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臥龍國家級自然保護區是國家級第三大自然保護區，是以保護高山生態系統及大熊貓、金絲猴、珙桐等珍稀物種為主的綜合性自然保護區，1980年被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄，是中國的國家級重點保護區之一。據統計：臥龍自然保護區內有脊椎動物450種，其中獸類103種，鳥類281種，爬行類21種，兩棲類14種，魚類11。被列為國家重點保護的物種有大熊貓、金絲猴、牛羚、白唇鹿、綠尾虹雉、金錢豹、小熊貓、雪豹、水鹿、獼猴、藏馬雞、石貂、大靈貓等。其中，大熊貓約占總數的十分之一，被譽為“大熊貓的故鄉”。保護大熊貓的自然保護區還有千佛山自然保護區、龍溪-虹口自然保護區、王朗自然保護區、雪寶頂自然保護區等。

九寨溝是世界自然遺產、國家級自然保護區、世界生物圈保護區網絡，是以保護大熊貓等珍稀野生動物及森林生態系統的自然保護區，也是中國著名的野生動物保護區。九寨溝自然保護區是岷山山系大熊貓A種群的核心地和走廊帶，具有典型的自然生態系統，為全國生物多樣性保護的核心之一。保護區內有陸棲脊椎動物122種，其中有18種國家保護動物，國家一級保護動物有大熊貓、金絲猴、豹、白唇鹿、扭角羚、綠尾虹雉；國家二級保護動物有獼猴、小熊貓、林麝、斑羚、藍馬雞、紅腹錦雞、紅腹角雉、斑尾榛雞、雉鶉、金雕等。

可可西里國家級自然保護區位于青海玉樹藏族自治州西部，面積450萬公頃，是世界上原始生態環境保存較好的自然保護區，也是中國建成的面積較大，海拔最高，野生動物資源最為豐富的自然保護區之一。可可西里是我國野生動物數量最多的地區之一，擁有的野生動物多達230多種，哺乳動物有16種，其中11種為青藏高原特有種類，鳥類約46種，7種為青藏高原特有；國家一級保護動物有藏羚羊、野牦牛、西藏野驢、白唇鹿、雪豹、金雕等；國家二級保護動物有盤羊、棕熊、猞猁、荒漠貓、藏雪雞、紅隼等以及眾多種類的省級重點保護動物被稱為“高原野生動物王國和天然樂園”。其中，藏羚羊是可可西里珍稀動物的代表，是我國特有的物種。

鹽城濕地珍禽國家級自然保護區，即鹽城珍稀鳥類國家級自然保護區，地處江蘇中部沿海，是我國最大的灘涂濕地保護區之一，是以保護丹頂鶴等珍稀野生動物的國家自然保護區，被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄，為“東北亞鶴類保護網絡”成員，也是中國著名的野生動物保護區。保護區有鳥類402種，兩棲爬行類26種，魚類284種，哺乳類31種。其中國家重點保護的一級野生動物有丹頂鶴、白頭鶴、白鶴、東方白鸛、黑鸛、中華秋沙鴨、遺鷗、大鴇、白肩鵰、金鵰、白尾海鵰、麋鹿、中華鱘、白鱘共14種，國家二級保護動物有85種。這里是全球最大的丹頂鶴越冬地，每年有近1000只丹頂鶴在此越冬。

扎龍自然保護區以鶴聞名于世，是我國以保護丹頂鶴等大型水禽為主的珍稀水禽自然保護區，是世界上最大的丹頂鶴繁殖地，位于黑龍江省西部、齊齊哈爾市東南部松嫩平原、烏裕爾河下游湖沼葦草地帶，被列入“國際重要濕地名錄”，也是中國著名的野生動物保護區。扎龍是世界上最大蘆葦濕地，特別適合丹頂鶴、大天鵝、大白鷺、東方白鸛、大鴇等野生動物，世界上現有鶴類15種，中國有9種，扎龍有6種。全世界丹頂鶴不足2000只，扎龍就有400多只，素有“鶴的故鄉”之稱。除了丹頂鶴，保護區內有國家重點保護鳥類41種，還有國家一級保護鳥類8種，國家二級保護鳥類33種。每年4～5月或8～9月，約有二三百種野生珍禽云集于此。

白水江自然保護區位于甘肅省最南端，是中國以保護大熊貓為主的三個重點保護區之一，主要保護對象是大熊貓、金絲猴、扭角羚等多種珍稀瀕危野生物及其賴以生存的自然生態環境和生物多樣性，2000年被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄，是是中國著名的野生動物保護區。保護區陸棲脊椎動物265種，其中獸類48種、鳥類180種、兩棲類14種、爬行類23種；其中，國家級保護動物18種，國家一級保護動物有大熊貓、金絲猴、扭角羚、云豹、綠尾虹雉、雉鶉；國家二級保護動物有獼猴、短尾猴、林麝、毛冠鹿、水獺、紅腹錦雞、藍馬雞、雀鷹、大鯢等，而大熊貓有140多只。

大豐麋鹿國家級自然保護區位于黃海之濱，占地面積4萬畝，是世界上占地面積最大、野生麋鹿種群數量最多、并擁有最大麋鹿基因庫的自然保護區，麋鹿數量占世界麋鹿總數的60%，為“中國麋鹿之鄉”，已被列入國際重要濕地名錄、世界自然遺產中國黃（渤）海候鳥棲息地遺產區域名單、東亞-澳大利西亞鸻鷸鳥類遷徙網絡和人與生物圈保護區網絡，也是中國著名的野生動物保護區。保護區有獸類14種，鳥類182種，爬行兩棲類27種，昆蟲299多種，國家一級保護動物有麋鹿、丹頂鶴、白鸛、白尾海雕；二級有河麂等23種。以保護麋鹿為主要對象的著名自然保護區還有石首麋鹿自然保護區和大興麋鹿苑。

牛背梁國家級自然保護區位于秦嶺山脈東段，地處西安長安縣、安康寧陜縣、商洛柞水縣交匯區域，是秦嶺東段生物多樣性最為豐富的地區，是以保護國家Ⅰ級保護動物羚牛及其棲息地為主的森林和野生動物類型的自然保護區，被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄。牛背梁自然保護區是“秦嶺自然保護區群”的重要組成部分，被譽為動植物種的“天然基因庫”“終南山的封面”“大秦嶺的名片”，區內有獸類83種，鳥類172種，兩棲爬行類42種，魚類8種。其中，國家一級保護動物有羚牛、豹、林麝、金雕、黑鸛等5種，二級保護動物有黑熊、斑羚、紅腹角雉等26種。

達賚湖國家級自然保護區地處內蒙古自治區呼倫貝爾市境內，是以保護珍禽鳥類及其賴以生存的湖泊、草原和濕地等生態系統為主的綜合性自然保護區，被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄，還被列入“國際重要濕地”名錄，主要保護對象為濕地生態系統和以鳥類為主的珍稀瀕危野生動物。保護區由呼倫湖、貝爾湖、烏爾遜河、烏蘭諾爾、新達賚湖及其附近草原組成，保護動物以水禽、魚類為主，鳥類303種，魚類30種，獸類35種，其中，被列入國家一、二級保護名錄的就有55種，國家一級保護動物有丹頂鶴、大鴇、金雕、黑鸛、白鶴、大天鵝、白肩雕等等。

佛坪國家級自然保護區位于秦嶺中段南坡的佛坪縣，是以保護大熊貓、金絲猴、扭角羚等野生動物為主的森林和野生動物類型的自然保護區，被聯合國教科文組織列入《世界生物圈保護區》名錄，也是中國著名的野生動物保護區。保護區有高等植物1580種，野生動物265種，被列入國家一級重點保護動物的有大熊貓、扭角羚、金絲猴和豹4種，二級重點保護動物33種，有“天然動植物基因庫”之稱。其中，佛坪保護區，是全球野生大熊貓種群分布密度最大、也是大熊貓生境最優良的區域。