該寺(si)(si)(si)(si)院(yuan)(yuan)歷(li)史(shi)(shi)詳情無現有(you)文(wen)(wen)字史(shi)(shi)料(liao)記載,當(dang)地(di)傳說史(shi)(shi)建(jian)(jian)于(yu)(yu)唐(tang)代,后(hou)(hou)多(duo)次(ci)戰火(huo)兵匪多(duo)次(ci)毀壞(huai)嚴重,最后(hou)(hou)一次(ci)修繕在(zai)清末民(min)國(guo)(guo)初年(nian)(nian),后(hou)(hou)香火(huo)鼎盛(sheng)寺(si)(si)(si)(si)院(yuan)(yuan)無力承受分建(jian)(jian)三處(chu)(chu)下院(yuan)(yuan):靈山(shan)庵(an)(位于(yu)(yu)現廣東省(sheng)河源(yuan)市(shi)連(lian)(lian)平(ping)(ping)(ping)縣(xian)高(gao)(gao)莞(guan)鎮丁村(cun)后(hou)(hou)靈山(shan)坑內),龍馴庵(an)(位于(yu)(yu)現廣東省(sheng)河源(yuan)市(shi)連(lian)(lian)平(ping)(ping)(ping)縣(xian)忠(zhong)信中學(xue)食堂處(chu)(chu)),獅(shi)(shi)子巖(位于(yu)(yu)現廣東省(sheng)河源(yuan)市(shi)和平(ping)(ping)(ping)縣(xian)獅(shi)(shi)子巖)。三處(chu)(chu)下院(yuan)(yuan)歷(li)史(shi)(shi)在(zai)雍正八年(nian)(nian)版(ban)連(lian)(lian)平(ping)(ping)(ping)州志寺(si)(si)(si)(si)觀一章有(you)記載。高(gao)(gao)莞(guan)鎮徐村(cun)瓦窯屋村(cun)民(min)吳娘(niang)石于(yu)(yu)2005年(nian)(nian)無意發現家中一民(min)國(guo)(guo)年(nian)(nian)間寺(si)(si)(si)(si)院(yuan)(yuan)手抄(chao)本《靈鷲山(shan)寺(si)(si)(si)(si)記》并送(song)交寺(si)(si)(si)(si)院(yuan)(yuan)作為僅(jin)存(cun)文(wen)(wen)物保管(guan)。該游記是(shi)當(dang)地(di)一鄉紳曾紹貫于(yu)(yu)民(min)國(guo)(guo)年(nian)(nian)間游歷(li)本寺(si)(si)(si)(si)所寫(xie),開篇寫(xie)有(you):“靈鷲山(shan)寺(si)(si)(si)(si)者(zhe),吾鄉之名(ming)勝。山(shan)未有(you)名(ming),是(shi)有(you)是(shi)寺(si)(si)(si)(si),山(shan)因而(er)名(ming)之。”現該文(wen)(wen)物保存(cun)與靈鷲禪寺(si)(si)(si)(si),復(fu)印件由寺(si)(si)(si)(si)院(yuan)(yuan)報(bao)送(song)連(lian)(lian)平(ping)(ping)(ping)縣(xian)檔案局、連(lian)(lian)平(ping)(ping)(ping)縣(xian)宗教(jiao)局,河源(yuan)市(shi)宗教(jiao)局、高(gao)(gao)莞(guan)鎮人(ren)民(min)政府作為歷(li)史(shi)(shi)資料(liao)存(cun)檔。
2004年(nian)4月,連平縣(xian)民族(zu)宗教(jiao)(jiao)局批(pi)準寺院(yuan)(yuan)恢(hui)復開放宗教(jiao)(jiao)活動(dong),2007年(nian),經縣(xian)宗教(jiao)(jiao)局協調,當(dang)地村民同意歸(gui)還(huan)寺院(yuan)(yuan)土(tu)(tu)地264.22畝山地支持寺院(yuan)(yuan)恢(hui)復重(zhong)建(jian),并于當(dang)年(nian)在縣(xian)國土(tu)(tu)局登記發給寺院(yuan)(yuan)土(tu)(tu)地證。2007年(nian),省民族(zu)宗教(jiao)(jiao)委員會(hui)將該寺院(yuan)(yuan)進行登記備案。
目前(qian)該寺院正在恢復重建中,現道(dao)路和供電并未接(jie)通,交通可通過山間便道(dao)抵(di)達。