1982年經河南省政府批準在國有濟源愚公林場、漭河林場、邵原林場、黃楝樹林場的基礎上建立了濟源獼猴省級自然保護區，在原濟源縣太行山集體林區建立太行山禁獵禁伐區。1991年經省政府批準建立了沁陽白松嶺自然保護區，1994年輝縣市政府建立了石門溝縣級自然保護區。1998年國務院批準在以上四個保護區和國有修武林場、焦作市林場的部分林區的基礎上，總面積56600公頃，以獼猴、金錢豹等野生動物為主要保護對象。區域內獼猴是亞洲分布的最北界，是華北地區唯一殘留的靈長類動物。

廈門珍稀海洋物種國家級自然保護區位于福建省廈門市海域，總面積33088公頃。2000年4月4日經國務院辦公廳正式批準設立，該保護區是在廈門市政府1991年批準建立的廈門文昌魚保護區、福建省政府1995年批準設立的白鷺保護區和1997年批準設立的中華白海豚保護區基礎上合并建立的。為保護珍稀海洋物種設立的國家級自然保護區，保護的主要物種有：文昌魚、中華白海豚和各種白鷺等。

臥龍自然保護區位于四川省阿壩藏族、羌族自治州汶川縣西南部，邛崍山脈東南坡，距四川省會成都130公里，交通便利。臥龍自然保護區東西寬60公里，南北長63公里，是國家級第三大自然保護區。四川省面積最大、自然條件最復雜、珍稀動植物最多的自然保護區。保護區橫跨臥龍、耿達兩鄉，東西長52公里、南北寬62公里，總面積約70萬公頃。主要保護西南高山林區自然生態系統及大熊貓等珍稀動物。

青海可可西里國家級自然保護區位于青海省玉樹藏族自治州西部，總面積450萬公頃，是21世紀初世界上原始生態環境保存較好的自然保護區，也是中國建成的面積最大，海拔最高，野生動物資源最為豐富的自然保護區之一。保護區主要是保護藏羚羊、野牦牛、藏野驢、藏原羚等珍稀野生動物、植物及其棲息環境，2017年7月7日獲準列入《世界遺產名錄》。從2020年9月4日起，可可西里禁止一切社會團體和個人隨意從格爾木前往保護區開展旅游、探險、非法穿越等活動，凡是出租車、私家車由格爾木載客前往護區的一律必須先行前往公安機關進行備案。

石首麋鹿自然保護區位于長江與長江天鵝洲故道的夾角處，地理中心坐標為東經112.23°，北緯29.49°。這里擁有泛洪沼澤濕地1567公頃，自然環境優越，土地肥沃，水質良好，牧草豐茂，是麋鹿棲息的理想場所。1991年11月，湖北省人民政府正式批準成立石首麋鹿自然保護區。1998年，經國務院批準，晉升為國家級自然保護區，以實現中英兩國政府簽訂的“麋鹿重引進中國協議”第二階段目標，即在麋鹿原生地恢復自然種群，并保護其賴以生棲的濕地生態環境。

大連斑海豹國家級自然保護區位于渤海遼東灣，涉及雙島灣街道60%海域和北海街道、三澗堡街道全部海域。該處海域是漁民傳統定置網捕撈區和重要的養殖區。屬于野生動物型保護區，主要保護對象是斑海豹及其生態環境。保護區屬典型的濱海濕地，屬于野生動物型保護區，主要保護對象是斑海豹及其生態環境。保護區屬典型的濱海濕地，大連斑海豹保護區內有魚類100余種，經濟甲殼類5種，頭足類3種，貝類10余種。另外還有虎頭海雕、白尾海雕、白肩雕、黑尾鷗等珍稀鳥類以及維管束植物426種。

山西歷山國家級自然保護區位于山西省翼城、垣曲、陽城、沁水四縣交界處，面積24800公頃，1983年經山西省人民政府批準建立，1988年晉升為國家級，保護區地處亞熱帶向暖溫帶的過渡地帶，氣候溫暖，雨量充沛，自然條件優越。山西歷山國家級自然保護區主要保護對象為暖溫帶森林植被和珍稀動物，屬森林生態系統類型自然保護區。

安徽揚子鱷自然保護區位于中國安徽省宣城地區廣德、宣州、南陵、郎溪、涇縣五個縣市，面積44300公頃，1975年建立省級自然保護區，1986年晉升為國家級，主要保護對象為中國特有的爬行動物揚子鱷及其生存環境。安徽揚子鱷國家級自然保護區分布有我國特有的，也是現存最古老的爬行動物---有“活化石”之稱的揚子鱷。揚子鱷與美洲密西西比河鱷為目前世界上僅存的兩種淡水鱷，數量極其稀少，使揚子鱷的種群得到較大幅度的增長，初步解除了該種瀕臨滅絕的危險。

惠東港口海龜國家級自然保護區位于廣東沿海惠東縣稔平半島的最南端（東經22°33'15"~22°33'20"，北緯114°52'50"~114°54'33"），是亞洲大陸唯一的海龜自然保護區，是世界上最北端的海龜自然保護區，也是中國大陸目前唯一的綠海龜按期成批的洄游產卵的場所，中國沿海只有這里常年能見到雌海龜上岸產卵，在歷史上也一直是海龜產卵的場所，當地人稱“海龜灣”。保護區面積4平方公里，三面環山，一面瀕海，沙岸面積僅0.1平方公里，環境僻靜。近岸海底沙質，有少量礁石，水深5-15米，水質清澈，夏秋水溫28℃左右，常年海水鹽度為30%以上。

張家界大鯢自然保護區位于湖南省張家界市武陵源區，面積14285公頃，1995年經湖南省人民政府批準建立，1996年晉升為國家級，主要保護對象為大鯢及其生態環境。張家界大鯢自然保護區地處武陵山脈東段，境內以山地為主，最高峰斗蓬山海拔1890.4米，是湖南湘、資、沅、澧四大水系的發源地。保護區是中國大鯢的集中分布區之一。