據《巴縣(xian)志(zhi)》記載：“清康熙四十(shi)六年（1707）改八坊(fang)為二(er)十(shi)九坊(fang)，三教(jiao)堂屬(shu)楊柳坊(fang)管轄”。現該寺(si)大三門(men)橫額(e)上落(luo)款(kuan)有“嘉慶已二(er)十(shi)四年仲(zhong)夏(xia)慧齡立”字樣。
能(neng)仁寺(si)有(you)四重殿寧，依次是書(shu)馱(tuo)殿、觀音(yin)殿、祖堂、禪(chan)堂。1926年，能(neng)亮住(zhu)持時改子孫廟為十方叢(cong)林(lin)。解放前，該寺(si)常(chang)住(zhu)尼(ni)眾10余人(ren)，信教徒眾多，常(chang)年香火不(bu)斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸(gui)原主(zhu)。據說這(zhe)香(xiang)爐盛飯菜，十天半月也不餿，引起了(le)很多(duo)人的(de)興趣。
中國佛教協會主席(xi)趙樸(pu)初(chu)為(wei)該寺題寫有“大雄寶殿”額，不少知名人士也題寫對聯(lian)，為(wei)能仁(ren)寺增光添彩。
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