肉豆蔻氣味強烈芳香，味辛辣、微苦，不僅可以作為藥用，而且還可以作為調味品，通常作為鹵料使用。其種仁入藥，可治虛瀉冷痢、脘腹冷痛、嘔吐等；外用可作寄生蟲驅除劑，治療風濕痛等。 此外，還可作調味品、工業用油原料等。肉豆蔻質堅硬，難破碎，碎斷面可見棕黃或暗棕色外胚乳向內伸入，與類白色的內胚乳交錯，形成大理石樣紋理。縱切時可見寬端有小形腔隙，內藏小型干縮的胚，子葉卷曲。氣強烈芳香，味辛辣、微苦。以個大、體重、堅實、破開后香氣濃者為佳。