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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日(ri),英(ying)偉達GTC China大(da)(da)會在蘇州(zhou)舉行,maigoo小編(bian)了(le)解(jie)到(dao),英(ying)偉達為CUDA增加了(le)兩個新的(de)主流(liu)應用——5G vRAN和基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)處理,基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)行業的(de)華大(da)(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)對(dui)應用實(shi)現(xian)了(le)支持。華大(da)(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)生命科學超級計算(suan)機以(yi)每(mei)天(tian)60個基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)的(de)吞吐量,改變(bian)了(le)全基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)測序,并同時降低了(le)成本。

  • 全基(ji)因組測(ce)序會分析(xi)整(zheng)個基(ji)因序列,可以檢(jian)測(ce)由遺傳性疾病引(yin)起的(de)(de)DNA突變,突變導(dao)致(zhi)的(de)(de)癌癥(zheng)擴(kuo)散,或是追蹤(zong)基(ji)因突變引(yin)發(fa)疾病的(de)(de)機制。

    同時這項技術也(ye)用于研(yan)究畜(chu)牧業、農特(te)和導(dao)致疾病的(de)微生物。

    但(dan)是,如何(he)解決大數據(ju)存取能(neng)力(li)以及計算能(neng)力(li)不足等瓶頸問(wen)題,是基因組(zu)學研究和應用面臨(lin)的一(yi)大難題。基因組(zu)處理流(liu)程(cheng)在行業標準(zhun)中(zhong)被稱為(wei)GATK,這一(yi)過程(cheng)可根據(ju)參考繪(hui)制DNA短鏈(lian),以重建(jian)基因組(zu)并找出變異,屬于計算密集型任務。

    大(da)會現(xian)場,黃仁勛發布NVIDIA Parabricks基因組分(fen)析工(gong)具包,Parabricks是(shi)一個基于CUDA加(jia)速的基因組處理工(gong)具包,可以(yi)用于發現(xian)變異,并能產生與GATK最佳實(shi)踐流程一致的結果,實(shi)現(xian)30-50倍的加(jia)速。

    Parabricks提(ti)供了(le)DeepVariant工具,利用深度學習技術進行基(ji)因(yin)變異檢(jian)測。現在(zai),華(hua)大基(ji)因(yin)就采用了(le)Parabricks。借助若干GPU服務器,華(hua)大基(ji)因(yin)可(ke)以(yi)按照測序儀(yi)生成數(shu)據的速率來處理基(ji)因(yin)組(zu)。

  • 華大基因品牌介紹
行(xing)業推薦品牌

華(hua)大基因主營業(ye)(ye)務為通過基因檢(jian)(jian)(jian)測(ce)、質(zhi)譜檢(jian)(jian)(jian)測(ce)、生物信息分析等多組學大數據技術手段,為科研機構、企事業(ye)(ye)單位、醫療機構、社(she)會衛(wei)生組織等提供(gong)研究服務和精(jing)準醫學檢(jian)(jian)(jian)測(ce)綜合解決方案。

華(hua)大(da)基(ji)因秉承“基(ji)因科(ke)技(ji)造福(fu)人類(lei)”的(de)(de)愿(yuan)景,以推(tui)動生(sheng)命科(ke)學研究進展、生(sheng)命大(da)數據應用和(he)提(ti)高全球醫療(liao)健(jian)(jian)康水(shui)平為(wei)出(chu)發點,基(ji)于(yu)基(ji)因領(ling)域研究成果及精準檢(jian)測技(ji)術在民生(sheng)健(jian)(jian)康方面的(de)(de)應用,致力于(yu)加速科(ke)技(ji)創新(xin),減少出(chu)生(sheng)缺陷,加強腫瘤(liu)防控(kong),抑制重大(da)疾病對人類(lei)的(de)(de)危(wei)害,實現精準治愈(yu)感染(ran),全面助力精準醫學。

公司依(yi)托(tuo)領先的生(sheng)物信息研發、轉化和(he)應用平臺,數百臺高通(tong)量測序儀、質譜儀和(he)高性能計算(suan)機,為數據(ju)的產出(chu)、存儲、分析提供有(you)力保(bao)障。

公司總部位于中(zhong)國深圳(zhen),在北京、天(tian)津(jin)、武漢、上(shang)海(hai)、廣州、香港等(deng)國內主要(yao)城(cheng)市(shi)設(she)(she)有(you)分支機構和(he)(he)醫(yi)學(xue)檢驗(yan)所,并在歐洲、美(mei)洲、亞太等(deng)地(di)區設(she)(she)有(you)海(hai)外中(zhong)心(xin)和(he)(he)核心(xin)實(shi)驗(yan)室(shi),已形成“覆蓋全(quan)國、輻(fu)射全(quan)球”的網(wang)絡布(bu)局。

公司(si)(si)主要服(fu)務于國內(nei)(nei)外的科(ke)研院(yuan)校、研究所、獨立醫(yi)學檢驗(yan)實驗(yan)室、制(zhi)藥公司(si)(si)等(deng)機(ji)(ji)(ji)構(gou),以(yi)及國內(nei)(nei)外的各級醫(yi)院(yuan)、體檢機(ji)(ji)(ji)構(gou)等(deng)醫(yi)療衛生機(ji)(ji)(ji)構(gou)、公司(si)(si)客戶(hu)和大眾客戶(hu)。目前,公司(si)(si)業(ye)務已經(jing)覆蓋了全球100多(duo)(duo)個國家(jia)和地區(qu),包括中國境內(nei)(nei)2,000多(duo)(duo)家(jia)科(ke)研機(ji)(ji)(ji)構(gou)和2,300多(duo)(duo)家(jia)醫(yi)療機(ji)(ji)(ji)構(gou),其中三甲醫(yi)院(yuan)300多(duo)(duo)家(jia);歐洲、美洲、亞太等(deng)地區(qu)合作的海外醫(yi)療和科(ke)研機(ji)(ji)(ji)構(gou)超過3,000家(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業推薦(jian)品(pin)牌

1999年,NVIDIA®(英偉(wei)達)公司發明(ming)了(le)GPU(圖(tu)形(xing)(xing)處理器(qi)),讓全世界(jie)重新認識了(le)計算(suan)機圖(tu)形(xing)(xing)的威(wei)力。

自那時起,NVIDIA®(英偉(wei)(wei)達?)不(bu)斷為視覺計算樹立(li)新標準,其(qi)令人(ren)嘆為觀止的(de)交互式(shi)圖形(xing)產品可廣泛用(yong)于(yu)從平板電腦和便(bian)攜式(shi)媒體播放器到(dao)筆記本與工作站等各種(zhong)設備之(zhi)上。NVIDIA®(英偉(wei)(wei)達)在(zai)(zai)可編程GPU(圖形(xing)處(chu)理(li)器)方面(mian)擁(yong)有(you)專業(ye)的(de)專業(ye)技術,在(zai)(zai)并行(xing)處(chu)理(li)方面(mian)實現了(le)諸(zhu)多(duo)突(tu)破(po),從而普及了(le)低(di)價超(chao)級計算機的(de)使用(yong)。公司持(chi)有(you)1,100多(duo)項美(mei)國專利,其(qi)中涵蓋了(le)關乎現代(dai)計算之(zhi)根本的(de)諸(zhu)多(duo)設計與深刻見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿?)掀起了(le)移動計算的革(ge)命。它是一款擁有八個專用處理器的復雜片上系(xi)統(System-on-a-Chip),其功(gong)耗比普通筆記本(ben)PC芯片低(di)50倍。Tegra?(圖睿?)能(neng)夠為新一代平板電腦、智能(neng)電話(hua)、便攜式媒體播放(fang)器以(yi)及車載(zai)駕駛員安全/輔(fu)助(zhu)/信息(xi)系(xi)統提供計算動力(li)。ION?(翼揚?)能夠提升上網(wang)本的(de)性(xing)能。它可以在游戲、電影(ying)以及基于(yu)Web的(de)視(shi)頻(pin)當中(zhong)呈現豐富的(de)高清媒體,同時還提供(gong)了(le)對(dui)Windows 家庭(ting)高級版的(de)支持。憑借下述(shu)NVIDIA®(英偉(wei)達)Optimus的(de)技(ji)術(shu)的(de)有力補(bu)充,ION?(圖睿(rui)?)可謂(wei)無(wu)瑕。GeForce®(精(jing)視?)能夠為(wei)消費級臺式PC與筆記本加(jia)速

GeForce®(精視?)是我們(men)出色的產品線,它能夠為(wei)暢玩游戲(xi)、欣(xin)賞電影或者使用PC來體驗其(qi)它形式(shi)數(shu)字娛樂(le)的用戶實現(xian)充沛的性能。Quadro 是強大工作(zuo)站(zhan)的動力源泉。動畫公司(si)、廣播公司(si)、視覺特效藝術家以及工業(ye)設(she)計師均采用Quadro來(lai)幫助其打造較復雜的項目(mu)并實現這些項目(mu)的可視化(hua)。世(shi)界上大多(duo)數汽車、飛機以及各種各樣的消費級(ji)產品(pin)都是利(li)用Quadro專業(ye)圖(tu)形解決方案設(she)計出(chu)來(lai)的。Tesla 正在徹底改(gai)變超(chao)級(ji)計算領域的(de)面(mian)貌。通過(guo)利用GPU的(de)并行處(chu)理(li)能(neng)力(li),Tesla能(neng)夠為(wei)需(xu)要(yao)超(chao)級(ji)計算機(ji)處(chu)理(li)能(neng)力(li)的(de)科學家以及(ji)研(yan)究人員(yuan)提供超(chao)強性能(neng),然(ran)而(er)其成(cheng)本和功耗卻比常規解決(jue)方案低得(de)多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體(ti)幻(huan)鏡? 集專門(men)的快(kuai)門(men)式眼(yan)鏡與軟件(jian)于一身,能夠為游戲、視頻、照(zhao)片以及藍光3D實現令人身臨其(qi)境(jing)的3D可視化效(xiao)果。SLI®(速(su)力?)能(neng)夠(gou)利用(yong)同一塊主板上多顆GPU的處理能(neng)力來打造高分辨(bian)率游戲體驗。Optimus 能夠(gou)利用同(tong)一塊主板上多顆GPU的處理能力來(lai)打造高分辨率游(you)戲體驗(yan)。PhysX 是(shi)一種圖(tu)形(xing)引擎(qing),該引擎(qing)能夠實時重現例(li)如(ru)重力(li)和(he)運動(dong)等自然力(li)施加在(zai)物(wu)體上(shang)的動(dong)態效(xiao)果。PhysX可運用于所(suo)有游(you)(you)戲平臺之上(shang),其(qi)中(zhong)包(bao)括PC、游(you)(you)戲機以及iPhone。尤其是 CUDA 令(ling)我們引以(yi)為傲。CUDA是我們的并行計算架構,該架構讓(rang)GPU能(neng)夠處理不計其數的數據以(yi)及圖(tu)像的幾何圖(tu)形與像素。

從生(sheng)命科學與醫(yi)學到能源勘探(tan)和量子化學,CUDA現(xian)(xian)已越(yue)來越(yue)多地(di)應(ying)用到各種非視覺(jue)領域當中。世界上現(xian)(xian)在已有超(chao)過(guo)60,000名(ming)活躍的CUDA開發(fa)人員。40個國家(jia)和地(di)區的300多所大學院(yuan)校均開設(she)了CUDA課程(cheng)。

NVIDIA®(英偉達)公司(si)于1993年由(you)黃仁勛(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以(yi)及(ji)Curtis Priem聯合創辦,總部(bu)位于美國加利福(fu)尼(ni)亞州圣(sheng)克拉(la)(la)拉(la)(la)市。黃仁勛(xun)此前曾供職于LSI Logic以(yi)及(ji)AMD公司(si),而Chris Malachowsky與Curtis Priem則來(lai)自Sun Microsystems公司(si)

NVIDIA®(英偉達)公司于1999年在納斯達克公開掛(gua)牌(pai)上市(shi),股票交易代碼為NVDA。公司在20多(duo)個(ge)國(guo)家和地區擁有約5,700名(ming)員(yuan)工。

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