元(yuan)世祖至(zhi)元(yuan)年間(1282-1294年),天妃廟始建。
泰定三年(1326年),重(zhong)建天妃廟,時稱東(dong)廟。
明萬歷(li)六年(1578年),天(tian)妃靈慈宮重(zhong)修(xiu)。
清代,天妃靈慈宮數次修葺。
清光緒(xu)二十六年(nian)(1900年(nian)),天妃(fei)靈慈(ci)宮毀于庚(geng)子戰爭。
光(guang)緒三十(shi)一年(nian)(1905年(nian)),復建天妃宮大(da)殿3間。
1950年以(yi)后,天妃(fei)宮逐漸成為(wei)遺址。
1987年(nian),天(tian)津市文(wen)物普(pu)查,對天(tian)妃宮遺址登記(ji)造冊并存于天(tian)津市文(wen)化局文(wen)物處和河東區文(wen)化局。
1998年12月-1999年1月,天(tian)津市非物質文化遺產保護中(zhong)心對(dui)天(tian)妃宮遺址進(jin)行(xing)考古發掘(jue)。
2000年9月,中華人(ren)民共和國國家(jia)文(wen)物局(ju)專家(jia)組(zu)對天妃宮遺址進行(xing)鑒定(ding),確認大直(zhi)沽(gu)是(shi)天津(jin)歷史(shi)文(wen)化的(de)原(yuan)生點(dian),天妃宮是(shi)該原(yuan)生點(dian)的(de)重(zhong)要標志(zhi)之(zhi)一。
2001年(nian),天(tian)(tian)津市(shi)人民政府做出(chu)了(le)在天(tian)(tian)妃宮原址上(shang)建立元明清天(tian)(tian)妃宮遺址博(bo)物(wu)館的(de)決定(ding);同(tong)年(nian)8月10 日,元明清天(tian)(tian)妃宮遺址博(bo)物(wu)館正式(shi)開工修建。
2002年,在天妃宮原址上興建的元明(ming)清天妃宮遺址博物館(guan)正(zheng)式開館(guan)。
天(tian)妃宮遺址位于(yu)天(tian)津市(shi)河東區大直(zhi)沽中路(lu),坐落在古(gu)文化街中心處三(san)岔口(kou)西(xi)(xi)岸,坐西(xi)(xi)朝(chao)東,面(mian)向(xiang)海(hai)(hai)河,與天(tian)津衛城東門外三(san)岔口(kou)海(hai)(hai)河西(xi)(xi)岸的天(tian)后宮,東西(xi)(xi)相望,成為(wei)海(hai)(hai)運(yun)和(he)內河漕運(yun)的交(jiao)匯點,占(zhan)地面(mian)積5800平方(fang)米(mi),建(jian)筑面(mian)積3000平方(fang)米(mi),有大殿(dian)(dian)、后殿(dian)(dian)、東西(xi)(xi)配殿(dian)(dian)、二門、山門、戲樓等建(jian)筑。
1997年(nian)9月至10月,在天(tian)妃(fei)宮遺(yi)址范圍(wei)內(nei)相繼(ji)發現了(le)明(ming)代(dai)重(zhong)修敕建靈(ling)慈宮天(tian)妃(fei)碑(bei)記殘石質(zhi)碑(bei)首(shou),碑(bei)高(gao)2.6米,寬0.9米,13行(xing),行(xing)40字,正書(shu),上有重(zhong)修敕建4個殘字和龍紋(wen),并發現了(le)石質(zhi)龜形碑(bei)座(zuo)。1998年(nian)12月-1999年(nian)1月,天(tian)妃(fei)宮遺(yi)址出(chu)土了(le)元代(dai)藍(lan)色琉(liu)璃筒瓦、明(ming)代(dai)綠色琉(liu)璃筒瓦和清代(dai)脊飾筒瓦等元、明(ming)、清建筑構(gou)件和生活用品。
2002年,在天妃(fei)宮(gong)(gong)原址上興(xing)建的(de)(de)(de)(de)元明清天妃(fei)宮(gong)(gong)遺址博(bo)物館正式開館,陳列由4個部(bu)分(fen)組(zu)成:第(di)一部(bu)分(fen)“浩瀚的(de)(de)(de)(de)海(hai)洋”,講(jiang)(jiang)(jiang)述了中國古(gu)代先民對(dui)于海(hai)洋的(de)(de)(de)(de)認識和(he)利(li)用;第(di)二部(bu)分(fen)“神氣的(de)(de)(de)(de)媽祖(zu)”,講(jiang)(jiang)(jiang)述了媽祖(zu)崇拜的(de)(de)(de)(de)產生、演變和(he)流傳;第(di)三部(bu)分(fen)“海(hai)與(yu)河(he)的(de)(de)(de)(de)城市(shi)”,講(jiang)(jiang)(jiang)述了天津古(gu)代城市(shi)的(de)(de)(de)(de)形(xing)成、發展和(he)海(hai)洋的(de)(de)(de)(de)關系;第(di)四部(bu)分(fen)“永恒的(de)(de)(de)(de)遺址”,講(jiang)(jiang)(jiang)述了天妃(fei)宮(gong)(gong)遺址的(de)(de)(de)(de)考古(gu)發掘。
2006年5月25日,天妃(fei)宮遺址被中(zhong)華人民共和國(guo)(guo)(guo)國(guo)(guo)(guo)務院(yuan)公布為第六批全國(guo)(guo)(guo)重點文物保護單(dan)位。
2017年,元明清(qing)天(tian)妃宮(gong)遺址博物館(guan)聯合天(tian)津(jin)地區(qu)其他博物館(guan)在征詢專(zhuan)家意(yi)見后(hou),從天(tian)妃宮(gong)遺址出土(tu)文物中篩選出189件(套)西周至清(qing)代時(shi)期的金屬(shu)文物器進行(xing)保護修復。
天妃宮遺址是中(zhong)國海(hai)上漕(cao)運發達的重(zhong)(zhong)要遺存,是天津城(cheng)市(shi)原生點的標志,對研究(jiu)中(zhong)國海(hai)上漕(cao)運、天津港口文化和(he)天津城(cheng)市(shi)胚胎的早期(qi)聚(ju)落具(ju)有(you)重(zhong)(zhong)要價(jia)值。
元定都大(da)(da)都(北(bei)京)后,為(wei)(wei)解決(jue)大(da)(da)都的(de)糧食供應問題(ti),開辟了(le)東南(nan)沿海到直沽的(de)漕運(yun),東南(nan)沿海的(de)糧食等物資源源不斷地運(yun)往大(da)(da)都;為(wei)(wei)了(le)保證海上航行的(de)安(an)全,元政府于元世祖(zu)至元年間(jian)(1282-1294年)在大(da)(da)直沽修建(jian)了(le)天妃靈慈宮,這是中國北(bei)方(fang)地區年代較(jiao)早(zao)的(de)媽(ma)(ma)祖(zu)廟,與(yu)福建(jian)湄州媽(ma)(ma)祖(zu)廟、臺灣北(bei)港(gang)朝(chao)天宮并稱為(wei)(wei)中國三大(da)(da)媽(ma)(ma)祖(zu)廟。