往來南京的航班均會在南京祿口國際機場起降。機場位于城市的南部，是華東地區重要的旅客輸送地，覆蓋南京及其周邊眾多中小市縣。游客搭乘飛機往來南京十分方便，每天由南京往返全國各地的航班充足，航線眾多。祿口機場還有擁有部分國際航線，主要運營從南京飛往臺灣、韓國及日本的航線。經由其他城市中轉，還可以飛往全球100多個目的地。

南京重要的輪渡碼頭有中山碼頭（下關碼頭）、浦口碼頭、燕子磯碼頭、八卦洲碼頭、通江集輪渡口等，這些碼頭的懷舊、旅游意義正逐漸大過交通運輸作用。
中山碼頭和浦口碼頭間的“寧浦線”輪渡就是一條民國風懷舊路線，長江南岸的中山碼頭，和北岸浦口碼頭邊上的浦口火車站民國風格濃郁，坐船在江上還能看到南京長江大橋。燕子磯碼頭與八卦洲碼頭的“燕八線”輪渡，燕子磯碼頭與通江集輪渡口的“燕通線”輪渡，是避開人流的冷門線路，長江南岸的燕子磯碼頭就在燕子磯公園旁邊，坐船在江上能看到南京長江二橋。

南京港水域由長江港口和內河港口兩部分組成。長江港口主要包括長江大橋以下以江海轉運為主的新生圩、龍潭、馬渡、西壩、儀征港區；長江大橋以上以江內轉運為主的銅井、七壩港區；為南京工業基地服務的板橋、棲霞、大廠臨港工業港區；為城市物資運輸服務的浦口、梅子洲、下關、上元門港區。內河港口包括高淳、江寧、溧水、六合、浦口及雨花臺6個港區。