博物館位于湖北武漢，是由中國科學院投資建成的，自1930年建立以來，除作為東亞淡水魚類的研究中心外，還擔負著科普教育的任務，并一直對國內外各類人員開放，是中國最主要的水生生物博物館。館內現藏有40萬件標本，其中以淡水魚類為主，有30余萬件，魚類標本種類達260種，還有藻類標本2萬多件，以及各類群的水生無脊椎、水生哺乳動物標本。館內還重點展示了白鱘、白鱀豚等滅絕物種，以及豐富的東亞特有鯉科魚類和青藏高原魚類標本等等。博物館的“鎮館之寶”是一頭矛尾魚標本，它是世界上現生的最古老的魚類。

摩納哥海洋博物館是世界上最早的海洋生物專題的水生生物博物館，在歐洲享有盛名，1910年由摩納哥公國親王阿爾貝一世領導建設，位于摩納哥海岸上。館內存在大量100多年前的海洋生物標本和樣品，以及來自世界各地超過4000條的各種海洋動物生活于此。館內陳列著各種魚類和海洋生物的骨架，從巨鯨科目到最小的海洋生物無所不有，還有一系列的魚類附屬品。此外還擁有著世界上最大的珊瑚礁以及獨一無二的鯊魚礁湖，在400立方米的巨型水池中有眾多的活珊瑚、鯊魚、大鰩魚。

芽莊國家海洋博物館成立于1923年，是越南最早設立的海洋生物研究中心。館內現藏有6萬多種海洋生物標本，不僅展示了有關海洋學的各種知識和主題郵票，還有各種大體型海洋生物標本，如獅子魚、鯊、海馬、小丑魚、海龜、海葵等。此外還有大量海洋科學家考察時用過的儀器、設備和各種捕魚工具，以及不同魚類、海獸、海鳥的肉、動物油、皮及其化學制劑。海洋博物館地下室的水族館雖然不大，但除了動物外，也還養著各種珍奇的海洋植物。

海洋大學水生生物博物館是中國最大的水生生物博物館之一，最重要的科研基地之一，位于廣東海洋大學內。館內現有鯨類、魚類、貝類、海藻類、蝦蟹類、棘皮動物、腔腸動物以及其它水生動物等9間陳列室，共陳列水生生物標本近3000千種。魚類標本約1000種，貝類標本約1000種，蝦蟹標本約400種，藻類標本約400種，其他水生生物約200種。其中擁有著眾多的精品生物標本，例如國家一級保護動物中華鱘，現存最古老最低等頭的足類動物鸚鵡螺、世界上現存最大最珍貴的兩棲動物大鯢等等。

貝加爾湖博物館是世界上少有，且專門為某個湖泊而建的水生生物博物館，位于俄羅斯聯邦布里亞特共和國的首府烏蘭烏德。貝加爾湖是個狹長的彎月形湖泊，是世界上最深的湖泊，其歷史超過2500萬年，生活著3500種動植物。貝加爾湖博物館集中展覽了植物600種，水生動物1200種，其中野生魚類50多種。此外，博物館里有間展室，里面一人一個顯微鏡，可以觀察湖底的小蝦米和細砂，它們是湖中整個生物鏈的基礎。還有一間模擬的水下潛艇觀察室，可以觀看湖里不同水深層的實際景象。

貝利·馬特烏貝殼博物館位于北美洲墨西哥灣海域，在一座叫桑尼伯爾的美麗小島上，因其地理位置特殊，冬季洋流將大量貝殼輸送到這里，經年累月，整個島上堆積了數不清的貝殼，所以人們也把這里叫“貝殼島”。島上的貝利·馬特烏貝殼博物館，是目前世界上規模最大的貝類專題水生生物博物館。館內收藏了來自世界各地的珍稀品種，現藏200多萬枚、10萬多種貝殼，其種類達到全球貝類的三分之一。

荷蘭微生物博物館是世界上第一座微生物專題的博物館，位于荷蘭首都阿姆斯特丹。館內包含了很多令人大開眼界的東西，包括人類生存環境中無處不在的微生物，除了大量的水生微生物外，還有與人體或動物有關的細菌病毒，以及到目前為止地球上看不見的大多數生命形式。館內利用了一系列多媒體裝置，在充滿科技感的同時，讓人身臨其境，以不同的方式看到、探索和體驗微生物的世界。

洞庭湖博物館位于湖南南洞庭湖畔沅江市區，洞庭湖博物館定位為綜合型、現代化、多功能，是國內第一且國際領先的現代化湖泊博物館。其總建筑面積約5.1萬平方米。洞庭湖是中國第二大淡水湖，也是中華鱘、白鰭豚、江豚等珍稀瀕危水生野生動物以及特有魚類資源的棲息地。洞庭湖博物館內現集中展示了大量的洞庭湖地區生物水產、植被標本。魚類113種，水產植物71種，還有甲殼類、螺蚌類、兩棲類、爬行類等，是一個豐富且全面的湖泊專題水生生物博物館。

博物館位于澳大利亞新南威爾士州的堪文達小鎮，被譽為“澳大利亞最神奇的水生生物博物館”。館內對魚類進化史有詳細的講解，并且收集了泥盆紀時期的各種水生魚類化石，這些魚類化石已有3.6至3.7億年的歷史，大部分為淡水魚化石，很多魚類對于科學家來說都是新發現的，之前前所未聞。人們于1955年偶然發現了第一塊魚類化石，之后相繼發現了多種化石。目前館內共收藏有4000多種魚類化石。

臺灣螃蟹博物館位于臺灣宜蘭縣頭城鎮，是世界上少有的螃蟹專題的水生動物博物館，館內現藏有產于世界各地的螃蟹1000多種。螃蟹標本的制作極為繁瑣，一個小標本的完成需要三至六個月，一個大螃蟹標本的完成需要一到兩年。目前館內標本與活體多達約2000多件，其中有體長兩三米的世界最大帝王蟹，比黃豆還小的世界最小螃蟹，一只就足以毒死4萬5千只白老鼠的世界毒性最強螃蟹，還有尚未被正式命名的“深海怪蟹”等。