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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英偉達GTC China大會(hui)在蘇(su)州舉(ju)行,maigoo小(xiao)編了解(jie)到(dao),英偉達為(wei)CUDA增加了兩個(ge)新的主流應用——5G vRAN和基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)處理,基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)行業的華(hua)大基(ji)(ji)因(yin)對應用實現了支持。華(hua)大基(ji)(ji)因(yin)的生命科(ke)學超級計算機以每天60個(ge)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)的吞吐量,改變了全基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)測序,并(bing)同時降(jiang)低(di)了成(cheng)本。

  • 全基(ji)因(yin)(yin)組(zu)測序(xu)會分(fen)析整個(ge)基(ji)因(yin)(yin)序(xu)列(lie),可(ke)以(yi)檢測由(you)遺傳性疾病引起(qi)的DNA突(tu)變,突(tu)變導致的癌癥擴(kuo)散,或是追蹤(zong)基(ji)因(yin)(yin)突(tu)變引發(fa)疾病的機制。

    同時這(zhe)項技術也(ye)用于研究(jiu)畜牧業、農特(te)和導(dao)致疾病的微生物(wu)。

    但(dan)是,如何(he)解決大(da)(da)數據存取能力以(yi)及計算(suan)能力不足等(deng)瓶頸問(wen)題(ti),是基因(yin)組(zu)(zu)學研(yan)究和應(ying)用面臨的一大(da)(da)難(nan)題(ti)。基因(yin)組(zu)(zu)處理(li)流(liu)程在行業標(biao)準中(zhong)被稱為GATK,這一過程可根(gen)據參考(kao)繪制DNA短鏈,以(yi)重建基因(yin)組(zu)(zu)并(bing)找出變異,屬于計算(suan)密集型任(ren)務。

    大會現(xian)場,黃(huang)仁勛發布NVIDIA Parabricks基因組(zu)分析工具(ju)包,Parabricks是一(yi)個基于(yu)CUDA加(jia)速的基因組(zu)處(chu)理工具(ju)包,可(ke)以(yi)用于(yu)發現(xian)變(bian)異,并(bing)能產(chan)生與GATK最(zui)佳實踐(jian)流程一(yi)致的結果,實現(xian)30-50倍的加(jia)速。

    Parabricks提供了DeepVariant工具,利用深度(du)學習(xi)技(ji)術進(jin)行(xing)基因變異(yi)檢測(ce)。現在,華大(da)基因就(jiu)采用了Parabricks。借助若干(gan)GPU服務器(qi),華大(da)基因可以按照測(ce)序儀生成數據的速率來處理基因組。

  • 華大基因品牌介紹
行(xing)業推薦(jian)品牌

華(hua)大基因主營業務為通(tong)過(guo)基(ji)因檢測、質(zhi)譜(pu)檢測、生物信息(xi)分析等多組(zu)學大(da)數(shu)據技(ji)術手段,為科研機構、企事業單位、醫(yi)療機構、社會衛生組(zu)織等提供研究(jiu)服(fu)務和精(jing)準醫(yi)學檢測綜合解(jie)決方案。

華大基(ji)因秉(bing)承“基(ji)因科技造福(fu)人類(lei)(lei)”的(de)(de)(de)愿(yuan)景(jing),以(yi)推動生(sheng)命科學研究進(jin)展、生(sheng)命大數據應用和提高全球醫療健康水平為出發點(dian),基(ji)于基(ji)因領域研究成果及(ji)精準檢(jian)測技術在民生(sheng)健康方面(mian)的(de)(de)(de)應用,致力于加(jia)速科技創新,減(jian)少(shao)出生(sheng)缺陷(xian),加(jia)強腫瘤防控,抑(yi)制重大疾(ji)病對人類(lei)(lei)的(de)(de)(de)危害,實(shi)現精準治愈感染,全面(mian)助力精準醫學。

公司(si)依托領先(xian)的生物信息研發、轉化和(he)應用平臺(tai),數百臺(tai)高通量測序儀(yi)、質譜儀(yi)和(he)高性能計算機,為(wei)數據的產出、存儲、分(fen)析提供有(you)力保障(zhang)。

公司總部位于中國深(shen)圳,在北京(jing)、天(tian)津、武漢、上(shang)海(hai)、廣州、香港等國內主要城市設有分支機構(gou)和醫學(xue)檢驗(yan)所(suo),并在歐洲、美洲、亞太等地區設有海(hai)外中心和核心實驗(yan)室,已形(xing)成“覆蓋全國、輻射全球”的(de)網絡布局(ju)。

公司(si)主要服務(wu)于國(guo)內外的(de)(de)科研(yan)院校、研(yan)究所、獨立醫(yi)學檢驗(yan)(yan)實驗(yan)(yan)室(shi)、制藥公司(si)等機構(gou),以及國(guo)內外的(de)(de)各級醫(yi)院、體檢機構(gou)等醫(yi)療(liao)(liao)衛生機構(gou)、公司(si)客戶(hu)和(he)(he)大眾客戶(hu)。目前(qian),公司(si)業務(wu)已經覆(fu)蓋了(le)全球100多個國(guo)家(jia)和(he)(he)地區,包括中(zhong)國(guo)境(jing)內2,000多家(jia)科研(yan)機構(gou)和(he)(he)2,300多家(jia)醫(yi)療(liao)(liao)機構(gou),其中(zhong)三甲(jia)醫(yi)院300多家(jia);歐洲、美洲、亞太等地區合作的(de)(de)海外醫(yi)療(liao)(liao)和(he)(he)科研(yan)機構(gou)超過3,000家(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業(ye)推薦(jian)品(pin)牌

1999年(nian),NVIDIA®(英(ying)偉達(da))公司發明(ming)了GPU(圖形處(chu)理器),讓(rang)全世界(jie)重(zhong)新認(ren)識了計算(suan)機圖形的(de)威力(li)。

自那時起,NVIDIA®(英(ying)偉達?)不斷為(wei)(wei)視覺(jue)計算樹立新標準,其令人嘆為(wei)(wei)觀止(zhi)的交互(hu)式(shi)圖形(xing)產(chan)品(pin)可廣泛用(yong)于從平板電腦和便(bian)攜式(shi)媒體播放(fang)器到筆記本與工作(zuo)站等各種設備之(zhi)上。NVIDIA®(英(ying)偉達)在可編(bian)程GPU(圖形(xing)處理器)方面擁有專(zhuan)(zhuan)業的專(zhuan)(zhuan)業技術,在并行處理方面實(shi)現(xian)(xian)了(le)諸(zhu)多突破(po),從而(er)普及了(le)低價超級計算機的使用(yong)。公司持有1,100多項美國專(zhuan)(zhuan)利,其中涵蓋(gai)了(le)關乎現(xian)(xian)代計算之(zhi)根本的諸(zhu)多設計與深刻見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿?)掀起了移動計算的革(ge)命。它(ta)是一款擁有(you)八(ba)個(ge)專(zhuan)用處理器(qi)的復雜(za)片上系(xi)統(tong)(tong)(System-on-a-Chip),其功耗(hao)比普通(tong)筆記本PC芯片低(di)50倍(bei)。Tegra?(圖睿?)能夠為新(xin)一代(dai)平板電腦、智(zhi)能電話、便攜式媒(mei)體(ti)播放器(qi)以及(ji)車載駕駛員安(an)全/輔助/信息系(xi)統(tong)(tong)提(ti)供(gong)計算動力。ION?(翼揚?)能夠(gou)提(ti)升上網本的(de)(de)性能。它(ta)可以(yi)在游戲、電影以(yi)及(ji)基于Web的(de)(de)視頻當(dang)中呈現(xian)豐富的(de)(de)高清媒(mei)體,同時還提(ti)供了對Windows 家(jia)庭高級版的(de)(de)支持。憑借下述NVIDIA®(英偉達)Optimus的(de)(de)技術(shu)的(de)(de)有(you)力補(bu)充,ION?(圖睿?)可謂(wei)無瑕。GeForce®(精(jing)視?)能夠為消費級臺式PC與筆記本(ben)加速

GeForce®(精視?)是我們出色的產品線,它(ta)能(neng)夠為暢玩游戲(xi)、欣賞電(dian)影或者使(shi)用PC來體驗其它(ta)形(xing)式數字娛樂的用戶實現(xian)充沛的性能(neng)。Quadro 是(shi)強大工(gong)作站的(de)動力源泉。動畫公司(si)、廣(guang)播公司(si)、視覺(jue)特(te)效藝(yi)術(shu)家以及工(gong)業設計(ji)師均(jun)采用Quadro來幫助其(qi)打造(zao)較復(fu)雜的(de)項目并實(shi)現這(zhe)些項目的(de)可視化。世界上(shang)大多(duo)數汽(qi)車(che)、飛機以及各種各樣的(de)消費級產品(pin)都是(shi)利(li)用Quadro專業圖(tu)形解決方(fang)案設計(ji)出(chu)來的(de)。Tesla 正(zheng)在徹底改變(bian)超級(ji)計算(suan)領域的面貌(mao)。通過利用GPU的并行處理(li)能(neng)力,Tesla能(neng)夠(gou)為(wei)需要超級(ji)計算(suan)機處理(li)能(neng)力的科學(xue)家以及研究(jiu)人(ren)員提供(gong)超強(qiang)性能(neng),然(ran)而其(qi)成本和功(gong)耗卻(que)比常規解決方案低得多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立(li)體(ti)幻鏡(jing)? 集專(zhuan)門(men)的快門(men)式眼鏡(jing)與(yu)軟件于一(yi)身,能夠為游戲、視(shi)頻(pin)、照片以及藍(lan)光3D實(shi)現令(ling)人身臨其境的3D可視(shi)化(hua)效果。SLI®(速力(li)?)能夠利(li)用(yong)同(tong)一(yi)塊主板上多顆(ke)GPU的處(chu)理能力(li)來(lai)打造高(gao)分辨率游戲體驗。Optimus 能(neng)(neng)夠利用(yong)同一(yi)塊(kuai)主板(ban)上多顆GPU的(de)處理(li)能(neng)(neng)力來打造高分辨率游戲(xi)體(ti)驗(yan)。PhysX 是一種圖形引(yin)擎,該(gai)引(yin)擎能夠實(shi)時重(zhong)現例如重(zhong)力和運(yun)動(dong)等自然力施加在物體上(shang)(shang)的動(dong)態效果。PhysX可運(yun)用于(yu)所(suo)有游戲(xi)平臺之上(shang)(shang),其中包(bao)括PC、游戲(xi)機以及iPhone。尤其是(shi) CUDA 令(ling)我們引(yin)以為(wei)傲。CUDA是(shi)我們的(de)并(bing)行計算架(jia)構,該架(jia)構讓GPU能夠處理不計其數的(de)數據以及圖像的(de)幾(ji)何圖形(xing)與像素。

從生命科學(xue)與醫(yi)學(xue)到(dao)能源(yuan)勘探(tan)和(he)量(liang)子化(hua)學(xue),CUDA現已越(yue)來越(yue)多地應用到(dao)各(ge)種非視覺領域當中。世界(jie)上(shang)現在已有超過60,000名活(huo)躍的CUDA開發人(ren)員。40個(ge)國(guo)家和(he)地區(qu)的300多所大學(xue)院校(xiao)均開設了(le)CUDA課程。

NVIDIA®(英偉達(da))公司于1993年由黃仁勛(xun)(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以(yi)及Curtis Priem聯(lian)合創辦,總(zong)部位于美國加利福尼(ni)亞州圣克拉(la)拉(la)市。黃仁勛(xun)(xun)此前曾供職于LSI Logic以(yi)及AMD公司,而Chris Malachowsky與Curtis Priem則來自Sun Microsystems公司

NVIDIA®(英偉達)公司于(yu)1999年在(zai)納斯達克(ke)公開掛牌上(shang)市,股票交易代碼為NVDA。公司在(zai)20多個國家和地區擁(yong)有約5,700名員工。

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