402年司馬元顯為(wei)(wei)了避免桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)乘(cheng)亂偷(tou)襲,搶先西征,任劉(liu)(liu)(liu)牢之為(wei)(wei)先鋒,司馬尚之為(wei)(wei)后部(bu)。桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)也(ye)率軍東下,最(zui)后大破(po)司馬尚之。劉(liu)(liu)(liu)牢之認(ren)為(wei)(wei)司馬元顯無用,倒戈引(yin)桓(huan)軍入建康(kang)。桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)控制朝廷,誅殺(sha)(sha)異己,先后殺(sha)(sha)司馬元顯與(yu)道子,并奪(duo)取(qu)劉(liu)(liu)(liu)牢之兵(bing)權,誅戮部(bu)分北府將領(ling),提(ti)拔北府將領(ling)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)。他最(zui)初(chu)有意革新(xin)朝廷,但(dan)最(zui)后豪奢縱欲(yu),政令無常,漸(jian)失(shi)人心。403年桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)篡位稱帝,建國(guo)桓(huan)楚。隔年劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)同北府舊將何無忌(ji)、劉(liu)(liu)(liu)毅舉兵(bing),收復建康(kang),桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)挾(xie)晉(jin)安(an)帝西撤江(jiang)陵。不久桓(huan)玄(xuan)(xuan)(xuan)又率軍東下,被劉(liu)(liu)(liu)毅擊敗,在逃(tao)往蜀(shu)地途中被馮遷(qian)所(suo)殺(sha)(sha)。而后桓(huan)振、桓(huan)謙(qian)又挾(xie)晉(jin)安(an)帝反(fan)抗,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)直到405年肅清桓(huan)氏勢力,得以迎晉(jin)安(an)帝復位,掌控了朝廷。
劉(liu)(liu)裕掌(zhang)控朝廷后,荊州(zhou)刺(ci)(ci)史劉(liu)(liu)毅(yi)忌妒,意圖舉兵。412年(nian)劉(liu)(liu)裕搶先討伐(fa)劉(liu)(liu)毅(yi),劉(liu)(liu)毅(yi)兵敗(bai)自殺。405年(nian),益(yi)州(zhou)刺(ci)(ci)史毛(mao)璩(qu)率(lv)軍討伐(fa)江陵桓振,蜀軍不愿遠征(zheng),推譙(qiao)縱為首(shou)叛晉(jin),譙(qiao)蜀建立。蜀軍隨后攻陷成都,殺死毛(mao)璩(qu),譙(qiao)縱自號成都王。408年(nian)晉(jin)廷派劉(liu)(liu)敬宣率(lv)軍討伐(fa)但失敗(bai)。413年(nian)劉(liu)(liu)裕派西陵太守朱齡石率(lv)軍西伐(fa),攻占成都。譙(qiao)縱敗(bai)退自殺,譙(qiao)蜀亡。
盧(lu)循(xun)(xun)(xun)為孫恩繼(ji)承人,桓(huan)玄(xuan)為安撫(fu)他任(ren)為永嘉太守,但他仍(reng)不斷(duan)襲擾沿海。404年(nian)盧(lu)循(xun)(xun)(xun)由海路攻占廣(guang)州,隔年(nian)晉(jin)廷又任(ren)命他為廣(guang)州刺(ci)史。410年(nian)盧(lu)循(xun)(xun)(xun)趁劉(liu)裕北伐南燕之機,與其姐夫徐道覆分二路北伐,于桑洛州合力擊(ji)潰劉(liu)毅(今江(jiang)西九江(jiang)市),乘勢攻入京師(shi)建(jian)康,史稱盧(lu)循(xun)(xun)(xun)之亂。此時劉(liu)裕回撤(che),盧(lu)循(xun)(xun)(xun)和徐道覆發生內訌,盧(lu)循(xun)(xun)(xun)久攻京師(shi)不破,撤(che)守尋陽。10月徐道覆進攻江(jiang)陵(ling),為守將劉(liu)道規所敗(bai)。12月盧(lu)循(xun)(xun)(xun)被晉(jin)軍打敗(bai),退守廣(guang)州。411年(nian)劉(liu)裕派兵(bing)擊(ji)殺(sha)徐道覆。盧(lu)循(xun)(xun)(xun)最后于交(jiao)(jiao)州被交(jiao)(jiao)州刺(ci)史杜慧度殲(jian)滅,投水自殺(sha),至此亂事(shi)平定。
劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)消滅若(ruo)干異己后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou),先(xian)后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)發(fa)動兩次北(bei)(bei)伐(fa)。當(dang)時南燕(yan)慕容(rong)超屢屢入侵,409年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)率軍(jun)伐(fa)南燕(yan),次年(nian)(nian)攻(gong)破南燕(yan)都城(cheng)廣固(今山東青州市(shi)),擒殺慕容(rong)超,南燕(yan)亡(wang)。而(er)后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)因盧循(xun)叛(pan)亂,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)回(hui)師。后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)秦屢遭胡(hu)夏帝(di)赫連勃(bo)勃(bo)入侵,國(guo)(guo)勢大(da)衰(shuai),幼主姚泓初立(li)。416年(nian)(nian)12月劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)再度(du)北(bei)(bei)伐(fa),連克許昌、洛陽。隔年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)兵(bing)(bing)分(fen)兩路圍攻(gong)關(guan)中(zhong),最后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)攻(gong)破長(chang)安,后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)秦亡(wang)。但該年(nian)(nian)冬(dong)天,留守京師的劉(liu)(liu)(liu)穆(mu)之突然去世,為(wei)免后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)方生變影響自己的篡晉(jin)計劃,劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)不得不返回(hui)京師。他命其幼子(zi)劉(liu)(liu)(liu)義真同(tong)王鎮惡、沈田子(zi)諸將防守長(chang)安,后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)來(lai)諸將內(nei)訌,胡(hu)夏帝(di)赫連勃(bo)勃(bo)率軍(jun)攻(gong)擊(ji)。417年(nian)(nian)冬(dong)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)命劉(liu)(liu)(liu)義真等率軍(jun)東歸(gui),遭夏軍(jun)追擊(ji),元氣大(da)傷(shang),至此(ci)(ci)北(bei)(bei)伐(fa)結束。長(chang)安雖得而(er)復(fu)失,良將勁兵(bing)(bing)損(sun)失頗多,但收(shou)(shou)復(fu)之地并未損(sun)失多少(shao),潼關(guan)以(yi)東收(shou)(shou)復(fu)的部分(fen)關(guan)中(zhong)之地和整個河南地區仍然得到劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)的重兵(bing)(bing)扼守。經過兩次北(bei)(bei)伐(fa),黃(huang)河以(yi)南、淮水(shui)以(yi)北(bei)(bei)以(yi)及漢水(shui)上游的大(da)片地區,為(wei)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)據(ju)有。同(tong)年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)殺晉(jin)安帝(di),立(li)其弟德(de)文,為(wei)晉(jin)恭帝(di)。420年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)廢晉(jin)恭帝(di)自立(li),是為(wei)宋(song)武帝(di),建國(guo)(guo)宋(song),史稱南朝(chao)宋(song),東晉(jin)至此(ci)(ci)滅亡(wang),進入“南北(bei)(bei)朝(chao)時期(qi)”。此(ci)(ci)時北(bei)(bei)方仍處于五胡(hu)十六國(guo)(guo)時期(qi),直(zhi)至440年(nian)(nian)北(bei)(bei)魏統一后(hou)(hou)(hou)(hou)(hou)方形(xing)成南北(bei)(bei)朝(chao)對峙格局。