402年(nian)(nian)(nian)司(si)馬(ma)(ma)元顯為了避免桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)乘(cheng)亂偷襲,搶(qiang)先西(xi)(xi)征,任劉(liu)牢(lao)之為先鋒,司(si)馬(ma)(ma)尚(shang)之為后(hou)(hou)部。桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)也率軍(jun)東下(xia),最(zui)(zui)后(hou)(hou)大破司(si)馬(ma)(ma)尚(shang)之。劉(liu)牢(lao)之認(ren)為司(si)馬(ma)(ma)元顯無用,倒戈(ge)引桓(huan)(huan)(huan)(huan)軍(jun)入建康(kang)。桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)控制朝廷,誅殺(sha)異己,先后(hou)(hou)殺(sha)司(si)馬(ma)(ma)元顯與道(dao)子(zi),并(bing)奪取劉(liu)牢(lao)之兵(bing)權,誅戮部分北(bei)府將領,提拔(ba)北(bei)府將領劉(liu)裕。他最(zui)(zui)初有意革新朝廷,但最(zui)(zui)后(hou)(hou)豪奢縱欲,政令無常,漸失人心。403年(nian)(nian)(nian)桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)篡位(wei)稱帝(di),建國桓(huan)(huan)(huan)(huan)楚。隔年(nian)(nian)(nian)劉(liu)裕同北(bei)府舊將何無忌、劉(liu)毅(yi)(yi)舉兵(bing),收(shou)復建康(kang),桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)挾晉(jin)(jin)安(an)帝(di)西(xi)(xi)撤江陵(ling)。不久桓(huan)(huan)(huan)(huan)玄(xuan)又(you)率軍(jun)東下(xia),被劉(liu)毅(yi)(yi)擊敗,在逃往蜀地途中被馮遷所殺(sha)。而后(hou)(hou)桓(huan)(huan)(huan)(huan)振、桓(huan)(huan)(huan)(huan)謙又(you)挾晉(jin)(jin)安(an)帝(di)反抗,劉(liu)裕直到(dao)405年(nian)(nian)(nian)肅(su)清桓(huan)(huan)(huan)(huan)氏勢力,得以迎晉(jin)(jin)安(an)帝(di)復位(wei),掌控了朝廷。
劉(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)掌控朝廷(ting)后(hou),荊州刺史(shi)劉(liu)(liu)(liu)(liu)毅忌妒,意圖(tu)舉兵(bing)。412年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)搶先討(tao)伐(fa)劉(liu)(liu)(liu)(liu)毅,劉(liu)(liu)(liu)(liu)毅兵(bing)敗(bai)自(zi)殺(sha)。405年(nian)(nian),益(yi)州刺史(shi)毛璩率(lv)(lv)軍(jun)討(tao)伐(fa)江陵(ling)桓振(zhen),蜀(shu)軍(jun)不愿遠征,推譙縱(zong)為首叛(pan)晉(jin)(jin),譙蜀(shu)建立。蜀(shu)軍(jun)隨(sui)后(hou)攻陷成都(dou),殺(sha)死毛璩,譙縱(zong)自(zi)號成都(dou)王。408年(nian)(nian)晉(jin)(jin)廷(ting)派劉(liu)(liu)(liu)(liu)敬宣率(lv)(lv)軍(jun)討(tao)伐(fa)但失敗(bai)。413年(nian)(nian)劉(liu)(liu)(liu)(liu)裕(yu)派西陵(ling)太守朱齡石率(lv)(lv)軍(jun)西伐(fa),攻占成都(dou)。譙縱(zong)敗(bai)退自(zi)殺(sha),譙蜀(shu)亡。
盧(lu)(lu)(lu)循(xun)為孫恩繼承人(ren),桓玄為安撫他任為永嘉(jia)太(tai)守(shou),但(dan)他仍不(bu)斷襲擾沿海。404年盧(lu)(lu)(lu)循(xun)由海路攻占廣州(zhou)(zhou),隔年晉廷又任命他為廣州(zhou)(zhou)刺(ci)史(shi)。410年盧(lu)(lu)(lu)循(xun)趁劉(liu)裕北伐南燕之(zhi)機,與其姐夫徐(xu)(xu)道覆分二路北伐,于桑(sang)洛州(zhou)(zhou)合力(li)擊(ji)潰(kui)劉(liu)毅(今(jin)江(jiang)西九江(jiang)市),乘勢(shi)攻入京師(shi)建(jian)康,史(shi)稱(cheng)盧(lu)(lu)(lu)循(xun)之(zhi)亂(luan)。此(ci)時劉(liu)裕回撤(che),盧(lu)(lu)(lu)循(xun)和徐(xu)(xu)道覆發生內訌,盧(lu)(lu)(lu)循(xun)久攻京師(shi)不(bu)破(po),撤(che)守(shou)尋(xun)陽(yang)。10月徐(xu)(xu)道覆進攻江(jiang)陵,為守(shou)將劉(liu)道規(gui)所敗(bai)。12月盧(lu)(lu)(lu)循(xun)被(bei)晉軍(jun)打敗(bai),退守(shou)廣州(zhou)(zhou)。411年劉(liu)裕派兵擊(ji)殺徐(xu)(xu)道覆。盧(lu)(lu)(lu)循(xun)最(zui)后于交州(zhou)(zhou)被(bei)交州(zhou)(zhou)刺(ci)史(shi)杜慧度殲滅,投水(shui)自殺,至此(ci)亂(luan)事平定。
劉裕(yu)消滅若干異己(ji)后(hou),先(xian)后(hou)發動兩(liang)次北(bei)伐(fa)(fa)。當(dang)時(shi)南(nan)燕慕容(rong)超屢屢入侵,409年(nian)(nian)劉裕(yu)率軍伐(fa)(fa)南(nan)燕,次年(nian)(nian)攻(gong)(gong)破(po)南(nan)燕都(dou)城廣(guang)固(今山東(dong)青州市),擒(qin)殺慕容(rong)超,南(nan)燕亡(wang)。而后(hou)因盧(lu)循叛亂,劉裕(yu)回(hui)師。后(hou)秦屢遭胡(hu)夏帝(di)(di)赫連勃(bo)(bo)勃(bo)(bo)入侵,國(guo)勢大衰(shuai),幼主姚泓初立(li)(li)(li)。416年(nian)(nian)12月劉裕(yu)再度北(bei)伐(fa)(fa),連克許昌、洛(luo)陽。隔年(nian)(nian)劉裕(yu)兵(bing)(bing)分兩(liang)路圍(wei)攻(gong)(gong)關中(zhong),最后(hou)攻(gong)(gong)破(po)長安(an)(an),后(hou)秦亡(wang)。但(dan)(dan)該年(nian)(nian)冬天(tian),留守京師的(de)(de)劉穆之突然去世,為免后(hou)方(fang)生變影響自(zi)己(ji)的(de)(de)篡晉計(ji)劃,劉裕(yu)不得(de)不返回(hui)京師。他(ta)命其幼子劉義真同王鎮惡、沈田(tian)子諸(zhu)將(jiang)防守長安(an)(an),后(hou)來諸(zhu)將(jiang)內(nei)訌,胡(hu)夏帝(di)(di)赫連勃(bo)(bo)勃(bo)(bo)率軍攻(gong)(gong)擊。417年(nian)(nian)冬劉裕(yu)命劉義真等(deng)率軍東(dong)歸(gui),遭夏軍追擊,元(yuan)氣大傷,至此(ci)北(bei)伐(fa)(fa)結束。長安(an)(an)雖得(de)而復(fu)失,良(liang)將(jiang)勁兵(bing)(bing)損失頗(po)多,但(dan)(dan)收復(fu)之地并未損失多少,潼關以東(dong)收復(fu)的(de)(de)部分關中(zhong)之地和整(zheng)個河南(nan)地區仍然得(de)到劉裕(yu)的(de)(de)重兵(bing)(bing)扼(e)守。經過兩(liang)次北(bei)伐(fa)(fa),黃河以南(nan)、淮水以北(bei)以及漢水上游(you)的(de)(de)大片(pian)地區,為劉裕(yu)據(ju)有(you)。同年(nian)(nian)劉裕(yu)殺晉安(an)(an)帝(di)(di),立(li)(li)(li)其弟德文,為晉恭帝(di)(di)。420年(nian)(nian)劉裕(yu)廢晉恭帝(di)(di)自(zi)立(li)(li)(li),是為宋武帝(di)(di),建國(guo)宋,史稱南(nan)朝宋,東(dong)晉至此(ci)滅亡(wang),進入“南(nan)北(bei)朝時(shi)期”。此(ci)時(shi)北(bei)方(fang)仍處于五胡(hu)十六國(guo)時(shi)期,直至440年(nian)(nian)北(bei)魏(wei)統一(yi)后(hou)方(fang)形成南(nan)北(bei)朝對峙格局(ju)。