據《巴縣志》記(ji)載(zai)：“清康熙四(si)十(shi)六年(nian)(nian)（1707）改八坊為二十(shi)九坊，三教堂屬楊柳坊管(guan)轄”。現(xian)該(gai)寺大三門橫額上落款有“嘉慶已二十(shi)四(si)年(nian)(nian)仲夏慧齡立”字樣。
能仁寺(si)有(you)四重殿(dian)寧，依(yi)次是(shi)書馱殿(dian)、觀音殿(dian)、祖堂、禪堂。1926年(nian)(nian)，能亮住持(chi)時改(gai)子孫廟為十方叢林。解放前，該寺(si)常(chang)住尼眾10余人，信(xin)教徒(tu)眾多，常(chang)年(nian)(nian)香火不(bu)斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸原(yuan)主。據(ju)說這香爐盛(sheng)飯菜(cai)，十天半月(yue)也(ye)不餿，引起了(le)很多人(ren)的興(xing)趣。
中國佛教協(xie)會(hui)主席趙樸初為(wei)該(gai)寺(si)題寫有“大雄寶(bao)殿”額，不少知名人士也題寫對聯，為(wei)能仁寺(si)增光添(tian)彩。
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