大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木據稱(cheng)是先知穆罕(han)默德女(nv)兒的(de)(de)(de)后裔(yi)，其子孫號(hao)(hao)稱(cheng)“和(he)卓(zhuo)”，主要分為黑(hei)山(shan)派和(he)白山(shan)派兩個敵對的(de)(de)(de)支(zhi)系。明代中(zhong)期，黑(hei)山(shan)派和(he)卓(zhuo)得到葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗國王室的(de)(de)(de)支(zhi)持，成為西域天山(shan)南路的(de)(de)(de)穆斯林宗教領(ling)袖(xiu)。明末清初(chu)，白山(shan)派領(ling)袖(xiu)瑪(ma)(ma)木特·玉素布(bu)(bu)從中(zhong)亞來(lai)到喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)(er)（今(jin)喀(ka)什(shen)市(shi)）傳教，后來(lai)被葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗和(he)黑(hei)山(shan)派驅逐。瑪(ma)(ma)木特·玉素布(bu)(bu)之子伊(yi)達(da)雅圖勒拉逃往(wang)甘肅河(he)州（今(jin)臨(lin)夏市(shi)），輾轉來(lai)到西藏，尋求達(da)賴喇嘛和(he)蒙古準(zhun)噶(ga)爾(er)(er)(er)部的(de)(de)(de)支(zhi)持。清康(kang)熙十九年（1680年），在伊(yi)達(da)雅圖勒拉的(de)(de)(de)幫助(zhu)下，準(zhun)噶(ga)爾(er)(er)(er)汗噶(ga)爾(er)(er)(er)丹進兵(bing)葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)，廢黜了葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗伊(yi)思瑪(ma)(ma)業勒，扶(fu)植伊(yi)思瑪(ma)(ma)業勒之侄阿(a)卜都里什(shen)特即位(wei)。伊(yi)達(da)雅圖勒拉驅逐了葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)的(de)(de)(de)黑(hei)山(shan)派首領(ling)，號(hao)(hao)稱(cheng)“阿(a)帕克和(he)卓(zhuo)”，但又(you)與葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)汗發生(sheng)沖突。
約在(zai)1692年，阿(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)(zhuo)戰勝了葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)馬哈(ha)麻特(te)·額敏，控制了喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)等(deng)地。兩年后(hou)阿(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)(zhuo)去(qu)(qu)世，喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)一帶(dai)陷(xian)入(ru)葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)、白山(shan)(shan)派、吉利(li)吉思（布(bu)魯(lu)特(te)）和(he)各地伯克(ke)的(de)(de)混(hun)戰之中。策妄阿(a)拉布(bu)坦(tan)繼任(ren)準(zhun)噶(ga)爾(er)(er)(er)汗(han)(han)(han)后(hou)，將天(tian)山(shan)(shan)南路置(zhi)于其直接統治之下，黑山(shan)(shan)、白山(shan)(shan)兩派的(de)(de)和(he)卓(zhuo)(zhuo)后(hou)裔都被(bei)(bei)遷至伊(yi)犁（今伊(yi)犁州霍城縣(xian)）一帶(dai)囚禁(jin)(jin)。到(dao)了噶(ga)爾(er)(er)(er)丹(dan)策零在(zai)位(wei)時(shi)，又任(ren)用(yong)黑山(shan)(shan)派和(he)卓(zhuo)(zhuo)達(da)涅爾(er)(er)(er)管理(li)葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)、喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)等(deng)地事務。此時(shi)，阿(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)(zhuo)之孫瑪(ma)罕木特(te)已(yi)在(zai)囚禁(jin)(jin)中死(si)去(qu)(qu)，其二子波羅(luo)尼都、霍集占，即大小和(he)卓(zhuo)(zhuo)，被(bei)(bei)囚禁(jin)(jin)于伊(yi)犁東(dong)北的(de)(de)額林哈(ha)畢爾(er)(er)(er)噶(ga)（今依連哈(ha)比爾(er)(er)(er)尕山(shan)(shan)），由當(dang)地準(zhun)噶(ga)爾(er)(er)(er)宰桑阿(a)巴(ba)噶(ga)斯(si)、哈(ha)丹(dan)兄弟看管。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定北(bei)將(jiang)軍(jun)(jun)班第、定邊左副(fu)將(jiang)軍(jun)(jun)阿睦爾(er)撒(sa)納出北(bei)路(lu)，參贊(zan)大(da)臣鄂容安、定邊右副(fu)將(jiang)軍(jun)(jun)薩(sa)喇勒(le)出西(xi)路(lu)，兩軍(jun)(jun)約于博羅塔拉(la)（博爾(er)塔拉(la)）會師(shi)。在進軍(jun)(jun)途中，阿巴(ba)噶斯、哈(ha)丹(dan)等(deng)人率眾投降。四(si)月(yue)初八，波(bo)羅尼(ni)都(dou)來(lai)到西(xi)路(lu)軍(jun)(jun)薩(sa)喇勒(le)處投誠(cheng)，稱：“策妄阿喇布(bu)坦時(shi)將(jiang)我(wo)(wo)父縛來(lai)為質，至(zhi)今并不將(jiang)我(wo)(wo)等(deng)放回(hui)(hui)。我(wo)(wo)等(deng)情愿(yuan)帶(dai)領屬(shu)下三十余(yu)戶投降大(da)皇帝為臣仆(pu)”。不久，霍集(ji)占亦(yi)隨哈(ha)丹(dan)來(lai)降，并稱“若(ruo)荷恩得回(hui)(hui)故土，情愿(yuan)招服(fu)喀什噶爾(er)、葉爾(er)羌各處人眾，同來(lai)歸順”。五(wu)月(yue)，清(qing)兵進駐伊犁(li)。班第擬送波(bo)羅尼(ni)都(dou)赴京朝(chao)覲，留霍集(ji)占在伊犁(li)“照管游牧”，即管理被準噶爾(er)遷(qian)至(zhi)伊犁(li)的回(hui)(hui)人（清(qing)代稱維吾(wu)爾(er)人為“回(hui)(hui)人”）。
六月，烏什(shen)伯(bo)克(ke)(ke)霍集斯(si)誘擒(qin)準噶(ga)爾汗達(da)瓦(wa)齊，將(jiang)達(da)瓦(wa)齊縛(fu)獻清軍，準噶(ga)爾汗國(guo)滅(mie)亡。此時，喀(ka)(ka)(ka)什(shen)噶(ga)爾的(de)(de)黑山(shan)派(pai)和(he)卓(zhuo)玉素普(pu)（達(da)涅(nie)爾之(zhi)子(zi)）正計劃向(xiang)北進軍。阿克(ke)(ke)蘇(su)的(de)(de)阿奇(qi)木(mu)(mu)伯(bo)克(ke)(ke)阿卜都瓜(gua)卜（霍集斯(si)之(zhi)兄）向(xiang)班第提議：由清軍派(pai)使者護送大小和(he)卓(zhuo)之(zhi)一前(qian)去(qu)喀(ka)(ka)(ka)什(shen)噶(ga)爾，“然后(hou)宣告他已被(bei)中(zhong)國(guo)皇帝指定為該地區(qu)的(de)(de)統治者”。班第派(pai)遣(qian)侍衛托倫(lun)(lun)泰(tai)與霍集斯(si)護送波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都南下招服喀(ka)(ka)(ka)什(shen)噶(ga)爾、葉爾羌(qiang)，霍集占則仍留伊犁。托倫(lun)(lun)泰(tai)與波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都在(zai)霍集斯(si)家族的(de)(de)支持下，在(zai)烏什(shen)集結軍隊(dui)，擊(ji)敗了(le)北上的(de)(de)黑山(shan)派(pai)，并乘勝南進。喀(ka)(ka)(ka)什(shen)噶(ga)爾的(de)(de)阿奇(qi)木(mu)(mu)伯(bo)克(ke)(ke)和(he)什(shen)克(ke)(ke)開城投降。葉爾羌(qiang)的(de)(de)黑山(shan)派(pai)首領和(he)卓(zhuo)加罕（即雅庫布(bu)，玉素普(pu)長兄）力戰不敵，最后(hou)兵敗被(bei)殺。
清軍占領伊(yi)犁(li)后，朝廷以平定準噶(ga)爾(er)(er)(er)大功告成，將西(xi)征(zheng)大軍撤(che)回內(nei)地(di)，僅留少(shao)量兵力駐守伊(yi)犁(li)、烏魯木齊等處。乾(qian)(qian)隆(long)皇帝認為阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納雖有覬覦(yu)準噶(ga)爾(er)(er)(er)汗位之(zhi)志，但“料伊(yi)亦不敢遽(ju)爾(er)(er)(er)妄(wang)行”，并(bing)指示諸大臣：阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納“不過(guo)希(xi)圖肥己，不必過(guo)于苛(ke)求”。乾(qian)(qian)隆(long)二(er)十(shi)年(nian)(nian)(nian)（1755年(nian)(nian)(nian)）八月(yue)，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納在赴(fu)熱河途中叛逃(tao)，潛往(wang)塔(ta)爾(er)(er)(er)巴哈臺。伊(yi)犁(li)的宰桑(sang)、喇嘛起兵響應(ying)，攻(gong)占了伊(yi)犁(li)城(cheng)。霍集占在戰亂(luan)中率(lv)所屬(shu)維吾爾(er)(er)(er)人逃(tao)離伊(yi)犁(li)。同被準噶(ga)爾(er)(er)(er)囚禁在伊(yi)犁(li)的白山派(pai)額(e)爾(er)(er)(er)克和卓額(e)色尹（霍集占族叔）、鄂托蘭珠(zhu)和卓瑪木特(te)等人不愿依附霍集占，逃(tao)往(wang)布(bu)魯特(te)部落及浩罕(han)等地(di)。是年(nian)(nian)(nian)末，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納遣使至波羅(luo)尼都(dou)(dou)處，告知(zhi)攻(gong)陷伊(yi)犁(li)情(qing)形。波羅(luo)尼都(dou)(dou)等將托倫泰(tai)、特(te)古斯（薩喇勒之(zhi)兄）等人及蒙古官兵扣留。乾(qian)(qian)隆(long)二(er)十(shi)一年(nian)(nian)(nian)（1756年(nian)(nian)(nian)）二(er)月(yue)，定西(xi)將軍策楞率(lv)西(xi)路清軍收復伊(yi)犁(li)，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納逃(tao)往(wang)哈薩克，形勢再度(du)逆轉。五月(yue)，霍集占與波羅(luo)尼都(dou)(dou)會合。霍集占殺死阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)納派(pai)來(lai)的使者，將托倫泰(tai)送(song)回；又以投(tou)誠為名(ming)，派(pai)人到清軍大營(ying)探聽(ting)消息。
霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)欲反清(qing)自(zi)(zi)(zi)立，與手下各頭(tou)目商議：“甫免為(wei)厄魯特(te)(te)（準噶(ga)爾(er)）役使(shi)，今若投誠，又當納貢。不(bu)若自(zi)(zi)(zi)長一方，種地守城，足為(wei)捍御(yu)。”波羅(luo)尼都不(bu)愿與清(qing)軍為(wei)敵(di)，說(shuo)：“從前受辱(ru)于厄魯特(te)(te)，非大國（清(qing)）兵力，安(an)能復歸(gui)故土？恩(en)不(bu)可(ke)負，即兵力亦斷(duan)不(bu)能抗。”霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)派(pai)人殺死蒙(meng)古察合臺汗(han)王后(hou)裔以及葉爾(er)羌舊首領伊克和卓，又自(zi)(zi)(zi)加(jia)汗(han)號，稱“巴圖(tu)爾(er)汗(han)”。波羅(luo)尼都勸阻霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)：“我兄弟自(zi)(zi)(zi)祖父三世，俱被準噶(ga)爾(er)囚(qiu)禁。荷蒙(meng)天(tian)恩(en)釋放，仍為(wei)回部頭(tou)目，受恩(en)深重(zhong)。若爾(er)有負天(tian)朝，任(ren)爾(er)自(zi)(zi)(zi)為(wei)，我必不(bu)能聽從”。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)固執己(ji)見，兄弟二人出現不(bu)和。
霍(huo)集占(zhan)只信任在伊犁囚禁時追隨他(ta)的屬下，對回疆(jiang)各地(di)(di)原(yuan)有伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)則明加籠絡，暗奪其(qi)權，致使(shi)(shi)“各城(cheng)頭目，俱不心服”。霍(huo)集占(zhan)因忌憚烏什(shen)、阿(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)蘇的霍(huo)集斯家族勢(shi)力，以烏什(shen)伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)霍(huo)集斯為和(he)闐伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)，阿(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)蘇伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)阿(a)卜(bu)都瓜卜(bu)為葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)，使(shi)(shi)霍(huo)集斯兄弟子侄(zhi)分(fen)居各城(cheng)。霍(huo)集斯畏其(qi)聲(sheng)勢(shi)不敢違抗(kang)。“喀什(shen)噶爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)的伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)階(jie)級也幾(ji)乎沒有支持和(he)卓木兄弟的”。喀什(shen)噶爾(er)(er)(er)伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)和(he)什(shen)克(ke)(ke)(ke)(ke)不愿依附霍(huo)集占(zhan)，不得不逃亡至(zhi)布魯(lu)特。阿(a)睦爾(er)(er)(er)撒納叛(pan)亂前后，庫(ku)車(che)伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)鄂對、拜城(cheng)伯(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)噶岱默(mo)特等人已(yi)避亂投奔清軍，于是霍(huo)集占(zhan)又接收了(le)庫(ku)車(che)、拜城(cheng)，控制了(le)喀喇(la)沙爾(er)(er)(er)（今焉耆）以南、塔里木盆地(di)(di)西部的大(da)部分(fen)地(di)(di)方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的戶(hu)部左(zuo)侍郎兆(zhao)惠接到(dao)托倫(lun)泰返回(hui)(hui)(hui)的報文(wen)，認為“回(hui)(hui)(hui)城(cheng)地(di)(di)方并(bing)無事故(gu)”，于(yu)是(shi)遣副(fu)都統(tong)阿敏(min)道(dao)(dao)、宰桑錫克錫爾(er)格帶(dai)索倫(lun)、準噶(ga)爾(er)兵(bing)三千(qian)余(yu)人往招(zhao)撫回(hui)(hui)(hui)部各(ge)城(cheng)，“將回(hui)(hui)(hui)人等加意安撫”，并(bing)催繳各(ge)地(di)(di)稅賦。和卓軍隊據守庫車(che)城(cheng)與阿敏(min)道(dao)(dao)對(dui)峙。阿敏(min)道(dao)(dao)詢問庫車(che)伯克呼(hu)(hu)岱(dai)巴爾(er)氐（霍集斯長子）為何(he)據城(cheng)迎戰，呼(hu)(hu)岱(dai)巴爾(er)氐詭稱因畏懼(ju)清軍中的準噶(ga)爾(er)兵(bing)，不敢歸降。于(yu)是(shi)阿敏(min)道(dao)(dao)令準噶(ga)爾(er)兵(bing)撤回(hui)(hui)(hui)，僅帶(dai)索倫(lun)兵(bing)一(yi)百余(yu)人入城(cheng)。
十月，先前(qian)由策楞(leng)遣(qian)往葉爾(er)羌、喀什(shen)噶(ga)爾(er)的(de)官員提奇圖等(deng)返回伊犁(li)軍(jun)營，報(bao)告(gao)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占扣留清軍(jun)派(pai)去的(de)蒙古兵丁及(ji)種(zhong)種(zhong)謀反情(qing)(qing)(qing)形。兆惠認為(wei)波羅尼都“似屬(shu)恭順”，霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占“顯有(you)背(bei)逆情(qing)(qing)(qing)狀(zhuang)”，擬令(ling)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占親自來伊犁(li)謁見。但乾隆(long)皇帝并未意識(shi)到局勢(shi)的(de)嚴重(zhong)。此時，霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占派(pai)出(chu)的(de)使(shi)者沙泥(ni)雅斯抵達(da)京師謝恩，乾隆(long)皇帝認為(wei)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占遣(qian)使(shi)遠來“意甚(shen)誠(cheng)篤”；且因其向來畏懼(ju)準噶(ga)爾(er)，情(qing)(qing)(qing)有(you)可原；并傳諭兆惠“但令(ling)其每年貢(gong)賦照(zhao)交納，毋(wu)庸加以兵威”。
此時(shi)，征(zheng)討阿(a)睦(mu)爾(er)撒納的(de)清軍(jun)主力陸續撤回(hui)，一部份清軍(jun)被調往(wang)蒙古平定(ding)撤驛之(zhi)變，天(tian)山(shan)北路守備空(kong)虛。十一月，乾隆皇帝冊(ce)封(feng)的(de)輝(hui)特汗班(ban)珠爾(er)與綽羅斯汗噶勒藏(zang)多爾(er)濟相約(yue)舉兵叛亂。已(yi)升任定(ding)邊右副將軍(jun)的(de)兆惠率五(wu)百(bai)余人由伊犁東撤，在鄂壘扎拉圖（今屬烏蘇市）、庫圖齊(qi)、烏魯木齊(qi)經數(shu)次惡戰(zhan)后，于(yu)次年二(er)月退回(hui)巴里坤。阿(a)睦(mu)爾(er)撒納重返西(xi)域，清軍(jun)再次失去對天(tian)山(shan)北路的(de)控制。在此情勢下(xia)，霍集占認為清廷(ting)在西(xi)域的(de)統治已(yi)近乎崩(beng)潰，遂于(yu)乾隆二(er)十二(er)年（1757年）三(san)月令人殺死庫車城內的(de)阿(a)敏(min)道(dao)(dao)，公開舉兵反叛。呼岱巴爾(er)氐(di)得知這一命(ming)令后，暗中(zhong)告(gao)知阿(a)敏(min)道(dao)(dao)。阿(a)敏(min)道(dao)(dao)率眾(zhong)逃出城外，被霍集占軍(jun)追及，一百(bai)余人全(quan)部戰(zhan)死。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆(long)皇帝與大(da)臣認為波羅尼(ni)(ni)都(dou)“頗(po)圖安靜(jing)”、并無(wu)謀(mou)反之心(xin)，以至(zhi)期望波羅尼(ni)(ni)都(dou)將霍集(ji)占擒(qin)獲，并向清(qing)軍投誠(cheng)。二月，朝廷以雅爾哈善為靖逆將軍，率參贊(zan)大(da)臣哈寧(ning)阿、巴里坤(kun)領隊大(da)臣愛隆(long)阿、吐魯番(fan)貝勒(le)額敏和卓(zhuo)、哈密貝子玉素富(fu)、肅(su)州(zhou)總兵(bing)閆(yan)相師(shi)、鑲黃旗察哈爾總管端濟(ji)布、庫車伯克鄂(e)對等，領兵(bing)八千，由吐魯番(fan)西進，四月中旬(xun)至(zhi)喀喇沙(sha)爾集(ji)結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍兵(bing)(bing)數千由烏什來援，在庫車城(cheng)南被愛隆阿、端濟布(bu)等擊敗。霍集占負傷逃入(ru)庫車城(cheng)，堅守不出。提督馬得勝(sheng)(sheng)派兵(bing)(bing)挖(wa)(wa)隧(sui)道攻城(cheng)，雅爾哈善(shan)求勝(sheng)(sheng)心切，催促士(shi)兵(bing)(bing)日(ri)夜挖(wa)(wa)掘(jue)。守軍在夜間看到(dao)火光，引水灌入(ru)隧(sui)道將(jiang)清(qing)兵(bing)(bing)淹死。乾隆皇帝見(jian)雅爾哈善(shan)指揮無方，遂令定邊將(jiang)軍兆惠率(lv)兵(bing)(bing)南下征討。
霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)入城(cheng)(cheng)后，便(bian)殺戮鄂(e)對(dui)在城(cheng)(cheng)中的親屬(shu)。鄂(e)對(dui)之妻(qi)依(yi)熱(re)木年少，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)欲納為(wei)(wei)妾。依(yi)熱(re)木不從，被囚于(yu)高樓，日(ri)加(jia)凌辱，其(qi)二子一(yi)女被叛軍從城(cheng)(cheng)墻上拋下而死。鄂(e)對(dui)向雅爾(er)哈善提議(yi)：分兵(bing)埋伏于(yu)庫車城(cheng)(cheng)西、北的兩處隘口，城(cheng)(cheng)中糧盡時(shi)，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)必出城(cheng)(cheng)逃(tao)走，可(ke)從容將其(qi)擒(qin)獲。雅爾(er)哈善認為(wei)(wei)鄂(e)對(dui)是新降(jiang)之人(ren)(ren)，并不聽信其(qi)言。六(liu)月二十三(san)日(ri)夜，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)率騎兵(bing)四百余人(ren)(ren)出西門逃(tao)遁。八(ba)月，阿(a)卜都(dou)克(ke)勒(le)木也棄城(cheng)(cheng)逃(tao)走。城(cheng)(cheng)中頭(tou)人(ren)(ren)阿(a)拉(la)難爾(er)率老弱(ruo)殘(can)兵(bing)出降(jiang)。鄂(e)對(dui)入城(cheng)(cheng)后，手刃霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)黨(dang)羽三(san)十余人(ren)(ren)。
乾隆皇帝得知雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)(ha)善(shan)(shan)疏于防守(shou)，致霍集占(zhan)走脫，極為震怒，命將(jiang)雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)(ha)善(shan)(shan)逮京議斬；以工(gong)部尚書(shu)納穆(mu)札爾(er)代雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)(ha)善(shan)(shan)為靖逆將(jiang)軍(jun)，戶部侍郎(lang)石三(san)泰為參贊(zan)大臣，受(shou)兆惠(hui)節制。此時(shi)，雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)(ha)善(shan)(shan)留玉素富駐守(shou)庫車，以端濟布為前鋒(feng)，開赴阿克蘇。
當六月(yue)清(qing)軍圍(wei)攻(gong)庫(ku)車(che)之時，賽喇木（今拜城縣(xian)賽里木鎮）、沙雅爾(er)（今沙雅縣(xian)）爆發了(le)反對霍(huo)集(ji)占的起義(yi)，二城隨(sui)即(ji)向清(qing)軍投降。在霍(huo)集(ji)占從(cong)庫(ku)車(che)逃往(wang)阿(a)(a)克蘇途中，阿(a)(a)克蘇毛拉阿(a)(a)舒爾(er)率眾殺(sha)死霍(huo)集(ji)占的親(qin)信，推舉(ju)頗拉特為總伯克，派人向清(qing)軍投誠。霍(huo)集(ji)占攻(gong)阿(a)(a)克蘇城不下，又奔赴烏(wu)什。
八月(yue)二十(shi)四日，兆惠與雅(ya)爾哈(ha)善會合，次日進駐阿(a)(a)(a)克蘇。兆惠奏請以(yi)鄂對為(wei)阿(a)(a)(a)克蘇之阿(a)(a)(a)奇木伯克，頗拉(la)特(te)為(wei)其副手；并(bing)收繳(jiao)雅(ya)爾哈(ha)善官印，將其押解赴京。兆惠隨即(ji)向(xiang)烏什進發(fa)，留閆相師綠(lv)營(ying)兵八百人駐防阿(a)(a)(a)克蘇城(cheng)。革職后(hou)在兆惠軍中效力的舒赫德也留在阿(a)(a)(a)克蘇。
烏(wu)什伯克(ke)漠(mo)咱帕(pa)爾是霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)之子(zi)，得(de)知霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占率軍(jun)前來，企圖設宴將(jiang)其誘擒，但計劃(hua)泄露。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占得(de)知后(hou)(hou)不敢入(ru)城，派隨軍(jun)的霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)招降漠(mo)咱帕(pa)爾。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)原為烏(wu)什、吐魯番(fan)一帶豪(hao)族，被迫依(yi)附于霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占。入(ru)城后(hou)(hou)，霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)隨即倒(dao)戈，派其子(zi)呼岱巴爾氐前往阿克(ke)蘇迎清軍(jun)入(ru)城。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占一路向(xiang)南退卻，返回喀(ka)什噶爾。八月三(san)十(shi)日，兆(zhao)惠進駐烏(wu)什，以霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)之妻與總兵(bing)丑達(da)駐守(shou)。
九月初，兆惠派(pai)侍(shi)衛齊(qi)凌扎布(bu)與鄂對前往和闐招(zhao)降(jiang)。由于和闐伯克霍集(ji)(ji)斯已降(jiang)清，和闐首城(cheng)額(e)里(li)齊(qi)（今(jin)(jin)和田(tian)(tian)市）的(de)(de)頭人(ren)將霍集(ji)(ji)占黨(dang)羽驅逐，迎清兵(bing)入城(cheng)。九月下(xia)旬(xun)，和闐所轄的(de)(de)哈(ha)喇哈(ha)什(shen)（今(jin)(jin)墨(mo)玉(yu)(yu)縣）、克勒底雅（今(jin)(jin)于田(tian)(tian)縣）、齊(qi)爾拉（今(jin)(jin)策勒縣）、玉(yu)(yu)隴(long)哈(ha)什(shen)（今(jin)(jin)洛浦(pu)縣玉(yu)(yu)龍喀什(shen)鎮）、塔克（在今(jin)(jin)于田(tian)(tian)縣南）全部(bu)歸降(jiang)。至(zhi)此，僅有喀什(shen)噶爾、葉(xie)爾羌二城(cheng)尚在大小和卓(zhuo)手(shou)中。
自(zi)兆(zhao)(zhao)惠南下(xia)一(yi)月有(you)余，阿(a)(a)克(ke)(ke)蘇、烏什(shen)、和(he)(he)闐望風而降(jiang)(jiang)(jiang)，致使其錯判形勢，輕敵(di)冒(mao)進。霍(huo)集斯向兆(zhao)(zhao)惠提議：先(xian)攻占葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)，截住大小(xiao)(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)出(chu)逃之路；再進兵喀什(shen)噶(ga)爾，則(ze)波羅尼(ni)都自(zi)當歸(gui)降(jiang)(jiang)(jiang)。于(yu)是兆(zhao)(zhao)惠不等納穆札爾、石(shi)三泰(tai)的(de)主力抵達，先(xian)率四千人(ren)(ren)向葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)進發(fa)，愛隆(long)阿(a)(a)、戶部侍(shi)郎明瑞、霍(huo)集斯、端濟布、噶(ga)岱默(mo)特等從行(xing)。乾隆(long)皇帝也(ye)認為(wei)“回部各城迎降(jiang)(jiang)(jiang)相(xiang)繼，大功可計(ji)日而成”，開始考慮各城伯克(ke)(ke)人(ren)(ren)選，以及駐兵屯田(tian)等事宜。又令章嘉呼(hu)圖(tu)克(ke)(ke)圖(tu)寫信給拉達克(ke)(ke)（今克(ke)(ke)什(shen)米爾東南）頭人(ren)(ren)，若大小(xiao)(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)逃至彼(bi)處(chu)，“即擒解前(qian)來”，“斷不可容(rong)留疏縱”。九(jiu)月，乾隆(long)皇帝令在(zai)哈(ha)薩克(ke)(ke)追剿叛(pan)軍的(de)參贊大臣富德前(qian)往阿(a)(a)克(ke)(ke)蘇策應(ying)兆(zhao)(zhao)惠。又起(qi)用舒赫德為(wei)頭等侍(shi)衛(wei)，并增派察哈(ha)爾兵七百(bai)人(ren)(ren)、綠營兵三百(bai)人(ren)(ren)赴阿(a)(a)克(ke)(ke)蘇，歸(gui)舒赫德統領。
霍(huo)集(ji)(ji)占退回(hui)喀(ka)什(shen)噶爾后，波羅尼都怨其輕(qing)舉(ju)妄動，招致清(qing)軍征討。于是霍(huo)集(ji)(ji)占前(qian)往葉爾羌駐守，堅壁清(qing)野，并(bing)散布謠言稱(cheng)清(qing)軍已將霍(huo)集(ji)(ji)斯殺(sha)害，且要來(lai)殺(sha)盡回(hui)人。十(shi)月初五，兆惠進兵葉爾羌城(cheng)下，見葉爾羌城(cheng)池較(jiao)大(da)，便(bian)設(she)法誘敵出(chu)(chu)戰。初六日(ri)，清(qing)兵分七隊攻城(cheng)。霍(huo)集(ji)(ji)占的騎兵出(chu)(chu)北門突擊，擊潰了清(qing)軍中的索倫兵，但被健銳(rui)營擊敗，于是固守不(bu)出(chu)(chu)。兆惠兵少不(bu)能圍城(cheng)，令(ling)愛隆(long)阿、侍衛奎瑪(ma)岱(dai)領兵八百人北上防范喀(ka)什(shen)噶爾來(lai)援(yuan)，并(bing)接應(ying)納(na)穆札(zha)爾、石三泰的援(yuan)軍。此時，波羅尼都親率五千人前(qian)來(lai)增援(yuan)霍(huo)集(ji)(ji)占。
富德(de)(de)接到(dao)諭旨后，于十(shi)月抵達(da)烏魯(lu)木齊(qi)。十(shi)月中旬(xun)，乾隆皇帝(di)又令富德(de)(de)領兵南下(xia)巴爾(er)楚克（今(jin)巴楚縣）護衛(wei)清軍(jun)臺站(zhan)；若到(dao)時兆(zhao)惠仍未攻下(xia)葉爾(er)羌(qiang)，即可領兵攻取喀什噶爾(er)。
兆惠偵(zhen)知(zhi)和卓士兵在(zai)葉爾羌(qiang)城南的英額齊盤山放牧，打算突襲牧地，掠其牲畜。
十月(yue)十三日（公歷1758年11月(yue)13日），兆惠(hui)由城南奪橋渡黑(hei)(hei)水（維吾爾語稱黑(hei)(hei)水為喀喇烏蘇），才(cai)過(guo)四(si)百人(ren)時，橋梁垮塌，隨即(ji)被(bei)霍(huo)集占軍(jun)(jun)一(yi)萬余人(ren)包圍。在混亂中(zhong)(zhong)清軍(jun)(jun)被(bei)圍成數截(jie)，且戰(zhan)(zhan)且渡。兆惠(hui)傷及面頰，坐騎(qi)中(zhong)(zhong)槍倒斃(bi)，兩度換馬(ma)。激戰(zhan)(zhan)五晝夜后，清兵陣亡數百人(ren)，馬(ma)匹陷入泥淖者甚(shen)多。西寧鎮(zhen)總兵高天(tian)喜、副都統三格、護軍(jun)(jun)統領鄂實、監(jian)察御(yu)史何泰(tai)、侍(shi)衛特通額等(deng)戰(zhan)(zhan)死。兆惠(hui)無法突圍，遂于黑(hei)(hei)水南岸就地結營(ying)(ying)，修筑壕溝，此(ci)即(ji)當時著(zhu)名的(de)“黑(hei)(hei)水營(ying)(ying)”。霍(huo)集占軍(jun)(jun)也就地駐扎，將清軍(jun)(jun)營(ying)(ying)盤(pan)團團圍住。此(ci)役即(ji)通古(gu)思魯克之戰(zhan)(zhan)。
十月十三(san)日黑(hei)水之戰的同時(shi)，納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)、石三(san)泰的援(yuan)軍(jun)(jun)與愛隆阿會合。納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)與諸將率二(er)百余騎(qi)兵(bing)趁夜行軍(jun)(jun)，以期黎明時(shi)與兆惠會合，但在(zai)途中遇到波羅尼都派出的援(yuan)軍(jun)(jun)三(san)千余人，陷入(ru)包(bao)圍。納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)、石三(san)泰、侍(shi)衛(wei)奎瑪岱(dai)、彰武、班泰、管站西拉布、護軍(jun)(jun)校齊(qi)(qi)旺扎布等皆戰死，僅有少數(shu)兵(bing)丁逃出。愛隆阿聞訊前往援(yuan)救，得知(zhi)納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)已全軍(jun)(jun)覆沒，遂撤(che)往阿克(ke)蘇(su)。兆惠上書請罪，并奏(zou)請調阿克(ke)蘇(su)等地守軍(jun)(jun)于(yu)年底齊(qi)(qi)集，“合力(li)攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流亡的額(e)(e)爾(er)克和(he)卓額(e)(e)色尹等人領(ling)兵襲擊了(le)喀什噶(ga)爾(er)的屬城英吉沙(sha)爾(er)（今英吉沙(sha)縣），同(tong)一天，兆(zhao)(zhao)惠(hui)出擊焚毀(hui)了(le)兩處和(he)卓軍(jun)營。大小和(he)卓以為布魯特與清軍(jun)聯合，遂(sui)遣人與兆(zhao)(zhao)惠(hui)議和(he)。兆(zhao)(zhao)惠(hui)提出大小和(he)卓必須(xu)先行入京朝覲；大小和(he)卓則稱“愿送口糧(liang)，撤圍(wei)相見”，兆(zhao)(zhao)惠(hui)不予(yu)答(da)復。于是波羅(luo)尼都領(ling)兵撤回喀什噶(ga)爾(er)，防御布魯特侵擾。至(zhi)年末，兆(zhao)(zhao)惠(hui)已被圍(wei)困三個月，軍(jun)糧(liang)耗盡(jin)，士兵只得焚煮馬鞍、皮(pi)革，甚至(zhi)掠取(qu)平(ping)民(min)烹食(shi)。
十一月初(chu)，乾隆(long)皇帝接(jie)到兆惠被圍的奏(zou)報，以(yi)富德為定邊右副(fu)將軍，徑赴葉(xie)爾羌解兆惠之圍；以(yi)副(fu)都(dou)統(tong)阿(a)里袞、舒赫德、愛隆(long)阿(a)為參(can)贊大臣，調集兵(bing)馬(ma)、駱駝前往增援；令陜甘(gan)總(zong)督黃廷桂預備馬(ma)匹二萬(wan)，供西征清軍調用(yong)。又命成袞扎布征發漠北達什達瓦所屬準噶(ga)爾兵(bing)丁，于次年從特穆爾圖淖爾（今吉爾吉斯斯坦伊塞克湖）南下助攻。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚爾(er)(er)起、福(fu)祿、總管端濟布等領兵協同。十(shi)(shi)二月初(chu)四日，舒赫德(de)率新到(dao)的內地、索倫(lun)士兵與原駐兵丁(ding)共三千(qian)五百(bai)人由阿克蘇(su)開拔。十(shi)(shi)二月十(shi)(shi)六日，富德(de)抵達(da)阿克蘇(su)。二十(shi)(shi)五日，阿里袞押送駝馬到(dao)達(da)阿克蘇(su)；同時，富德(de)在巴爾(er)(er)楚克趕上舒赫德(de)的隊伍，向葉爾(er)(er)羌進發(fa)。
乾隆(long)二十(shi)四(si)年正月(yue)(yue)初六(liu)日(ri)(ri)(ri)(ri)（1759年2月(yue)(yue)3日(ri)(ri)(ri)(ri)），富(fu)德在葉(xie)爾(er)羌東北的呼爾(er)滿(man)與前來截擊的和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)五千余(yu)人(ren)遭(zao)遇。激戰至(zhi)夜間，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)退卻(que)，清(qing)(qing)軍(jun)戰馬(ma)(ma)經長途跋涉，紛紛倒斃，無力追趕。次日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)4日(ri)(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)占據山崗，與富(fu)德軍(jun)相(xiang)持于戈(ge)(ge)壁(bi)中(zhong)。初八日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)5日(ri)(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)得知清(qing)(qing)軍(jun)少(shao)馬(ma)(ma)，率(lv)大軍(jun)圍攻富(fu)德。清(qing)(qing)軍(jun)拒守于沁達(da)爾(er)，苦(ku)戰不能突破，且(qie)戈(ge)(ge)壁(bi)無水，士兵(bing)只得吞咽(yan)冰(bing)塊。初九日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)6日(ri)(ri)(ri)(ri)）夜，阿(a)里(li)(li)袞(gun)率(lv)援軍(jun)及馬(ma)(ma)一千匹、駝四(si)百只趕到，與鄂博什從兩翼(yi)突擊和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)營(ying)，富(fu)德乘勢掩(yan)殺，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)開始潰退。十(shi)日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)7日(ri)(ri)(ri)(ri)）黎明，阿(a)里(li)(li)袞(gun)、護軍(jun)統領努(nu)三(san)與富(fu)德三(san)路夾(jia)攻，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)向南(nan)遁去。此役(yi)，富(fu)德、阿(a)里(li)(li)袞(gun)等斬殺和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)千余(yu)人(ren)，史稱呼爾(er)滿(man)大捷(jie)。
正月初八，兆惠聽到北方有槍炮聲，又見(jian)圍營(ying)的和(he)卓兵(bing)漸少(shao)，料想(xiang)援軍已至，遂分兵(bing)兩(liang)路出擊，攻取(qu)營(ying)壘，并(bing)派人聯絡富德(de)。十三日夜，富德(de)進兵(bing)至葉爾羌河(he)岸，距兆惠兵(bing)營(ying)尚有二十里。十四(si)日黎(li)明，富德(de)領兵(bing)前行，斬殺和(he)卓兵(bing)二三百人。和(he)卓軍隊渡河(he)而去。富德(de)與(yu)兆惠會合，按照諭旨(zhi)于當晚啟程返(fan)回阿(a)克蘇。至此(ci)黑水之圍得解，“將軍以下皆無恙”，“卒得全(quan)，莫不喜(xi)極涕出”。霍集占見(jian)兩(liang)路清軍匯合后(hou)，不再派兵(bing)阻截(jie)。此(ci)間，波羅尼都(dou)中鳥(niao)槍受傷，欲向清軍投降(jiang)，霍集占又不許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事哲勒(le)順被(bei)殺(sha)，克(ke)勒(le)底雅伯(bo)克(ke)阿(a)里(li)木沙逃(tao)往額(e)里(li)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)。阿(a)卜都哈(ha)(ha)里(li)克(ke)將阿(a)里(li)木沙之妻帶(dai)到額(e)里(li)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)城下，又將其子當(dang)阿(a)里(li)木沙之面殺(sha)死。不久，齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)拉爾失陷，伯(bo)克(ke)錫魯(lu)卜亦(yi)逃(tao)入(ru)額(e)里(li)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)。齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)凌(ling)扎(zha)布、鄂(e)對行文阿(a)克(ke)蘇請求增(zeng)援(yuan)。乾隆二(er)十四年(nian)正(zheng)月(yue)，阿(a)克(ke)蘇辦事侍(shi)郎永貴(gui)派兵(bing)一百人護(hu)送軍馬前往。正(zheng)月(yue)十五日（1759年(nian)2月(yue)12日）后，和卓兵(bing)圍攻(gong)額(e)里(li)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)、哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什。索(suo)倫驍騎校烏爾圖保固守額(e)里(li)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什伯(bo)克(ke)海(hai)里(li)雅木哈(ha)(ha)子、阿(a)瓦斯默特領四千回兵(bing)與(yu)齊(qi)(qi)(qi)(qi)(qi)凌(ling)扎(zha)布一同抵(di)抗。
正月末，駐守巴爾(er)楚(chu)克的參贊(zan)大臣巴祿(lu)(lu)派兵(bing)三百名(ming)援(yuan)救和闐。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)命(ming)巴祿(lu)(lu)親(qin)自領兵(bing)增援(yuan)，同時以賽音諾(nuo)顏部郡王策布登(deng)扎(zha)布為副將軍，福祿(lu)(lu)、車木楚(chu)克扎(zha)布為參贊(zan)，巡查額(e)爾(er)齊斯(si)河(he)至巴爾(er)喀什湖(hu)一帶(dai)，防備霍集占經伊犁逃往(wang)俄羅(luo)斯(si)。兆惠(hui)(hui)回到阿(a)克蘇后，令愛隆(long)(long)阿(a)駐防烏(wu)什，派瑚(hu)爾(er)起、巴圖濟爾(er)噶(ga)爾(er)帶(dai)九百兵(bing)援(yuan)救和闐；上(shang)奏待(dai)糧餉、馬(ma)匹(pi)到后，再遣富德(de)領兵(bing)數千前往(wang)。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)因(yin)兆惠(hui)(hui)、富德(de)進兵(bing)過(guo)緩(huan)，加以申斥。二月，玉隴哈什失陷(xian)。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)因(yin)新任陜甘總(zong)督(du)吳達善辦理兵(bing)馬(ma)事務不(bu)(bu)力，命(ming)閩浙總(zong)督(du)楊應(ying)琚來(lai)京，不(bu)(bu)久調(diao)任陜甘總(zong)督(du)。
三月三日(ri)，哈(ha)(ha)喇(la)哈(ha)(ha)什(shen)失陷，齊凌扎布突圍(wei)而(er)出。六日(ri)，瑚爾起等(deng)抵達額(e)里(li)齊，與散秩大臣鄂對、侍(shi)衛噶布舒(shu)相(xiang)會(hui)。九日(ri)，瑚爾起進至(zhi)哈(ha)(ha)喇(la)哈(ha)(ha)什(shen)，乘霧襲(xi)擊和卓軍營，射殺(sha)阿(a)卜(bu)都哈(ha)(ha)里(li)克(ke)。鄂斯(si)(si)滿(man)、霍(huo)集雅(ya)斯(si)(si)負傷逃(tao)走。十一日(ri)，清(qing)(qing)軍收復玉(yu)隴(long)哈(ha)(ha)什(shen)、齊爾拉(la)。隨后遣(qian)人(ren)招降克(ke)勒(le)(le)底雅(ya)、塔(ta)(ta)(ta)克(ke)。克(ke)勒(le)(le)底雅(ya)頭人(ren)四德(de)和卓將(jiang)(jiang)阿(a)卜(bu)都克(ke)勒(le)(le)木屬下布庫(ku)塔(ta)(ta)(ta)斯(si)(si)執(zhi)獻(xian)清(qing)(qing)軍。塔(ta)(ta)(ta)克(ke)頭人(ren)默里(li)善也將(jiang)(jiang)諾們伯克(ke)、毛(mao)拉(la)岳科卜(bu)等(deng)擒獻(xian)，和闐平定(ding)。四月二十二日(ri)，富(fu)德(de)率軍抵達額(e)里(li)齊駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部(bu)及巴基斯坦北部(bu)）。四月，清兵占(zhan)領(ling)和闐的消息(xi)傳來，葉爾(er)羌(qiang)人心驚動(dong)，霍集占(zhan)將家眷、財物(wu)移往葉爾(er)羌(qiang)以西的赫色勒塔(ta)克。波羅(luo)尼都(dou)也向喀(ka)什噶(ga)爾(er)居民索取軍(jun)糧、馬匹(pi)，在六月十日(ri)之前陸(lu)續運到塔(ta)勒巴楚(chu)克河，自己(ji)僅與親信留在喀(ka)什噶(ga)爾(er)居住。
在大(da)小和(he)卓準備出逃的同(tong)時，兆(zhao)惠(hui)(hui)、富(fu)德(de)正籌(chou)集糧餉，計(ji)劃乘麥熟之前(qian)進攻葉爾(er)羌(qiang)。五月，避(bi)難于(yu)布魯特(te)的原喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)伯(bo)克(ke)和(he)什(shen)(shen)克(ke)隨清軍侍衛布占(zhan)泰來到阿克(ke)蘇，向兆(zhao)惠(hui)(hui)建議(yi)先攻取(qu)喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)，以(yi)免霍(huo)集占(zhan)投奔浩罕的額爾(er)德(de)尼伯(bo)克(ke)。于(yu)是兆(zhao)惠(hui)(hui)等(deng)人議(yi)定(ding)先攻喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)，再(zai)取(qu)葉爾(er)羌(qiang)。此時，流亡于(yu)境(jing)外的和(he)卓后裔陸續向清軍投誠。額色尹、瑪木特(te)派(pai)人前(qian)往(wang)兆(zhao)惠(hui)(hui)軍營，稱其現在布魯特(te)“候(hou)進兵信(xin)息(xi)，情(qing)愿效(xiao)力”。在清兵進發之前(qian)，與(yu)波羅尼都交情(qing)深厚的霍(huo)集斯(si)派(pai)親信(xin)巴(ba)喇特(te)前(qian)往(wang)喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)，仍(reng)期望波羅尼都歸降。
六(liu)月二(er)日，富(fu)德由和(he)闐啟(qi)程(cheng)，進(jin)兵(bing)(bing)(bing)葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)。十一日，兆(zhao)惠(hui)領兵(bing)(bing)(bing)九千由烏什南下，進(jin)兵(bing)(bing)(bing)喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)。阿(a)(a)(a)里(li)袞、巴(ba)祿領兵(bing)(bing)(bing)三千出巴(ba)爾(er)(er)(er)楚克，在喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)之間地方等待與(yu)富(fu)德會合，并把守(shou)各處關隘。六(liu)月十二(er)日，霍集(ji)占派(pai)阿(a)(a)(a)卜都(dou)(dou)克勒木(mu)(mu)通知波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)(dou)準備逃(tao)(tao)離。六(liu)月十五(wu)日，布魯特(te)百余人劫掠了喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)城(cheng)(cheng)北的阿(a)(a)(a)喇(la)古，波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)(dou)派(pai)鄂斯(si)滿(man)、優駑斯(si)出戰(zhan)，被布魯特(te)兵(bing)(bing)(bing)打敗。六(liu)月十八日，額色尹(yin)、瑪木(mu)(mu)特(te)與(yu)波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)(dou)交戰(zhan)，剿殺多人，隨后來到兆(zhao)惠(hui)軍營投(tou)誠。波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)(dou)以抗擊布魯特(te)為(wei)由，向城(cheng)(cheng)內居(ju)民勒索(suo)財(cai)物、兵(bing)(bing)(bing)器；又毀壞城(cheng)(cheng)內街市、城(cheng)(cheng)門，“焚城(cheng)(cheng)掘樹”，裹(guo)挾喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)及附屬(shu)各城(cheng)(cheng)的貴(gui)族(zu)、民眾(zhong)西逃(tao)(tao)。阿(a)(a)(a)奇木(mu)(mu)伯克阿(a)(a)(a)卜都(dou)(dou)喇(la)伊(yi)木(mu)(mu)、密里(li)木(mu)(mu)哈子墨墨氐敏、伯克阿(a)(a)(a)卜都(dou)(dou)爾(er)(er)(er)滿(man)以及霍集(ji)斯(si)之兄阿(a)(a)(a)卜都(dou)(dou)瓜卜也(ye)被一并帶走。喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)居(ju)民不(bu)愿隨行，在途中紛紛逃(tao)(tao)逸(yi)，多前往附近的牌租阿(a)(a)(a)巴(ba)特(te)（今(jin)伽師縣）。牌租阿(a)(a)(a)巴(ba)特(te)伯克呢雅(ya)斯(si)收留逃(tao)(tao)亡民眾(zhong)，閉城(cheng)(cheng)拒守(shou)。汗額里(li)吉衣(yi)、雅(ya)普爾(er)(er)(er)古、烏什哈喇(la)等城(cheng)(cheng)各自保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克嶺(ling)（在(zai)今(jin)疏(shu)附(fu)縣(xian)西南）西逃(tao)(tao)，帶走居(ju)民(min)一百五十(shi)戶，及(ji)其親信之家眷、奴仆(pu)千(qian)余人(ren)。霍集占搶掠葉(xie)爾羌居(ju)民(min)的(de)馬(ma)匹、牲畜后，又向當地毛拉勒(le)索白銀四(si)千(qian)兩(liang)，于閏六(liu)月二日(ri)啟(qi)程，經伯克和羅木渡口逃(tao)(tao)往羌呼勒(le)。大小和卓(zhuo)在(zai)色(se)勒(le)庫(ku)爾（今(jin)塔什(shen)(shen)庫(ku)爾干縣(xian)）會合后向西出逃(tao)(tao)。留在(zai)喀什(shen)(shen)噶爾、葉(xie)爾羌二城(cheng)(cheng)的(de)伯克隨即派(pai)人(ren)迎清(qing)兵入城(cheng)(cheng)。閏六(liu)月十(shi)四(si)日(ri)，兆惠(hui)進(jin)駐(zhu)(zhu)喀什(shen)(shen)噶爾城(cheng)(cheng)，富(fu)德(de)(de)所部先鋒鄂(e)博(bo)什(shen)(shen)進(jin)駐(zhu)(zhu)葉(xie)爾羌城(cheng)(cheng)。十(shi)八日(ri)，富(fu)德(de)(de)進(jin)入葉(xie)爾羌。乾(qian)隆皇(huang)帝令兆惠(hui)留駐(zhu)(zhu)喀什(shen)(shen)噶爾，辦理喀、葉(xie)二城(cheng)(cheng)事務；富(fu)德(de)(de)、明瑞等速領兵追(zhui)擊。
霍斯庫魯克之戰兆(zhao)惠進(jin)入(ru)喀(ka)什噶爾(er)后，留(liu)閆相(xiang)師的綠營兵(bing)(bing)(bing)駐守，派參贊大(da)臣(chen)明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等(deng)率(lv)(lv)兵(bing)(bing)(bing)追擊；同時(shi)傳(chuan)檄浩罕(han)、那(nei)木干、安集(ji)延(yan)(yan)、瑪爾(er)噶朗等(deng)國協同搜捕大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)、愛隆阿(a)于閏六(liu)月(yue)十五日(ri)，率(lv)(lv)兩(liang)千(qian)人啟程，向西進(jin)入(ru)蔥嶺(ling)（帕米爾(er)）群山中。霍(huo)集(ji)占兄弟(di)欲(yu)往巴達克(ke)山，但眾伯克(ke)不從，只得北(bei)上安集(ji)延(yan)(yan)。得知清兵(bing)(bing)(bing)追緊，于是(shi)棄(qi)其輜重，令(ling)家眷(juan)先行。沿途無水草之處，以(yi)大(da)麥喂馬。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等(deng)緣(yuan)山行走，繞峰渡河(he)，由色(se)勒(le)庫(ku)(ku)爾(er)向北(bei)前(qian)往哈喇庫(ku)(ku)勒(le)（塔(ta)吉克(ke)斯(si)坦(tan)東北(bei)之喀(ka)拉湖(hu)）。閏六(liu)月(yue)二十八日(ri)黎明(ming)(ming)，明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)率(lv)(lv)前(qian)鋒九百(bai)(bai)人在霍(huo)斯(si)庫(ku)(ku)魯克(ke)嶺(ling)（在喀(ka)拉湖(hu)以(yi)北(bei)）追上大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)六(liu)千(qian)余人。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)誘敵(di)(di)下山不成，恐相(xiang)持(chi)稍久，使和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兄弟(di)逃脫，遂下令(ling)仰攻山峰。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)以(yi)槍(qiang)炮(pao)還擊。激(ji)戰(zhan)三(san)個時(shi)辰，和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)開始退(tui)卻，清兵(bing)(bing)(bing)因(yin)馬匹勞累，無力追及。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)重新集(ji)結(jie)后，恃(shi)其人眾，回師將明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)分隊合圍。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)且戰(zhan)且行，設埋兵(bing)(bing)(bing)從山上放槍(qiang)，然(ran)后調頭(tou)沖入(ru)敵(di)(di)陣，才(cai)擊退(tui)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)。此戰(zhan)明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)軍斬殺五百(bai)(bai)余人，俘獲三(san)十余人，清兵(bing)(bing)(bing)陣亡百(bai)(bai)余人，是(shi)為霍(huo)斯(si)庫(ku)(ku)魯克(ke)之戰(zhan)。
七月初，富德、阿里袞(gun)與明(ming)瑞在(zai)喀(ka)喇(la)烏(wu)蘇會(hui)合，選四(si)千(qian)精兵(bing)(bing)(bing)(bing)進發。其余(yu)兵(bing)(bing)(bing)(bing)丁由總兵(bing)(bing)(bing)(bing)楊寧帶領招降沙爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)呼勒(le)(le)，并聽候調遣。七月七日(ri)，富德探知霍(huo)集占在(zai)前方一(yi)(yi)百余(yu)里戈壁中(zhong)。九日(ri)辰(chen)時，清兵(bing)(bing)(bing)(bing)追至(zhi)阿爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)（在(zai)今塔吉(ji)克斯坦戈爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)諾-巴達(da)赫尚自治州穆(mu)爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)加(jia)布區(qu)東南）。大小和卓(zhuo)令馱載先行，設(she)伏兵(bing)(bing)(bing)(bing)六千(qian)于阿爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)山谷(gu)(gu)中(zhong)。富德以火器營、健銳營居中(zhong)，巴圖濟爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)、鄂齊爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)出左翼，由屯、伊柱為右翼，奪取南、北(bei)阿爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)山，并向下沖(chong)擊山谷(gu)(gu)中(zhong)的(de)和卓(zhuo)兵(bing)(bing)(bing)(bing)。阿里袞(gun)、明(ming)瑞、巴祿、參贊大臣阿桂(gui)也從兩翼突擊。富德出兵(bing)(bing)(bing)(bing)佯(yang)攻和卓(zhuo)馱隊，明(ming)瑞、鄂博什繞到后方夾擊。鏖戰一(yi)(yi)日(ri)，清軍殲滅和卓(zhuo)軍一(yi)(yi)千(qian)余(yu)人(ren)，生擒五十余(yu)人(ren)，陣(zhen)斬阿卜都(dou)克勒(le)(le)木(mu)，此即阿爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)(er)(er)(er)之戰。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布隆(long)庫(ku)(ku)勒，偵知大(da)小(xiao)和(he)卓(zhuo)逃(tao)至(zhi)布隆(long)庫(ku)(ku)勒湖(hu)(hu)東北(bei)的伊(yi)西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)（塔吉(ji)克斯(si)坦東南之葉什勒池）湖(hu)(hu)畔(pan)。波羅尼(ni)都(dou)駐扎于(yu)湖(hu)(hu)岸北(bei)山(shan)(shan)，霍(huo)(huo)集占率(lv)部占據東面山(shan)(shan)峰。伊(yi)西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)以西(xi)有一(yi)大(da)嶺(ling)，過(guo)此嶺(ling)即(ji)是巴達克山(shan)(shan)界。富德(de)先遣(qian)阿(a)(a)里袞(gun)、達爾(er)(er)黨(dang)阿(a)(a)、由屯、官長保、瑚什等(deng)領兵(bing)(bing)五百，往湖(hu)(hu)西(xi)堵(du)(du)截(jie)大(da)小(xiao)和(he)卓(zhuo)去路(lu)；伊(yi)柱、鄂(e)博什、溫布等(deng)領兵(bing)(bing)八百，往山(shan)(shan)后阻(zu)截(jie)。十(shi)一(yi)日，富德(de)、巴祿、明瑞、阿(a)(a)桂、領隊大(da)臣傅景(jing)、瑚爾(er)(er)起(qi)等(deng)率(lv)兵(bing)(bing)一(yi)千余(yu)人(ren)，進至(zhi)伊(yi)西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)。和(he)卓(zhuo)軍從山(shan)(shan)上(shang)炮(pao)擊清(qing)兵(bing)(bing)，以死相拒。富德(de)選健(jian)銳營(ying)、吉(ji)林、索倫、厄魯特各(ge)營(ying)鳥(niao)槍(qiang)兵(bing)(bing)四十(shi)余(yu)人(ren)，仰攻北(bei)路(lu)山(shan)(shan)嶺(ling)。又令霍(huo)(huo)集斯(si)、鄂(e)對樹起(qi)維吾(wu)爾(er)(er)人(ren)舊時旗幟招(zhao)降(jiang)(jiang)和(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)士。和(he)卓(zhuo)軍大(da)潰，投降(jiang)(jiang)者甚眾(zhong)，霍(huo)(huo)集占奪馬而逃(tao)，乘夜繞(rao)過(guo)山(shan)(shan)嶺(ling)與波羅尼(ni)都(dou)會合。此即(ji)伊(yi)西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)之戰。十(shi)二日，又有被堵(du)(du)截(jie)在北(bei)山(shan)(shan)的和(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)兩(liang)(liang)千人(ren)投降(jiang)(jiang)。大(da)小(xiao)和(he)卓(zhuo)僅率(lv)妻子(zi)、奴仆三四百人(ren)出(chu)奔(ben)巴達克山(shan)(shan)。富德(de)派齊凌扎布、鄂(e)對、散秩大(da)臣阿(a)(a)什默特將投降(jiang)(jiang)人(ren)眾(zhong)送往英吉(ji)沙(sha)爾(er)(er)，又率(lv)巴祿、阿(a)(a)桂、傅景(jing)、瑚爾(er)(er)起(qi)等(deng)四百余(yu)人(ren)，與阿(a)(a)里袞(gun)分兵(bing)(bing)兩(liang)(liang)路(lu)，于(yu)十(shi)二日啟(qi)程，追剿至(zhi)巴達克山(shan)(shan)境(jing)內。
有西方學者認為(wei)伊(yi)西洱(er)庫爾淖爾之戰(zhan)是(shi)中(zhong)國將領(ling)在(zai)奏折中(zhong)虛構的(de)(de)，“無(wu)疑是(shi)十分夸張而在(zai)地理(li)的(de)(de)敘述(shu)上又實在(zai)模糊”，而帕米爾當地居民(min)并(bing)不知曉此事。十九世(shi)紀末的(de)(de)英(ying)國殖(zhi)民(min)者內伊(yi)·伊(yi)萊亞(ya)斯（NeyElias）認為(wei)：跟隨大小和(he)卓(zhuo)(zhuo)的(de)(de)僅有數百(bai)人，而且主要是(shi)婦女、兒童和(he)奴(nu)隸。當中(zhong)國軍隊到達湖畔時，發(fa)(fa)現和(he)卓(zhuo)(zhuo)早已逃入巴(ba)達克山(shan)的(de)(de)錫克南(nan)，“于是(shi)便在(zai)一塊巖石上刻(ke)了些字(zi)，然(ran)后返回(hui)喀(ka)什噶爾去了，根本未發(fa)(fa)生過戰(zhan)斗(dou)。”這種觀點(dian)無(wu)法解釋齊凌(ling)扎布將此戰(zhan)的(de)(de)俘虜帶(dai)到英(ying)吉沙爾后進行安置的(de)(de)奏折，而且忽(hu)略了在(zai)伊(yi)西洱(er)庫爾淖爾的(de)(de)紀功碑是(shi)乾(qian)隆皇帝(di)后來派人樹立的(de)(de)事實。
大小和卓被俘巴達(da)克山(shan)(shan)是位于蔥嶺西(xi)部的古國，在今(jin)阿(a)富汗東北(bei)部。由伊西(xi)洱庫爾淖爾向西(xi)南行，渡噴赤河(he)，即至巴達(da)克山(shan)(shan)界。富德一面領(ling)兵追擊，一面曉諭(yu)(yu)當(dang)地部落(luo)擒拿大小和卓。七(qi)月十二(er)日(ri)(ri)黃昏，依附于霍集占的(de)蒙(meng)古厄(e)(e)魯(lu)特頭目沙喇斯、瑪呼(hu)斯率六百余(yu)人(ren)北逃(tao)，被清軍(jun)副都統伊柱截住。富德領(ling)兵進擊，剿(jiao)二(er)百余(yu)人(ren)，宰桑雅滿、得木齊（百戶長）丹(dan)巴(ba)(ba)投降(jiang)。清軍(jun)繳獲(huo)駝(tuo)炮(pao)八門及去年(nian)失(shi)去的(de)“威遠大將軍(jun)”火炮(pao)二(er)門。七(qi)月十八日(ri)(ri)，富德派侍衛薩穆坦(tan)（厄(e)(e)魯(lu)特蒙(meng)古人(ren)）、伯(bo)克素(su)勒坦(tan)和卓（維(wei)吾爾人(ren)）自(zi)巴(ba)(ba)沙楚(chu)爾啟程(cheng)，曉諭(yu)(yu)巴(ba)(ba)達(da)克山汗素(su)勒坦(tan)沙（實為蘇丹(dan)），令其擒獲(huo)大小和卓兄弟(di)，縛(fu)獻清軍(jun)。
大(da)小和(he)卓(zhuo)進入巴(ba)(ba)達(da)克(ke)山(shan)境內后，遭到袞都伯克(ke)沙(sha)(sha)(sha)莽蘇爾(er)、錫(xi)克(ke)南（在(zai)今(jin)塔吉克(ke)斯(si)坦戈爾(er)諾(nuo)-巴(ba)(ba)達(da)赫(he)尚自治(zhi)州錫(xi)克(ke)南區(qu)）伯克(ke)沙(sha)(sha)(sha)穆爾(er)沿(yan)途追擊(ji)，一(yi)路向南遁去。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)聲稱借道前往麥加朝拜，于七月(yue)二(er)十(shi)六日進抵巴(ba)(ba)達(da)克(ke)山(shan)都城(cheng)(cheng)牌(pai)租(zu)阿巴(ba)(ba)特(te)（今(jin)阿富汗(han)巴(ba)(ba)達(da)赫(he)尚省(sheng)首府(fu)法扎巴(ba)(ba)德）。同一(yi)天，清使薩穆坦等也來到牌(pai)租(zu)阿巴(ba)(ba)特(te)，與素勒(le)坦沙(sha)(sha)(sha)會(hui)面(mian)。素勒(le)坦沙(sha)(sha)(sha)令霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)派(pai)來交涉(she)的鄂(e)斯(si)滿(man)、雅斯(si)布庫里與薩穆坦相見(jian)，薩穆坦面(mian)斥霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)之種種罪過，鄂(e)斯(si)滿(man)不能(neng)辯駁(bo)。七月(yue)二(er)十(shi)八日，素勒(le)坦沙(sha)(sha)(sha)邀大(da)小和(he)卓(zhuo)入城(cheng)(cheng)。波羅尼(ni)都隨(sui)即入城(cheng)(cheng)，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)則(ze)(ze)領兵(bing)在(zai)城(cheng)(cheng)外揚(yang)言：若將清使交出(chu)，則(ze)(ze)愿(yuan)為(wei)巴(ba)(ba)達(da)克(ke)山(shan)奴仆。素勒(le)坦沙(sha)(sha)(sha)不允，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)遂劫掠村莊。素勒(le)坦沙(sha)(sha)(sha)出(chu)兵(bing)數千將霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)圍(wei)于阿爾(er)渾楚(chu)哈嶺，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)敗(bai)退至齊那爾(er)河，身負重(zhong)傷被俘。
素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙將(jiang)波(bo)羅尼都(dou)、霍集(ji)占兄(xiong)弟囚禁于(yu)柴(chai)扎(zha)布，分(fen)別拘于(yu)二(er)室，并派人(ren)(ren)通告(gao)富(fu)德(de)(de)。富(fu)德(de)(de)責(ze)令素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙獻(xian)(xian)俘(fu)。巴達(da)(da)(da)克(ke)山(shan)的阿訇(hong)以(yi)大(da)小和卓(zhuo)為(wei)伊斯蘭教先知后裔，若縛獻(xian)(xian)清軍(jun)，恐鄰國(guo)不(bu)(bu)服(fu)，請求清軍(jun)寬免。然而(er)素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙既想得到(dao)清軍(jun)庇(bi)護，以(yi)入侵博(bo)洛(luo)(luo)爾(er)(er)、奇特(te)(te)拉爾(er)(er)等鄰近部(bu)(bu)(bu)落，又擔心殺死(si)和卓(zhuo)導致眾(zhong)阿訇(hong)和鄰國(guo)的敵(di)視，因此猶豫不(bu)(bu)決。薩穆(mu)坦(tan)離開后二(er)日(ri)，素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙又遣人(ren)(ren)告(gao)知霍集(ji)占重傷已(yi)死(si)。富(fu)德(de)(de)令素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙“務將(jiang)波(bo)羅尼都(dou)俘(fu)獻(xian)(xian)；霍集(ji)占雖死(si)，亦(yi)必獻(xian)(xian)尸”。乾隆皇帝諭示富(fu)德(de)(de)，必須得到(dao)和卓(zhuo)兄(xiong)弟二(er)人(ren)(ren)，“倘(tang)二(er)賊(zei)被(bei)獲(huo)情(qing)事不(bu)(bu)實，……即將(jiang)拔達(da)(da)(da)克(ke)山(shan)部(bu)(bu)(bu)落一并辦理，亦(yi)無(wu)不(bu)(bu)可”。八月(yue)二(er)十(shi)五日(ri)，富(fu)德(de)(de)召見巴達(da)(da)(da)克(ke)山(shan)使者鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)。鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)聲稱(cheng)(cheng)素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙本欲將(jiang)和卓(zhuo)兄(xiong)弟呈獻(xian)(xian)，但受到(dao)當地阿訇(hong)阻(zu)撓。且(qie)聞阿訇(hong)打算(suan)將(jiang)和卓(zhuo)所住房屋焚毀后前(qian)往麥加(jia)，向回教各國(guo)控訴素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙之(zhi)罪(zui)，素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙被(bei)迫(po)中止(zhi)。次(ci)日(ri)，富(fu)德(de)(de)派薩穆(mu)坦(tan)隨(sui)同(tong)鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)返回，限(xian)素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)沙于(yu)二(er)十(shi)五天內交出大(da)小和卓(zhuo)；同(tong)時(shi)令侍衛(wei)額爾(er)(er)登額、伍岱領(ling)(ling)兵(bing)跟(gen)隨(sui)；又派伊柱、巴圖濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)、霍集(ji)斯進兵(bing)至瓦(wa)罕（在(zai)今阿富(fu)汗巴達(da)(da)(da)赫尚省東部(bu)(bu)(bu)），施(shi)以(yi)兵(bing)威。九月(yue)三日(ri)，富(fu)德(de)(de)派人(ren)(ren)前(qian)往招撫巴達(da)(da)(da)克(ke)山(shan)南邊的博(bo)洛(luo)(luo)爾(er)(er)部(bu)(bu)(bu)落（在(zai)今克(ke)什米爾(er)(er)巴基斯坦(tan)控制(zhi)區(qu)北(bei)部(bu)(bu)(bu)）。博(bo)洛(luo)(luo)爾(er)(er)因與巴達(da)(da)(da)克(ke)山(shan)不(bu)(bu)睦(mu)，其首領(ling)(ling)沙和碩默特(te)(te)隨(sui)即稱(cheng)(cheng)臣歸附。
九月九日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)與(yu)額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)會面，稱(cheng)(cheng)鄰近的(de)琿都(dou)斯部落（今(jin)阿(a)富汗(han)昆(kun)都(dou)士(shi)）欲(yu)來索(suo)取大(da)小和(he)卓(zhuo)(zhuo)，且得知霍(huo)集占(zhan)(zhan)曾暗通巴(ba)達克山的(de)敵國(guo)塔爾(er)(er)巴(ba)斯，現(xian)將大(da)小和(he)卓(zhuo)(zhuo)先行(xing)殺(sha)(sha)死(si)，以(yi)絕后(hou)患。額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)斥責素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)擅殺(sha)(sha)和(he)卓(zhuo)(zhuo)兄(xiong)弟，令其(qi)將首(shou)(shou)(shou)級獻出。素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)仍(reng)以(yi)教義經典為由，稱(cheng)(cheng)“但自行(xing)獻出，恐眾人(ren)不服(fu)”，請求派人(ren)查(cha)驗尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)。額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)派熟識大(da)小和(he)卓(zhuo)(zhuo)的(de)納達齊前往(wang)驗看。納達齊確認“霍(huo)集占(zhan)(zhan)之(zhi)尸(shi)(shi)屬實(shi)(shi)”，然而“其(qi)瘞埋波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)之(zhi)地與(yu)霍(huo)集占(zhan)(zhan)中(zhong)(zhong)隔一墻，但有(you)血跡，并(bing)無尸(shi)(shi)骸。”額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)又(you)令素(su)勒(le)坦(tan)和(he)卓(zhuo)(zhuo)密雜(za)帕(pa)爾(er)(er)詳驗，亦稱(cheng)(cheng)確實(shi)(shi)。因(yin)詢問波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)所(suo)在(zai)。素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)又(you)稱(cheng)(cheng)，波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)生前曾囑咐其(qi)仆(pu)從，死(si)后(hou)不可與(yu)霍(huo)集占(zhan)(zhan)同(tong)葬一處；其(qi)奴(nu)仆(pu)有(you)十(shi)余人(ren)逃出，其(qi)中(zhong)(zhong)可能有(you)人(ren)將尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)盜去。九月十(shi)三(san)日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)遣親(qin)信去囚禁之(zhi)處，審訊看守(shou)人(ren)們多(duo)索(suo)丕(pi)等(deng)。十(shi)九日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)來告(gao)額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)，稱(cheng)(cheng)實(shi)(shi)不知何人(ren)將尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)盜去，并(bing)舉伊斯蘭教經文發誓不曾欺騙清軍。額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)派人(ren)密訪，也(ye)報稱(cheng)(cheng)和(he)卓(zhuo)(zhuo)被(bei)殺(sha)(sha)是實(shi)(shi)。二十(shi)一日(ri)，額(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)傳訊們多(duo)索(suo)丕(pi)及撫養、跟隨大(da)小和(he)卓(zhuo)(zhuo)的(de)呢雅斯索(suo)丕(pi)、維吾爾(er)(er)婦女(nv)濟(ji)爾(er)(er)噶勒(le)等(deng)人(ren)，確認波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)、霍(huo)集占(zhan)(zhan)被(bei)殺(sha)(sha)之(zhi)事經過。幾(ji)年(nian)后(hou)，清廷查(cha)出波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)系由其(qi)仆(pu)人(ren)盜出，在(zai)牌租阿(a)巴(ba)特(te)就地埋葬。
九月三(san)十日(ri)，巴達克(ke)山使者(zhe)(zhe)、證人(ren)隨額(e)(e)爾登額(e)(e)回(hui)到富(fu)(fu)德(de)兵營，進獻霍(huo)(huo)集占(zhan)首級，經霍(huo)(huo)集斯、毛拉(la)郭波(bo)和卓及(ji)布(bu)魯(lu)(lu)特(te)伯克(ke)辨識后確認(ren)無疑。富(fu)(fu)德(de)責問(wen)巴達克(ke)山來使端(duan)(duan)伯克(ke)，為何先前(qian)報稱霍(huo)(huo)集占(zhan)已死(si)，后又云兄弟二人(ren)同時(shi)被(bei)殺。端(duan)(duan)伯克(ke)辯稱：“前(qian)此拘禁時(shi)，傳聞霍(huo)(huo)集占(zhan)傷(shang)重身死(si)，及(ji)遣(qian)人(ren)往(wang)(wang)驗尚(shang)存。薩穆坦行(xing)后，琿都斯即領(ling)眾五(wu)千，勒取(qu)二人(ren)。因決計殺死(si)，以絕其望。”富(fu)(fu)德(de)又令(ling)鄂對、布(bu)魯(lu)(lu)特(te)阿奇木之親屬(shu)(shu)“密(mi)行(xing)訪問(wen)”，最終確認(ren)所言(yan)屬(shu)(shu)實。富(fu)(fu)德(de)隨即遣(qian)額(e)(e)爾登額(e)(e)將(jiang)霍(huo)(huo)集占(zhan)首級函送京師(shi)，帶證人(ren)、巴達克(ke)山使者(zhe)(zhe)、博洛爾使者(zhe)(zhe)一同前(qian)往(wang)(wang)。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年(nian)(nian)十月二十三日(ri)庚子（1759年(nian)(nian)12月12日(ri)），乾(qian)(qian)隆(long)皇帝以(yi)(yi)平(ping)定(ding)回(hui)部(bu)(bu)宣諭中(zhong)(zhong)外。下諭賞(shang)(shang)兆惠宗室(shi)公品級鞍轡；富(fu)(fu)德(de)(de)晉封侯(hou)爵(jue)，賞(shang)(shang)戴雙眼(yan)翎；明瑞(rui)、阿(a)里袞(gun)賞(shang)(shang)戴雙眼(yan)翎；額(e)敏和卓晉封郡(jun)王；賞(shang)(shang)給(gei)玉素(su)富(fu)(fu)郡(jun)王品級；舒(shu)赫德(de)(de)及(ji)在(zai)事(shi)大(da)(da)臣官員均(jun)交吏部(bu)(bu)從優議(yi)敘(xu)。歷次戰斗中(zhong)(zhong)有(you)功官兵(bing)(bing)各(ge)封賞(shang)(shang)有(you)差，陣亡者加以(yi)(yi)優恤(xu)。西(xi)征在(zai)外兵(bing)(bing)丁均(jun)賞(shang)(shang)兩(liang)月錢(qian)糧，駐葉(xie)爾羌等城(cheng)兵(bing)(bing)丁賞(shang)(shang)一(yi)月錢(qian)糧。同時下令籌備西(xi)征將(jiang)士返京(jing)凱旋及(ji)大(da)(da)閱八旗官兵(bing)(bing)事(shi)宜。十一(yi)月，乾(qian)(qian)隆(long)皇帝下令于葉(xie)爾羌城(cheng)內、伊西(xi)洱庫爾淖爾湖畔立碑(bei)，勒石(shi)紀(ji)錄平(ping)定(ding)回(hui)部(bu)(bu)之功，并(bing)撰寫碑(bei)文。
乾(qian)(qian)隆二(er)十(shi)五年(nian)（1760年(nian)）正月(yue)末，浩罕、巴達克山(shan)(shan)、博洛(luo)爾使臣至(zhi)京。正月(yue)二(er)十(shi)七(qi)日（1760年(nian)2月(yue)27日），乾(qian)(qian)隆皇帝升御座于午門，行(xing)受(shou)俘禮(li)，額爾登額等官兵(bing)將霍集(ji)占首級進獻闕下。二(er)月(yue)二(er)十(shi)七(qi)日（1760年(nian)4月(yue)12日），兆惠、富德、明瑞、巴祿(lu)等將士抵京。乾(qian)(qian)隆皇帝駐蹕良(liang)鄉(xiang)縣(xian)（縣(xian)治在今(jin)北京市房山(shan)(shan)區良(liang)鄉(xiang)鎮）黃新莊，郊(jiao)勞西征(zheng)諸將士，筑壇(tan)告天，并設宴(yan)款待將軍(jun)大臣與回部王公(gong)、伯(bo)克。三(san)月(yue)三(san)日（1760年(nian)4月(yue)18日），乾(qian)(qian)隆皇帝在豐澤園(yuan)（今(jin)中南(nan)海內）宴(yan)請兆惠、富德、明瑞、巴祿(lu)與回部王公(gong)伯(bo)克、文武大臣，賞賜出征(zheng)將士帑銀、緞匹。
霍(huo)集(ji)(ji)占妻妾(qie)雖(sui)多，但(dan)無子(zi)嗣(si)。逃(tao)入巴達克山的(de)霍(huo)集(ji)(ji)占親信阿卜(bu)都海里、鄂斯(si)滿(man)二人，被(bei)(bei)素勒(le)坦沙(sha)拘禁(jin)。乾隆皇帝寬宥其(qi)罪(zui)，令素勒(le)坦沙(sha)嚴行約束(shu)，逃(tao)逸的(de)厄魯特(te)頭(tou)目沙(sha)喇斯(si)、瑪呼斯(si)二人不久被(bei)(bei)其(qi)部(bu)下所殺。后世有民間傳說認為，霍(huo)集(ji)(ji)占有一妻（妾(qie)）被(bei)(bei)俘后成為乾隆皇帝的(de)嬪妃(fei)，被(bei)(bei)稱為香妃(fei)。
波羅尼都死后(hou)，被仆人秘(mi)密葬(zang)于牌租阿巴特(te)；其妻妾(qie)、子女也留在巴達克山。乾(qian)隆二十(shi)六年(nian)（1761年(nian)），清廷得知(zhi)波羅尼都妻、子下落；及波羅尼都埋葬(zang)地點，遂遣人向巴達克山索(suo)取。乾(qian)隆二十(shi)七年(nian)十(shi)二月(yue)(yue)二十(shi)三(san)日(ri)（1763年(nian)2月(yue)(yue)5日(ri)），素(su)勒坦沙派人同(tong)清使薩里來到埋葬(zang)處將波羅尼都尸骸取出(chu)；并(bing)將波羅尼都之妻妾(qie)、子嗣六人交予清使，其分別是：
珠賚(lai)哈（維吾爾人），有(you)子阿斯(si)瑪。
巴特瑪（厄魯特蒙(meng)古人），有(you)子阿(a)卜都哈(ha)里(li)克(ke)。
額爾克揚(yang)（柯爾克孜人），有子(zi)巴哈敦。
照(zhao)管波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)妻、子(zi)的毛拉巴(ba)喇(la)特、密諾羅斯(si)(si)等九人也愿同薩(sa)里返回內地。乾(qian)隆二(er)十八年（1763年）正(zheng)月(yue)，波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)家(jia)眷被(bei)(bei)(bei)帶到葉爾羌。葉爾羌辦事(shi)都(dou)(dou)統(tong)新(xin)柱(zhu)詰問巴(ba)達(da)(da)克(ke)山使臣密爾咱阿達(da)(da)里卜，素勒坦沙(sha)先前聲稱(cheng)波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)尸(shi)被(bei)(bei)(bei)其(qi)(qi)仆從伊里雅斯(si)(si)盜往(wang)(wang)琿(hun)都(dou)(dou)斯(si)(si)塔爾罕部落，今(jin)為何又從維薩(sa)巴(ba)特掘出？密爾咱阿達(da)(da)里卜稱(cheng)：先前并不(bu)知尸(shi)首被(bei)(bei)(bei)盜原委。后來(lai)(lai)波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)幼(you)女亡(wang)故，仆人夜間前往(wang)(wang)其(qi)(qi)父墓地埋葬時(shi)，曾追隨波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)舊人都(dou)(dou)前往(wang)(wang)祭奠，被(bei)(bei)(bei)巴(ba)達(da)(da)克(ke)山人目擊。二(er)月(yue)，新(xin)柱(zhu)將波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)尸(shi)骸匣(xia)封(feng)，與其(qi)(qi)妻、子(zi)、部屬一同送往(wang)(wang)北(bei)京。阿卜都(dou)(dou)哈里克(ke)后來(lai)(lai)被(bei)(bei)(bei)編(bian)入正(zheng)白旗(qi)蒙(meng)古，子(zi)孫世居內地。乾(qian)隆皇(huang)帝(di)還令人保護大小和(he)卓(zhuo)祖先阿帕克(ke)和(he)卓(zhuo)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)墓，“毋得樵(qiao)采污穢(hui)，以昭國家(jia)矜恤之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)仁。”
波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)另(ling)有一子薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)，為其妾愛(ai)什(shen)阿哈察所(suo)生(sheng)(sheng)。后(hou)(hou)來(lai)波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)與愛(ai)什(shen)阿哈察離(li)異，薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)遂由乳(ru)母撫(fu)養。乾隆(long)皇(huang)帝令將薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)“送來(lai)京師，加(jia)恩養育”。后(hou)(hou)來(lai)舒(shu)赫德發現所(suo)獲之(zhi)薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)并非波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)子，而是同名之(zhi)人。后(hou)(hou)據素勒(le)坦(tan)沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)逃到了愛(ai)烏(wu)罕東(dong)北之(zhi)琿都(dou)(dou)斯（今阿富(fu)汗昆都(dou)(dou)士(shi)）。二十多年后(hou)(hou)，清廷又得知薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)居(ju)住在布哈爾(er)之(zhi)撒馬爾(er)罕，過著貧苦生(sheng)(sheng)活。喀什(shen)噶爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)鄂斯滿(man)寫信招薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)回國，但未成功。薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)又前往忽(hu)氈（今塔吉(ji)克(ke)(ke)斯坦(tan)苦盞）等地居(ju)住，并受到浩罕伯(bo)克(ke)(ke)那爾(er)巴圖的(de)管制，最后(hou)(hou)在布哈爾(er)（今烏(wu)茲別克(ke)(ke)斯坦(tan)布哈拉）死去。
薩(sa)木薩(sa)克有三子(zi)：和(he)卓(zhuo)玉(yu)素普、張(zhang)格爾(er)(er)、巴布頂。巴布頂早亡，玉(yu)素普、張(zhang)格爾(er)(er)后(hou)(hou)(hou)來都成為(wei)浩(hao)(hao)(hao)罕(han)入(ru)侵新疆的工具。由于與新疆的貿易是(shi)浩(hao)(hao)(hao)罕(han)的經濟命脈(mo)，浩(hao)(hao)(hao)罕(han)伯(bo)克表面上對清(qing)朝皇帝表示恭(gong)順，暗中利(li)用和(he)卓(zhuo)后(hou)(hou)(hou)裔(yi)向清(qing)廷和(he)新疆官員(yuan)施(shi)壓，謀取在(zai)新疆南部(bu)的特權，必要(yao)時直接派(pai)兵幫(bang)助和(he)卓(zhuo)后(hou)(hou)(hou)裔(yi)作亂。和(he)卓(zhuo)后(hou)(hou)(hou)裔(yi)也依附浩(hao)(hao)(hao)罕(han)壯大自己的聲勢，張(zhang)格爾(er)(er)就許諾將喀什噶爾(er)(er)城贈予(yu)浩(hao)(hao)(hao)罕(han)。到了浩(hao)(hao)(hao)罕(han)伯(bo)克愛(ai)瑪爾(er)(er)在(zai)位時，“藉張(zhang)格爾(er)(er)為(wei)奇貨，暗令其滋(zi)擾邊界，復匿之境內，故使內地聞(wen)之，其情實(shi)為(wei)狡(jiao)譎”。嘉慶末、道光(guang)初，張(zhang)格爾(er)(er)四次潛入(ru)新疆西(xi)部(bu)，倚仗浩(hao)(hao)(hao)罕(han)、布魯特軍隊在(zai)喀什噶爾(er)(er)一帶作亂。道光(guang)八年(nian)（1828年(nian)），張(zhang)格爾(er)(er)被擒(qin)，押解至北京(jing)處死。道光(guang)十年(nian)（1830年(nian)），玉(yu)素普入(ru)卡作亂失敗。張(zhang)格爾(er)(er)之子(zi)布素魯克仍(reng)留在(zai)浩(hao)(hao)(hao)罕(han)。
張格(ge)爾死后，浩罕(han)繼續(xu)利用白(bai)山派和(he)(he)卓(zhuo)后裔(yi)入(ru)侵新疆(jiang)，掠奪喀什噶爾、葉爾羌等地的財(cai)富(fu)。如道光年間(jian)的七和(he)(he)卓(zhuo)之(zhi)亂、咸豐年間(jian)的倭里罕(han)之(zhi)亂。浩罕(han)被俄國(guo)滅亡前(qian)夕，浩罕(han)權臣阿古柏攜布素魯(lu)克(ke)入(ru)侵新疆(jiang)，建立“哲(zhe)德沙爾國(guo)”和(he)(he)“洪福汗國(guo)”。光緒初，左宗棠領兵驅逐阿古柏，收(shou)復新疆(jiang)。布素魯(lu)克(ke)下(xia)落(luo)不明，倭里罕(han)被阿古柏毒(du)殺。和(he)(he)卓(zhuo)家族(zu)的子孫至此退出歷史舞臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確定大小伯(bo)克的(de)品級(ji)、員額、俸祿，并實行回避。通過有限度的(de)“改土歸流”，伯(bo)克階層(ceng)由世襲貴族轉(zhuan)變為清(qing)朝的(de)地方(fang)官吏。在軍(jun)事方(fang)面，回部各(ge)城(cheng)設(she)駐札大臣(chen)(chen)，領(ling)(ling)八旗、綠營兵(bing)鎮守(shou)，各(ge)城(cheng)大臣(chen)(chen)以(yi)喀什(shen)噶爾參贊大臣(chen)(chen)為首。乾隆二十(shi)七年（1762年），置伊犁將(jiang)軍(jun)統轄新疆各(ge)地，以(yi)領(ling)(ling)兵(bing)追擊大小和(he)卓的(de)領(ling)(ling)侍衛內大臣(chen)(chen)明瑞補(bu)授。“軍(jun)府制”逐漸確立(li)。
早在霍集占(zhan)起兵之時(shi)，乾隆皇帝已命兆(zhao)惠清查回部各城戶(hu)口，調查準(zhun)噶(ga)爾統治時(shi)期的(de)歷年貢賦(fu)。兆(zhao)惠領(ling)兵南下后，舒赫(he)德負責(ze)辦理此事，將人口、土地(di)、賦(fu)稅(shui)情況陸續造(zao)冊呈報(bao)。西(xi)域底定后，清廷減(jian)輕了準(zhun)噶(ga)爾、大小(xiao)和卓統治時(shi)期的(de)沉重賦(fu)稅(shui)，廢止了名目(mu)繁多的(de)勒索攤派。同時(shi)廣辟屯田、治水灌(guan)溉，頒行制錢，使新疆經(jing)濟得到恢復和發展。
中(zhong)國(guo)(guo)與(yu)西(xi)亞、南亞的(de)(de)(de)陸路貿(mao)易也因回(hui)(hui)部平定而重新(xin)打通。中(zhong)國(guo)(guo)出產的(de)(de)(de)茶葉(xie)(xie)、絲綢、羊毛在(zai)葉(xie)(xie)爾(er)羌、喀什噶爾(er)經(jing)浩罕(han)進入波斯和(he)俄國(guo)(guo)；經(jing)拉達克進入英屬印度并販往歐洲(zhou)。俄國(guo)(guo)的(de)(de)(de)皮革、火器，英國(guo)(guo)的(de)(de)(de)鴉片則經(jing)葉(xie)(xie)爾(er)羌流入中(zhong)國(guo)(guo)。回(hui)(hui)部的(de)(de)(de)平定還使自明代中(zhong)期中(zhong)斷的(de)(de)(de)和(he)闐(tian)玉石(shi)供(gong)應(ying)得以恢(hui)復。此后，和(he)闐(tian)玉成為清皇室壟斷的(de)(de)(de)珍寶，其(qi)采集和(he)運(yun)輸受(shou)到嚴格的(de)(de)(de)監(jian)管。
平定(ding)大小(xiao)和(he)卓(zhuo)是(shi)清(qing)朝統一(yi)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)戰爭的(de)最(zui)后一(yi)役，使天山南路(lu)復(fu)入(ru)(ru)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)版圖。西域(yu)底(di)定(ding)后，清(qing)代中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)疆(jiang)域(yu)的(de)正西端延至帕米爾(er)以西的(de)噴赤河流(liu)域(yu)，版圖臻(zhen)于極盛。鄰近(jin)新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)浩罕、布(bu)哈爾(er)、安(an)集延、巴(ba)達克山、愛(ai)烏罕（阿富汗(han)）、博(bo)洛爾(er)、乾(qian)竺特（坎巨提(ti)）等部(bu)落(luo)遣使入(ru)(ru)貢，臣屬于中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)。自康熙(xi)時(shi)準噶(ga)爾(er)東(dong)侵以來，持續七十余年的(de)西北邊患暫(zan)告終結(jie)。此后至道(dao)(dao)光(guang)初的(de)六十年間，新(xin)(xin)疆(jiang)、蒙古(gu)沒有發生大的(de)變(bian)亂。道(dao)(dao)光(guang)以降，俄羅(luo)斯、英國(guo)(guo)的(de)殖民者深入(ru)(ru)費爾(er)干納盆地(di)和(he)克什米爾(er)，逼近(jin)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)西境，新(xin)(xin)疆(jiang)又進入(ru)(ru)動(dong)蕩時(shi)期。
