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HPA人類蛋白質圖譜
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HPA人類蛋白質圖譜數據庫是一個全面的人類蛋白質信息資源,旨在提供對人類基因和蛋白質表達模式的詳盡描述。人類蛋白質圖譜(HPA)項目的啟動時間是在2003年,主要設在瑞典,由非營利組織Knut和Alice Wallenberg基金會(KAW)資助。該項目的科學家建立了首個人類大腦蛋白質的顯微分布圖,覆蓋了27個腦區中表達的蛋白質。人類蛋白質圖譜計劃已經為人類生物學和疾病領域的數千篇出版物做出了貢獻,并被ELIXIR組織選為歐洲核心資源,因為它對人類生物學和疾病具有重要意義。
  • 中文名稱: HPA人類蛋白(bai)質圖譜
  • 發源地區: 瑞典(dian)
  • 官方網址:
詳細介紹 PROFILE +

基本介紹

2003年完成的(de)人(ren)類基(ji)因(yin)組計劃成功(gong)地對所有20,000個蛋(dan)白(bai)質(zhi)編碼基(ji)因(yin)(蛋(dan)白(bai)質(zhi)組)進行了測序,這是(shi)一項巨大的(de)科學成就,但(dan)這實際(ji)上(shang)只是(shi)一個開(kai)始。下一步是(shi)檢查(cha)蛋(dan)白(bai)質(zhi)組以開(kai)始了解(jie)所有這些蛋(dan)白(bai)質(zhi)的(de)功(gong)能。

人類蛋(dan)白質(zhi)(zhi)(zhi)圖譜(HPA)項目于2003年啟動,目標是使(shi)用(yong)(yong)基于抗體的(de)蛋(dan)白質(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)學系統地繪制這些(xie)蛋(dan)白質(zhi)(zhi)(zhi)的(de)表(biao)達(da)。該計劃主要設在瑞典,由非營利組(zu)織Knut和Alice Wallenberg基金會(KAW)資助。內(nei)部生產和商(shang)業購買的(de)抗體首先由研究人員(yuan)驗證,然后(hou)用(yong)(yong)于表(biao)征每種(zhong)蛋(dan)白質(zhi)(zhi)(zhi)。

數據可通過開放式交(jiao)互式數據庫(ku)獲取:www.proteinatlas.org.

它包含數(shu)百萬張高分(fen)辨(bian)率圖像,顯示44種不(bu)(bu)同正(zheng)常人體組織(Tissue Atlas)和20種不(bu)(bu)同癌癥類型(Cancer Atlas)中76 種不(bu)(bu)同細胞類型的蛋(dan)白質表達的空間定位(wei)。

在(zai)美國細胞生物學(xue)學(xue)會(ASCB,2016年12月(yue))上,一個新的Cell Atlas在(zai)HPA的更新版本(第(di)16版)中發布,參加人(ren)數眾多。

特色功能

它的特點:

l 免疫熒光染色(se)細胞的高分辨(bian)率(lv)、多色(se)圖像

l 代表人體不同器官(guan)細胞(bao)群的56種(zhong)細胞(bao)系中蛋(dan)白質的亞細胞(bao)空間定位

l 使用深度RNA測(ce)序表征的所有(you)人(ren)類(lei)基因的mRNA表達

l > 12,000個基(ji)因和可用抗體映射(she)到(dao)30種不(bu)同的細(xi)胞結(jie)構(gou)(即細(xi)胞核(he)、胞質溶膠、線粒體等)

精確定位(wei)蛋(dan)白(bai)質(zhi)的(de)亞細胞定位(wei)對于理解其功能至關(guan)重要(yao)。當(dang)它(ta)們定位(wei)到預期的(de)微環境(jing)(即(ji)細胞器(qi)、囊(nang)泡或大分子(zi)復(fu)合物(wu))時,它(ta)們將在(zai)合適的(de)生化(hua)條(tiao)件下遇(yu)到其他蛋(dan)白(bai)質(zhi)或RNA以實現(xian)其分子(zi)功能(Breckles,2016)。這份全(quan)面的(de)圖譜為世界各地(di)的(de)研究(jiu)人員(yuan)對蛋(dan)白(bai)質(zhi)功能進行(xing)更復(fu)雜的(de)研究(jiu)提供了急需的(de)工(gong)具。

以下(xia)是Cell Atlas中的一些(xie)示例圖像:

CCNB1:細(xi)胞周(zhou)期(qi)蛋(dan)白B1是一種調(diao)節蛋(dan)白,位(wei)于(yu)細(xi)胞質中(zhong),參與人(ren)和小鼠細(xi)胞的有絲分(fen)裂。它主(zhu)要(yao)在細(xi)胞周(zhou)期(qi)的G2/M 期(qi)以細(xi)胞周(zhou)期(qi)依賴性(xing)的方(fang)式表(biao)達。在圖中(zhong),U-2 OS人(ren)細(xi)胞系(xi)中(zhong)的細(xi)胞周(zhou)期(qi)蛋(dan)白B1蛋(dan)白表(biao)達(抗(kang)體HPA030741)以綠(lv)色顯示,而(er)細(xi)胞核(he)為藍(lan)色,微(wei)管為紅(hong)色。

蛋白質圖譜

DAXX:死亡(wang)(wang)域相(xiang)關(guan)蛋白6是一種多功能蛋白,主要定位于人和(he)小鼠細(xi)(xi)胞的(de)細(xi)(xi)胞核(he)和(he)核(he)體(ti),但也在細(xi)(xi)胞質中表達。DAXX 與有絲分裂G2期的(de)著絲粒(li)相(xiang)關(guan)。在細(xi)(xi)胞質中,它通過(guo)與細(xi)(xi)胞凋亡(wang)(wang)抗(kang)原Fas相(xiang)互作用來調節細(xi)(xi)胞凋亡(wang)(wang)。該圖(tu)顯示(shi)了細(xi)(xi)胞系A-431中細(xi)(xi)胞核(he)內的(de)核(he)體(ti)(GFP標記的(de)抗(kang)體(ti)HPA008797)中的(de)表達。

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