甘肅祁連山國家級自然保護區地處青藏、蒙新、黃土三大高原交匯地帶的祁連山北麓，屬森林生態系統類型的自然保護區。該保護區為森林生態系統類型的自然保護區，總面積265.3萬公頃，以青海云杉、祁連圓柏、蓑羽鶴等生物為保護對象。1986年10月15日，甘肅省人民政府向原林業部請示，呈請將祁連山保護區劃分為國家級自然保護區。1987年10月24日，甘肅省人民政府批準祁連山自然保護區為省級自然保護區。

太統—崆峒山自然保護區：1994年1月，該保護區境內的崆峒山被國務院列為國家重點風景名勝區。“太統—崆峒山自然保護區”內有道教圣地崆峒山、王母宮山、南石窟寺、龍泉寺、蓮花臺、古靈臺、紫荊山和國家級森林公園云崖寺等眾多景點，因此該保護區的主要保護對象也被定為森林生態系和名勝古跡。2005年7月，國務院批準甘肅太統—崆峒山為國家級自然保護區，保護區總面積為1.62萬公頃，主要保護對象為森林生態系統、稀有野生動植物、古文化遺跡和地質遺跡，是甘肅東部唯一的國家級自然保護區。

張掖黑河濕地國家級自然保護區位于黑河中游，跨張掖市甘州、臨澤、高臺三縣區，長204公里，總面積61.5萬畝，其中核心區20.5萬畝、緩沖區18.5萬畝、實驗區22.5萬畝。南依祁連山國家級自然保護區，北靠巴丹吉林沙漠，處于河西走廊的“蜂腰”地帶，是我國西北地區自然保護區網絡的重要節點。屬荒漠地區典型的內陸濕地和水域生態系統類型，具有很強的典型性、稀有性、瀕危性和代表性，是集生態保護、科研監測、資源管理、生態旅游、宣傳教育和生物多樣性保護等功能于一體的自然生態類自然保護區。

甘肅敦煌西湖國家級自然保護區位于甘肅省敦煌市西部，保護區始建于1992年，2003年6月經國務院批準晉升為國家級自然保護區。 保護區總面積66萬公頃，主要保護對象為濕地生態系統、荒漠生態系統及其野生動植物。甘肅敦煌西湖國家級自然保護區是一個內陸濕地、荒漠生態系統和野生動植物類型自然保護區，截至2013年區內有國家重點保護野生動物34種、國家重點保護的植物3種，還分布有大面積原始天然植被、野生動植物和天然濕地，濕地總面積26萬公頃。

甘肅蓮花山國家級自然保護區位于甘肅南部臨夏回族自治州、甘南藏族自治州、定西三市州的康樂、臨潭、卓尼、渭源、臨洮五縣交界處，總面積11691公頃，森林覆蓋率為63.6％。屬自然生態系統類別森林生態類型的自然保護區，主要保護對象為森林生態系統及其生物多樣性。甘肅東南部重要的生態屏障，是黃河一級支流——洮河重要的水源林、西北地區重要的生物多樣性保護和研究基地世界非物質文化遺產——“蓮花山花兒”的故鄉。

太子山國家級自然保護區位于臨夏回族自治州與甘南藏族自治州之間，總面積8.47萬公頃，隸屬甘肅省林業廳。保護區屬青藏高原與黃土高原過渡地帶，境內生態系統復雜多樣，物種資源豐富，在涵養水源、保持水土、調節氣候、維護生態良性循環等方面具有重要作用，是甘肅中部和青海省東部重要的綠色屏障，是黃河上游重要的水源涵養林區。

敦煌陽關國家級自然保護區位于敦煌市陽關鎮境內，總面積8.8萬公頃。保護區主要由戈壁、濕地、沙地、林地和水域組成，是中國西部荒漠區中較為罕見的特殊成因內陸河流生態系統，具有極高的保護價值和科研價值。保護區內有脊椎動物145種，其中列入國家重點保護野生動物名錄的有18種，一級保護動物3種，二級保護動物15種；保護區有種子植物141種，其中列入國家重點保護植物名錄的有4種。

民勤連古城國家級自然保護區位于甘肅省民勤縣境內的荒漠區域內， 東北被騰格里沙漠包圍，西北有巴丹吉林沙漠環繞，北、西、南三面蔽著民勤綠洲。是在原連古城省級自然保護區面積擴大后，于2002年7月經國務院批準晉升為國家級自然保護區。保護區以保護荒漠天然植被群落、珍稀瀕危動植物、古人類文化遺址和極端脆弱的荒漠生態系統為主要對象。是中國面積大的荒漠生態類型國家級自然保護區。

2017年7月4日，國務院辦公廳《關于公布黑龍江盤中等17處新建國家級自然保護區名單的通知》（國辦發〔2017〕64號），正式批復多兒為國家級自然保護區。2018年3月19日，國務院批準新建甘肅多兒國家級自然保護區。甘肅多兒國家級自然保護區成片的華西箭竹、缺苞箭竹為大熊貓提供了良好的棲息場所，是甘肅省重要的大熊貓棲息地，也是中國大熊貓分布的北緣。

尕海-則岔自然保護區地處甘肅省碌曲縣境內，位于青藏高原、黃土高原和隴南山地交匯處，地跨黃河和長江兩大水系，也是黃河最大支流洮河的發源地之一和長江水系白龍江的發源地。地理座標北緯33°58′～34°32′，東經102°09′～102°46′。總面積為2474.31公頃。1998年國務院批準建立國家級自然保護區，是我國少見的集森林和野生動物型、高原濕地型、高原草甸型三重功能為一體的珍稀野生動植物自然保護區