平安(an)的(de)部隊(dui)，于是燕軍(jun)南(nan)下（路(lu)線大致位(wei)于現京(jing)(jing)九(jiu)鐵路(lu)和(he)京(jing)(jing)廣鐵路(lu)之間(jian)）至館陶渡河（進山東），并長驅直入。正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月十(shi)(shi)二(er)(er)日，燕軍(jun)在(zai)館陶渡河；正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月十(shi)(shi)四日，燕軍(jun)攻(gong)陷(xian)東阿；正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月十(shi)(shi)五(wu)日，再(zai)攻(gong)陷(xian)東平；正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月十(shi)(shi)七日，陷(xian)汶上；正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月二(er)(er)十(shi)(shi)七日，陷(xian)沛縣(xian)（今江(jiang)蘇沛縣(xian)）；正(zheng)(zheng)(zheng)(zheng)月三十(shi)(shi)日，燕軍(jun)先頭部隊(dui)到(dao)達(da)(da)徐州。
建文(wen)帝(di)見燕軍再次出(chu)動，建文(wen)三(san)年(nian)（1401年(nian)）十二月令(ling)駙馬都尉梅殷（建文(wen)帝(di)的(de)姑父(fu)，顧命大臣(chen)）任總兵官，鎮守淮安(an)。建文(wen)四年(nian)（1402年(nian)）正月初一，建文(wen)帝(di)將遷往蒙化(hua)的(de)朱橚（廢(fei)周王(wang)）召回南京(jing)。命魏(wei)國公徐輝祖率(lv)兵援山東。
建(jian)文四(si)年（1402年）二月(yue)初一(yi)，南軍(jun)(jun)將領(ling)何福、平安、陳暉(hui)進(jin)(jin)兵濟寧，盛庸進(jin)(jin)兵淮上。朱(zhu)棣派兵襲擊南軍(jun)(jun)餉道后，二月(yue)二十一(yi)日(ri)，燕軍(jun)(jun)擊敗徐州(zhou)(zhou)的出戰軍(jun)(jun)隊，徐州(zhou)(zhou)自此閉城(cheng)死守。
徐州堅守不出，朱(zhu)棣(di)(di)遂(sui)不再(zai)理會，繼續南下(xia)。三(san)月(yue)初(chu)一，燕軍進逼安徽宿州。三(san)月(yue)初(chu)九，抵達(da)渦河（今安徽蚌埠市懷遠縣以北）。平安見到(dao)燕軍一路南下(xia)，帶(dai)兵(bing)來追；但(dan)三(san)月(yue)十(shi)四日(ri)在淝河中了朱(zhu)棣(di)(di)所設的伏兵(bing)，只得退回宿州。三(san)月(yue)二(er)十(shi)三(san)日(ri)，朱(zhu)棣(di)(di)遣將(jiang)斷徐州餉道，鐵鉉等(deng)率兵(bing)圍攻，互有勝(sheng)負。四月(yue)十(shi)四日(ri)，燕軍進達(da)睢水之(zhi)小(xiao)河，搭浮橋(qiao)。次(ci)日(ri)，平安、何(he)福(fu)領軍奪橋(qiao)，雙(shuang)方隔河僵持。數日(ri)后，南軍糧盡，朱(zhu)棣(di)(di)決定偷(tou)襲(xi)。半(ban)夜，渡河繞至敵后；但(dan)徐輝祖援兵(bing)正好趕(gan)到(dao)，四月(yue)二(er)十(shi)二(er)日(ri)，雙(shuang)方戰于齊眉山（靈壁縣西南三(san)十(shi)里(li)），南軍大勝(sheng)，斬(zhan)燕將(jiang)李(li)斌。
南(nan)軍(jun)(jun)再次(ci)獲得勝(sheng)利，再加上暑熱，燕(yan)軍(jun)(jun)陷入(ru)窘境。四月二十(shi)三(san)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)眾將要(yao)求北返，擇地休整，朱棣不(bu)(bu)同(tong)意，說“欲(yu)渡河者(zhe)左，不(bu)(bu)欲(yu)者(zhe)右(you)。”大(da)部份人(ren)站于左側，朱棣怒(nu)。朱能這(zhe)(zhe)時強力(li)支持(chi)朱棣，表示“漢高(gao)(gao)祖十(shi)戰(zhan)九不(bu)(bu)勝(sheng)，卒有(you)天下”，堅定了(le)燕(yan)軍(jun)(jun)堅持(chi)的決(jue)心。這(zhe)(zhe)時，朝廷訛傳燕(yan)軍(jun)(jun)已(yi)兵(bing)敗，京(jing)師不(bu)(bu)可無良將，遂召回徐輝祖。四月二十(shi)五日(ri)，考慮到在(zai)河邊不(bu)(bu)易(yi)防(fang)守，何(he)福(fu)移營，與平安(an)在(zai)靈壁(bi)（一(yi)(yi)作靈璧）深溝高(gao)(gao)壘作長遠之計。由(you)于糧道被燕(yan)軍(jun)(jun)阻(zu)礙，平安(an)親自率兵(bing)六(liu)萬(wan)護衛糧草。四月二十(shi)七日(ri)，朱棣率精銳襲擊(ji)平安(an)，將其一(yi)(yi)分(fen)為(wei)二；何(he)福(fu)全軍(jun)(jun)出(chu)動(dong)救援，朱高(gao)(gao)煦(xu)也率伏(fu)兵(bing)出(chu)現，何(he)福(fu)敗走。
南軍(jun)(jun)缺糧，何福與平安(an)決(jue)定次日(ri)（二(er)十(shi)九日(ri)）突圍(wei)而(er)出(chu)，在(zai)淮河(he)取得給養，號令為(wei)(wei)三聲(sheng)炮響(xiang)；次日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)攻(gong)打靈(ling)壁墻壘，進攻(gong)信號正巧也是三聲(sheng)炮響(xiang)。于是南軍(jun)(jun)以(yi)(yi)為(wei)(wei)是己方號炮，紛紛奪路而(er)逃；燕(yan)軍(jun)(jun)趁勢(shi)進攻(gong)，南軍(jun)(jun)全軍(jun)(jun)覆沒。靈(ling)壁之戰(zhan)就此(ci)意外結束。此(ci)戰(zhan)燕(yan)軍(jun)(jun)生擒了陳暉、平安(an)、馬溥、徐真、孫成等(deng)三十(shi)七員(yuan)敵將，四名內官（宦官），一百(bai)(bai)五十(shi)員(yuan)朝廷(ting)大(da)臣，獲馬二(er)萬余匹，降者不(bu)計其數。只有(you)(you)何福單騎逃走。靈(ling)壁之戰(zhan)徹底擊(ji)潰了南軍(jun)(jun)主力，此(ci)后燕(yan)軍(jun)(jun)在(zai)長(chang)江以(yi)(yi)北(bei)再也沒有(you)(you)遇(yu)到像樣的抵抗。一千六百(bai)(bai)年(nian)前決(jue)定楚漢之爭勝敗的垓下之戰(zhan)就發生在(zai)靈(ling)壁附近，可謂(wei)歷史的巧合(he)。
按照齊、黃的(de)策劃，曾(ceng)令遼東派兵南下(xia)欲(yu)與鐵鉉會(hui)師(shi)濟南，但五(wu)月初一在直沽(gu)被燕軍擊潰。
靈璧(bi)之(zhi)戰后(hou)，燕(yan)軍(jun)向(xiang)(xiang)東(dong)南方(fang)(fang)向(xiang)(xiang)直(zhi)線(xian)(xian)前(qian)(qian)進(jin)。五(wu)月初(chu)七(qi)下(xia)泗州，朱棣(di)謁(ye)祖陵。盛(sheng)(sheng)庸(yong)在淮河設下(xia)防(fang)線(xian)(xian)阻(zu)礙燕(yan)軍(jun)渡(du)河，朱棣(di)在嘗試取(qu)道淮安、鳳陽受阻(zu)后(hou)，遣朱能、丘福率士兵數百人繞(rao)道上(shang)游乘漁船渡(du)河，五(wu)月初(chu)九從后(hou)方(fang)(fang)突(tu)襲盛(sheng)(sheng)庸(yong)，盛(sheng)(sheng)庸(yong)敗走。燕(yan)軍(jun)遂克盱眙(yi)。五(wu)月十一(yi)日(ri)(ri)，燕(yan)軍(jun)向(xiang)(xiang)揚(yang)(yang)州方(fang)(fang)向(xiang)(xiang)前(qian)(qian)進(jin)，五(wu)月十七(qi)日(ri)(ri)，到達天長（揚(yang)(yang)州西北50公里）。守揚(yang)(yang)州的監(jian)察御史王彬本想抵抗，但屬下(xia)反叛，趁(chen)其沐(mu)浴時綁縛之(zhi)。五(wu)月十八日(ri)(ri)，揚(yang)(yang)州不戰而降(jiang)，隨后(hou)高郵(you)歸降(jiang)。
五月(yue)(yue)二十二日(ri)，朱(zhu)允炆遣慶成郡主（朱(zhu)元璋的(de)侄女、朱(zhu)棣(di)的(de)堂(tang)姐）與朱(zhu)棣(di)談判，表(biao)示愿意割地(di)。朱(zhu)棣(di)說“此(ci)(ci)奸臣(chen)欲姑緩(huan)我，以俟(si)遠方之兵耳。”郡主無(wu)言(yan)以對，遂返(fan)。六月(yue)(yue)初一日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)準(zhun)備從(cong)浦子口渡(du)江，但遇到了(le)盛(sheng)(sheng)庸最后(hou)的(de)抵(di)抗。燕(yan)軍(jun)(jun)戰不利，朱(zhu)棣(di)打(da)算(suan)議(yi)和北還(huan)。此(ci)(ci)時(shi)朱(zhu)高(gao)(gao)煦(xu)引兵來援，朱(zhu)棣(di)非常(chang)高(gao)(gao)興，說“努(nu)力(li)罷！世子常(chang)常(chang)生病啊。”暗示朱(zhu)高(gao)(gao)煦(xu)有機會取得儲君寶座，于是朱(zhu)高(gao)(gao)煦(xu)大受鼓舞，率眾(zhong)殊死戰，擊敗(bai)(bai)盛(sheng)(sheng)庸。隨后(hou)中央(yang)軍(jun)(jun)的(de)一支水軍(jun)(jun)部隊降(jiang)燕(yan)，燕(yan)軍(jun)(jun)遂于六月(yue)(yue)初三日(ri)自瓜洲渡(du)江，并(bing)再(zai)次擊敗(bai)(bai)退守此(ci)(ci)地(di)的(de)盛(sheng)(sheng)庸。六月(yue)(yue)初六日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)至鎮江，守將率城投(tou)降(jiang)。
六月(yue)(yue)初(chu)八，燕軍駐扎于(yu)(yu)龍潭（距京(jing)師(shi)金(jin)(jin)陵東約30公里），朝(chao)廷大(da)震。朱(zhu)(zhu)(zhu)允炆(wen)徘徊殿間，召(zhao)方(fang)孝孺問計。有(you)人(ren)提(ti)議(yi)逃往(wang)內地以(yi)圖(tu)興復，方(fang)孝孺表示城中尚有(you)二(er)十萬兵，應(ying)堅守待援；即使真戰敗，國君為社稷而死，是(shi)(shi)理所應(ying)當的(de)。可以(yi)再(zai)派大(da)臣、在京(jing)諸王(wang)(wang)前往(wang)談(tan)判以(yi)拖(tuo)延時(shi)間。于(yu)(yu)是(shi)(shi)六月(yue)(yue)初(chu)九，派李(li)景(jing)隆(long)(long)、茹瑺(chang)等(deng)見(jian)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣，再(zai)次(ci)談(tan)判；朱(zhu)(zhu)(zhu)棣表示割地無名，只要奸臣。六月(yue)(yue)初(chu)十，遣谷王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)橞（建文(wen)元年逃回(hui)(hui)京(jing)城）、安(an)王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)楹(ying)等(deng)第三次(ci)前往(wang)談(tan)判，無果。六月(yue)(yue)十二(er)日，外出募(mu)兵的(de)大(da)臣們仍未(wei)返回(hui)(hui)，朱(zhu)(zhu)(zhu)允炆(wen)只得派在京(jing)諸王(wang)(wang)和武臣們守衛各門(men)。時(shi)左都督徐(xu)(xu)增壽(shou)（徐(xu)(xu)達子，輝祖弟）謀內應(ying)，被一群(qun)文(wen)官圍毆。次(ci)日（1402年7月(yue)(yue)13日），燕軍抵金(jin)(jin)陵。徐(xu)(xu)增壽(shou)作(zuo)內應(ying)，事敗，被朱(zhu)(zhu)(zhu)允炆(wen)親(qin)自誅殺于(yu)(yu)左順門(men)。守衛金(jin)(jin)川門(men)（位于(yu)(yu)南京(jing)城西(xi)北面）的(de)朱(zhu)(zhu)(zhu)橞和李(li)景(jing)隆(long)(long)望見(jian)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣麾蓋，開門(men)迎降(jiang)。
燕王(wang)進入京城，文武(wu)百(bai)官紛紛跪(gui)迎道旁(pang)，在(zai)群(qun)臣的擁戴下即(ji)皇帝位，是為明成(cheng)祖，年號(hao)永樂。歷時四年的“靖難之(zhi)役”以(yi)燕王(wang)朱棣的勝利而(er)告終。
建(jian)(jian)文四(si)年（1402年）六月十三，燕軍抵(di)金陵。徐增壽作內(nei)應(ying)，事敗，被朱允炆(wen)親自(zi)誅殺于(yu)左順門。守衛金川(chuan)(chuan)門（位于(yu)南京城西北面）的(de)(de)(de)朱橞和李景隆(long)望見朱棣麾蓋(gai)，開門迎降(jiang)，是為金川(chuan)(chuan)門之變。燕軍攻入(ru)金陵，江(jiang)山易主。靖(jing)難之役結(jie)束。戰爭雖結(jie)束，與此相關的(de)(de)(de)歷史卻在(zai)發(fa)展(zhan)。燕王(wang)進京后，宮中起火，建(jian)(jian)文帝下落不(bu)明(ming)。有的(de)(de)(de)說建(jian)(jian)文帝于(yu)宮中自(zi)焚而(er)死，或(huo)云建(jian)(jian)文帝由地道出(chu)亡，落發(fa)為僧，云游天下，傳說他(ta)于(yu)正統朝入(ru)居宮中，壽年而(er)終；又有一說建(jian)(jian)文帝逃至東南亞(ya)，鄭(zheng)和下西洋的(de)(de)(de)其中一個目(mu)的(de)(de)(de)就是尋找建(jian)(jian)文帝。建(jian)(jian)文帝的(de)(de)(de)真正下落已(yi)不(bu)可(ke)確考，成為明(ming)史上的(de)(de)(de)一大懸案(an)。
朱(zhu)(zhu)(zhu)棣稱帝后，建文四(si)年(nian)（1402年(nian)）六(liu)月十(shi)八日(ri)，恢復了周(zhou)王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)橚、齊王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)榑的(de)(de)爵(jue)位。隨后恢復代王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)桂、岷王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)楩的(de)(de)爵(jue)位。永樂元(yuan)年(nian)（1403年(nian)）正月，明(ming)成祖令周(zhou)、齊、代、岷四(si)王(wang)歸藩。六(liu)月二十(shi)六(liu)日(ri)，成祖取消建文帝之父朱(zhu)(zhu)(zhu)標的(de)(de)興(xing)宗廟號，重新稱懿文太子；七月十(shi)二日(ri)，成祖將(jiang)朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)的(de)(de)三個弟(di)弟(di)由親王(wang)降(jiang)為郡王(wang)；十(shi)一月將(jiang)朱(zhu)(zhu)(zhu)標之子朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)(yun)熥、朱(zhu)(zhu)(zhu)允(yun)(yun)熞(jian)廢為庶人，囚禁在老家鳳陽。
朱棣因為(wei)反對建文(wen)帝削藩而起兵，為(wei)了爭取(qu)諸王擁戴，還改變(bian)祖(zu)制(zhi)給(gei)予宗室更高的品(pin)(pin)級(ji)。如按照洪武年間規定，鎮(zhen)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)（郡王之子）為(wei)三(san)品(pin)(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)四(si)品(pin)(pin)，奉國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)五品(pin)(pin)，鎮(zhen)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)六品(pin)(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)七(qi)品(pin)(pin)，奉國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)八品(pin)(pin)。而成祖(zu)“遂加(jia)鎮(zhen)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)從(cong)一品(pin)(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)從(cong)二品(pin)(pin)，奉國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)將(jiang)(jiang)(jiang)軍(jun)從(cong)三(san)品(pin)(pin)，鎮(zhen)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)從(cong)四(si)品(pin)(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)從(cong)五品(pin)(pin)，奉國(guo)(guo)(guo)(guo)(guo)中(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)從(cong)六品(pin)(pin)”。
然而由于朱棣自己是武裝奪權(quan)(quan)的(de)，為了保(bao)證中(zhong)央政(zheng)權(quan)(quan)穩固，他即位(wei)后(hou)先將(jiang)諸邊(bian)塞王(wang)(wang)改封于內(nei)地，然后(hou)逐漸解除(chu)諸王(wang)(wang)的(de)兵權(quan)(quan)：永(yong)樂(le)(le)元年(nian)(nian)（1403年(nian)(nian)）削代王(wang)(wang)護(hu)(hu)衛(wei)及官(guan)屬；永(yong)樂(le)(le)四年(nian)(nian)（1406年(nian)(nian)）削齊王(wang)(wang)護(hu)(hu)衛(wei)及官(guan)屬，不(bu)久廢為庶人；永(yong)樂(le)(le)六年(nian)(nian)（1408年(nian)(nian)）削岷王(wang)(wang)護(hu)(hu)衛(wei)及官(guan)屬；永(yong)樂(le)(le)十年(nian)(nian)（1412年(nian)(nian)）削遼(liao)王(wang)(wang)護(hu)(hu)衛(wei)；永(yong)樂(le)(le)十五年(nian)(nian)（1417年(nian)(nian)）廢谷王(wang)(wang)為庶人；永(yong)樂(le)(le)十九(jiu)年(nian)(nian)（1419年(nian)(nian)）周王(wang)(wang)見(jian)勢(shi)不(bu)妙，主動獻還護(hu)(hu)衛(wei)。洪武朝帶兵的(de)十三(san)位(wei)親王(wang)(wang)，永(yong)樂(le)(le)朝削去了六個護(hu)(hu)衛(wei)。與此同時，大(da)封靖難(nan)功臣(chen)，將(jiang)大(da)批有(you)經驗的(de)武臣(chen)保(bao)留下(xia)來，加強中(zhong)央政(zheng)權(quan)(quan)，從(cong)根本上改變了中(zhong)央和諸藩的(de)軍事(shi)力量(liang)對比。
雖然(ran)朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)實現了朱(zhu)(zhu)(zhu)允炆(wen)當(dang)年(nian)的(de)目的(de)，但只解(jie)決了眼前的(de)問題，并(bing)沒有改變祖制；其子(zi)漢王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)高煦和趙王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)高燧仍然(ran)設立(li)了三(san)護衛。宣(xuan)德元年(nian)（1426年(nian)），朱(zhu)(zhu)(zhu)高煦叛亂(luan)，再(zai)次(ci)證明親(qin)王(wang)(wang)典兵不(bu)是辦法。親(qin)征平定(ding)叛亂(luan)后(hou)，明宣(xuan)宗利(li)用(yong)其威望，迫使絕大部(bu)份藩王(wang)(wang)交出了護衛，并(bing)從各(ge)個(ge)方面對(dui)宗室(shi)加(jia)以(yi)控(kong)制。此后(hou)，宗室(shi)與中央的(de)矛盾逐漸由軍(jun)事上(shang)對(dui)政權的(de)威脅轉變為大量(liang)增加(jia)的(de)俸祿(lu)對(dui)中央財政的(de)壓力。
為(wei)了更有效率地處理國務，建文四(si)年（1402年）八月(yue)初(chu)一，朱棣令解縉、黃淮入直文淵閣(ge)，預機務。隨后(hou)擴充(chong)內閣(ge)至七人(ren)。從(cong)此內閣(ge)開始(shi)在明朝(chao)政治中(zhong)發(fa)揮越來越重(zhong)要的作用，甚至清朝(chao)仍沿(yan)用此制度。
另(ling)一(yi)方(fang)面，由于朱棣(di)是造反稱帝的(de)(de)，對大臣有(you)所猜忌(ji)，故恢復了(le)洪武年間廢除的(de)(de)錦(jin)衣(yi)衛(wei)，重新開(kai)始(shi)實(shi)施明朝的(de)(de)特(te)(te)務統(tong)治。隨后，永樂十八(ba)年（1420年），朱棣(di)又(you)設立了(le)東廠，令親信太監掌權，加強特(te)(te)務統(tong)治的(de)(de)同時提高(gao)了(le)宦官的(de)(de)地位。有(you)明一(yi)代，特(te)(te)務統(tong)治幾乎貫穿始(shi)終，成為(wei)一(yi)大特(te)(te)點(dian)。
由于靖難之(zhi)役時，京中宦(huan)官(guan)(guan)(guan)提供的(de)(de)情(qing)報(bao)幫助成祖(zu)擊敗惠(hui)帝，成祖(zu)即位后便改變太(tai)祖(zu)以來禁(jin)止(zhi)宦(huan)官(guan)(guan)(guan)干政的(de)(de)政策(ce)，開始重用宦(huan)官(guan)(guan)(guan)。一(yi)方(fang)面，明朝出現了(le)鄭和(he)等(deng)著名的(de)(de)優(you)秀宦(huan)官(guan)(guan)(guan)，下(xia)西(xi)洋宣揚國威；另一(yi)方(fang)面，由于司禮監、東廠等(deng)宦(huan)官(guan)(guan)(guan)掌權的(de)(de)部門地位提高(gao)，且(qie)地方(fang)鎮守(shou)、監督采辦等(deng)重要工作皆由宦(huan)官(guan)(guan)(guan)擔任(ren)（不全為(wei)朱棣(di)設置），埋下(xia)了(le)日后宦(huan)官(guan)(guan)(guan)禍(huo)國的(de)(de)種子。
由于(yu)洪武年間，北(bei)方的(de)(de)(de)防務(wu)多由幾(ji)位(wei)邊(bian)王（如朱(zhu)棣、朱(zhu)權）負責，而靖難后(hou)朱(zhu)棣徙諸(zhu)邊(bian)王于(yu)內(nei)地(di)，導致華北(bei)防務(wu)空虛；又由于(yu)有(you)唐朝之守(shou)外虛內(nei)、宋朝之守(shou)內(nei)虛外的(de)(de)(de)教訓，故在(zai)軍(jun)事(shi)上，定(ding)都(dou)金陵（南(nan)(nan)京）、遙控(kong)將(jiang)領守(shou)衛邊(bian)界的(de)(de)(de)風險(xian)很大；“天子守(shou)國門(men)”則可以解決(jue)這一問題(ti)。另一方面，由于(yu)南(nan)(nan)京的(de)(de)(de)建(jian)文(wen)帝(di)影響較大，在(zai)政治上考慮(lv)，作(zuo)為(wei)朱(zhu)棣大本營的(de)(de)(de)北(bei)平更加適(shi)合作(zuo)為(wei)帝(di)都(dou)。故考慮(lv)各種因(yin)素后(hou)，朱(zhu)棣決(jue)定(ding)遷都(dou)北(bei)京。
永(yong)樂(le)元(yuan)年(nian)(nian)(nian)(nian)（1403年(nian)(nian)(nian)(nian)）二月，朱棣改(gai)北(bei)(bei)平為北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)，名順天府（與元(yuan)朝大都(dou)區(qu)別）；隨(sui)后遷徙各地富民于(yu)北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)。稱(cheng)北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)為行在。永(yong)樂(le)年(nian)(nian)(nian)(nian)間，遷都(dou)北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)的準備一(yi)直在進行，如建北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)城、建宮(gong)(gong)殿、疏通(tong)漕運等；直到永(yong)樂(le)十八年(nian)(nian)(nian)(nian)（1420年(nian)(nian)(nian)(nian)），北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)皇宮(gong)(gong)（即紫禁城，故宮(gong)(gong)）和北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)城建成(cheng)，遂下令遷都(dou)，以南(nan)京(jing)(jing)(jing)作(zuo)為留都(dou)。
朱(zhu)棣在靖難初始(shi)時曾將大寧的(de)全部軍力（包括朵(duo)顏三(san)衛(wei)）納入麾下，朵(duo)顏三(san)衛(wei)在后(hou)續作戰中起(qi)到了(le)重要作用(yong)；故朱(zhu)棣稱帝(di)后(hou)，將寧王封(feng)于南昌(chang)，永樂元年（1403年）三(san)月把大寧封(feng)賞(shang)給朵(duo)顏三(san)衛(wei)作酬勞。
大(da)寧(ning)(ning)位于遼(liao)(liao)蒙冀三(san)省交界(jie)處(chu)，遼(liao)(liao)東—薊州(zhou)—宣府弓(gong)形的(de)中心，軍(jun)事(shi)地位相當重要；洪武十三(san)年（1380年）收復，并建立衛所，至此(ci)(ci)廢除。大(da)寧(ning)(ning)可(ke)以作為遼(liao)(liao)東、薊州(zhou)、宣府等地的(de)防衛前哨，并影響(xiang)其防衛效果；失去大(da)寧(ning)(ning)，從關內到遼(liao)(liao)東就(jiu)只能走山海關過錦州(zhou)。此(ci)(ci)后（尤其是(shi)土(tu)木(mu)之變后），薊遼(liao)(liao)的(de)戰事(shi)不(bu)斷。割大(da)寧(ning)(ning)之事(shi)，多為后人所詬病。
靖(jing)難之役涉及整個華北和華東(dong)地(di)區，反(fan)復的(de)拉鋸戰使(shi)得淮河(he)以北的(de)社會經(jing)濟遭到極大的(de)破壞。朱棣(di)登基后，減(jian)免了河(he)北、河(he)南、山東(dong)等(deng)曾為(wei)戰場的(de)省(sheng)份及其(qi)它(ta)省(sheng)份的(de)賦稅，以休(xiu)養生(sheng)息。
“靖難之役”是明朝歷史(shi)上(shang)第一場皇帝(di)和藩王之間的內戰。這場戰爭是建文帝(di)朱允炆為了鞏固自(zi)己的權(quan)力、決定削藩而(er)引起(qi)的。
“靖(jing)難之役”是明朝(chao)歷史上影響(xiang)深遠的一次政權爭奪戰，不(bu)僅導致了(le)明朝(chao)皇位歸屬的改變(bian)，也極大(da)(da)影響(xiang)了(le)此后二百多(duo)年明朝(chao)政治(zhi)、思想的走向。清代(dai)大(da)(da)學者、《〈說文(wen)解字(zi)〉注》的作者段玉(yu)裁在《明史十二論》中(zhong)將“靖(jing)難之役”、景(jing)泰末年的“奪門之變(bian)”以及嘉靖(jing)初年的“大(da)(da)禮議”稱(cheng)為影響(xiang)明朝(chao)歷史走向的“三大(da)(da)案”。
“靖難之役”以后(hou)，開(kai)國(guo)(guo)(guo)功(gong)(gong)臣集團(tuan)——明朝初年的(de)“太子黨”地(di)位(wei)急劇下降。南(nan)京是(shi)開(kai)國(guo)(guo)(guo)功(gong)(gong)臣集團(tuan)的(de)巢穴，永樂十九年（1421年），朱棣正式把明朝的(de)首都從(cong)南(nan)京遷往北京，更(geng)加(jia)削(xue)弱了開(kai)國(guo)(guo)(guo)功(gong)(gong)臣的(de)影(ying)響力。伴(ban)隨著開(kai)國(guo)(guo)(guo)功(gong)(gong)臣集團(tuan)地(di)位(wei)的(de)下降，靖難功(gong)(gong)臣的(de)影(ying)響力迅速攀升，英國(guo)(guo)(guo)公張家(jia)成了此后(hou)明朝政壇的(de)不倒翁，長期處于最高統治集團(tuan)之列。
巧笑倩兮 
