首都醫科大學附屬北京同仁醫院始建于1886年，是一所以眼科學、耳鼻咽喉科學為國家重點學科的大型綜合三甲醫院，是北京市醫保定點醫院。其以醫院綜合實力為主體，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所為附屬科研機構，形成“一院三所”發展格局，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體，其中眼科、耳鼻咽喉科為國家臨床重點學科。

北京大學第一醫院，簡稱“北大醫院”，創建于1915年，是一所融醫療、教學、科研、預防、公共衛生為一體的大型綜合性三級甲等醫院，也是中央保健基地醫院。北京大學第一醫院綜合診療水平高，設有36個臨床科室、11個醫技科室、1個研究科室、4個研究所，擁有國家衛生計生委臨床重點專科項目19個，國家級重點學科牽頭單位和參與單位共12個。

北京大學人民醫院西直門院區位于北京市西直門南大街11號，白塔寺院區位于西城區阜成門內大街133號，始建于1918年，是一所集醫療、教學、科研為一體的三級甲等綜合醫院，是北京市醫保定點醫院，國家衛生計生委委管醫院，北京大學附屬醫院，北京大學第二臨床醫學院，先后獲得"全國衛生系統思想政治工作先進單位"、"全國醫院（衛生）文化建設優秀成果獎"、"全國醫院（衛生）文化建設先進集體"、"全國醫藥衛生系統創先爭優活動先進集體"等榮譽。

北京協和醫院是一所集醫療、教學、科研于一體的現代化綜合三級甲等醫院，是國家衛生健康委指定的全國疑難重癥診治指導中心，是最早承擔高干保健和外賓醫療任務的醫院之一，也是高等醫學教育和住院醫師規范化培訓國家級示范基地、臨床醫學研究和技術創新的國家級核心基地。北京協和醫院以學科齊全、技術力量雄厚、特色專科突出、多學科綜合優勢強大享譽海內外。

首都醫科大學附屬北京朝陽醫院有2個院區，分別位于北京朝陽區工人體育場南路8號，石景山區京原路5號，總占地面積10.28萬平米。首都醫科大學附屬北京朝陽醫院建于1958年，是首都醫科大學第三臨床醫學院，北京市呼吸疾病研究所所在醫院，是北京市市屬集醫療、教學、科研、預防為一體的三級甲等醫院，北京市醫療保險A類定點醫療機構。

衛生部中日友好醫院始建于1984年，是集醫療、教學、科研和預防保健等功能為一體的國家衛生健康委員會直屬大型綜合性三級甲等醫院。中日醫院現編制床位1610張，承擔中央保健醫療任務、國家緊急醫學救援任務，附設中日友好臨床醫學研究所。中日醫院承載了建設中國現代化醫院的示范、中西醫結合的基地、對外合作的平臺的重托，被外國人在京協會評為“外國人在京就醫國有醫院滿意率第一單位”，是北京市外籍人才醫療服務示范基地。

北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）始建于1958年，是國家衛生健康委委管的集醫療、教學、科研和預防保健為一體的現代化綜合性三級甲等醫院。 北醫三院擁有國內最強的脊柱外科和目前世界規模最大、治療方法最全面的生殖醫學中心之一。中國大陸首例試管嬰兒在此誕生。運動醫學研究所是中國最早成立、國內唯一的中國奧委會指定運動員傷病防治中心。

首都醫科大學附屬北京口腔醫院創建于1945年，是集醫療、教學、科研、預防為一體的三級甲等口腔專科醫院。醫院分為天壇部和王府井部，天壇部位于古老的天壇公園西南側，王府井部位于北京市王府井中心商業區的錫拉胡同，環境優美，設施齊全。70余年的發展歷程中，醫院遵循"嚴、精、勤、謹"的院訓，堅持嚴謹的科學態度，追求精湛的醫療技術，全心全意為廣大患者解除各種口腔疾病的困擾，營造舒適和諧的就醫氛圍，獲得雙十佳人民滿意醫院、首都文明單位等稱號。

首都醫科大學宣武醫院創建于1958年，是一所以神經科學和老年醫學的臨床與研究為重點，以治療心腦血管疾患為特色，承擔醫療、教育、科研、預防、保健和康復任務的大型三級甲等綜合醫院。本院是新中國神經科學的初創基地和培育神經科學人才的搖籃之一,在國內有著重要學術地位。受國家衛生部委托，醫院承辦全國神經內科醫師進修班、神經外科醫師進修班、神經放射醫師進修班，是國家級繼續醫學教育培訓基地。

首都醫科大學附屬北京友誼醫院位于北京市西城區永安路95號，始建于1952年，占地面積9.4萬余平方米，是北京市醫保定點醫院。醫院積極開展多渠道、多領域的國際交流合作。先后與美國、日本、韓國、丹麥、俄羅斯等國家和地區的醫療機構建立了友好合作關系，派出各專業人員出國深造。設立李桓英基金會資助青年骨干出國研修項目，促進了醫院學術水平的提高。醫院曾被授予全國先進基層黨組織、全國"三八"紅旗集體、全國模范職工之家、多次被授予首都文明單位標兵等光榮稱號。