重慶醫科大學附屬第一醫院創建于1957年，歷經60余年的建設和發展，已成為全國首批“三級甲等醫院”和融醫療、教學、科研、預防、保健及涉外醫療為一體的重點大型綜合性教學醫院。重醫附一院常年承擔疑難危急重癥救治、應急救援、干部保健及涉外醫療任務，是重慶市SARS、甲型H1N1流感等重大傳染病重癥病例救治首要單位和專家組長單位。

重慶醫科大學附屬第二醫院，是集醫療、教學、科研、預防保健為一體的國家三級甲等綜合醫院。前身為始建于1892年的“重慶寬仁醫院”。醫院現有開放床位1380張，年門診量超過百萬人次，年收治住院病人4.5萬人次，年手術量超2萬余人次。擁有價值近4億多元的現代化醫療儀器設備，有53個臨床、醫技科室。醫院現有博士學位點27個，碩士學位點29個，并設有臨床醫學博士后流動站。

重慶市第三人民醫院是一所集醫療、科研、教學為一體的三級甲等醫院。病床650張，職工880人。她是全國500家大型綜合性醫院之一，不僅進行日常的醫教研工作，還擔負著全市老干部、老紅軍、港澳同胞、海外僑胞、外賓及中央領導來渝期間的醫療保健任務。三院一直保持著先進單位，“文明醫院”等稱號，多次榮獲“全國衛生系統先進集體”、“市文明單位”，“十佳醫院”，“行風建設優良單位”等榮譽。目前，三院已與日本廣島、天津等國內外多家醫院結為友好醫院，建立了醫療合作、交流關系。

重慶醫科大學附屬兒童醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士后流動站，是兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家級教學團隊、國家精品課程、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構、全國住院醫師規范化培訓示范基地、國家級兒童早期發展示范基地。

重慶市腫瘤醫院、重慶市腫瘤研究所、重慶市癌癥中心是集醫療、教學、科研、預防、康復為一體的國家三級甲等腫瘤專科醫院，牽頭重慶市腫瘤防治和技術研究、培訓腫瘤專科人才；是國家腫瘤藥物臨床試驗機構、重慶市腫瘤臨床醫學研究中心、重慶市腫瘤醫療質量控制中心、重慶市腫瘤放射治療質量控制中心；是重慶抗癌協會與重慶市腫瘤防治辦公室掛靠單位、重慶市醫療保險惡性腫瘤特殊疾病確認與辦理唯一市級單位。

重慶醫科大學附屬永川醫院（重慶市第二人民醫院、重慶醫科大學第五臨床學院）創建于1939年，坐落于重慶西部交通樞紐城市永川城區內，是一所集醫療、急救、預防保健、康復、教學和科研為一體的國家三級甲等綜合性醫院。率先在重慶西部開展了肝、腎移植術、體外循環下心內直視手術、骨髓干細胞移植、微創顱內血腫清除術及腦干腫瘤切除術、心臟起搏器植入、白內障超聲乳化及人工晶體植入、人工關節置換術、斷肢斷指再植，以及惡性腫瘤適形放射治療、乳腺癌根治術及術后一期乳房再造術、自體輸血術等高精尖技術。

重慶醫科大學附屬口腔醫院（重慶市口腔醫院，重慶醫科大學口腔醫學院）是集醫療、教學、科研、預防、保健、急救為一體的國家三級甲等口腔專科醫院。重慶醫科大學系口腔醫學一級學科和口腔醫學博士專業學位授權點單位，口腔醫學是重慶市“十三五”市級重點學科，口腔醫學實驗教學中心獲批國家級實驗教學示范中心。"國家衛生計生委國家級住院醫師規范化培訓基地"和"重慶市口腔醫療質量控制中心" 設在本院。

陸軍軍醫大學西南醫院位于重慶市沙坪壩區高灘巖，是一所集醫療、教學、科研和預防、保健、康復于一體的現代化綜合性“三級甲等”醫院。西南醫院有臨床醫技科室60個，展開床位2900張，擁有“達芬奇”手術機器人等高精尖儀器設備，擁有一流的學科人才隊伍、精湛的醫療技術、突出的科技創新。醫院先后獲全國百姓放心百佳示范醫院、全國優質服務百佳醫院、全軍先進醫院、總后先進師旅團級黨委、重慶市民看病首選醫院等殊榮。

重慶市第九人民醫院位于縉云山麓、嘉陵江畔的北碚主城區內。其前身為盧作孚先生1927年創辦的峽區地方醫院。抗戰爆發后，國立江蘇醫學院于1939年（現江蘇省人民醫院）搬遷到此。1953年醫院正式命名為“重慶市第九人民醫院”隸屬重慶市衛生局。1994年醫院成為重慶市醫療急救分中心。1997年重慶直轄后醫院又劃歸北碚區衛生局管理，2001年重慶市政府將“重慶九院”規劃為重慶北部區域醫療中心，2003年醫院被評審為三甲醫院。

重慶市急救醫療中心（重慶市第四人民醫院）位于交通樞紐的中心地區，為國家三級甲等醫院、國家愛嬰醫院、重慶市創傷研究所、重慶市急診醫學培訓中心，亞洲救援組織（AEA International）合作醫院，近年來，醫院獲國家級、省市級科研成果獎20余項榮獲重慶市科技進步一等獎、二等獎、三等獎多項，在研和已結題課題近70項，發表各類論文1300余篇，參加國際、國內學術會議論文交流1000余篇。